由于《总目》运用了历史考察的方法评论史籍，故而凡在史书体例上有创新的史著，都得到了佳评。宋人倪思作《班马异同》，比较《汉书》、《史记》书法与内容的异同，是一部史学比较的专书，《总目》称为“创例”。（注：《总目》卷45《班马异同》条。）司马光作《通鉴考异》，《总目》认为“其例最善。而修史之家，未有自撰一书，明所以去取之故者，有之，实自光始”。（注：《总目》卷47《通鉴考异》条。）马骕撰《绎史》，在体例上进行了很多革新，他以纪事本末体为主，同时又吸收了各种编纂体例的优点，创造了一种“新综合体”。对于这种崭新的体例，《总目》极加赞赏，认为“史例六家，古无此式。与袁枢所撰均可谓卓然特创，自为一家之体者矣”。（注：《总目》卷49《绎史》条。）清初官修《明史》，打破旧史历志无图的成规，根据晚明科技发展的新态势，在《历志》中增加了图，《总目》认为《明史·历志》的体例创新是“时异事变”的当然产物。“历志增以图，以历生于数，数生于算，算法之勾股面线，今密于古，非图则分划不清”。（注：《总目》卷46《明史》条。）
    《总目》在评论典籍的价值时，不仅注意到流变中的创新，还特别关注“源头”上的开辟作用。如评《晏子春秋》，“《晏子》一书，由后人摭其轶事为之，虽无传记之名，实传记之祖也”。（注：《总目》卷57《晏子春秋》条。）如评价《孙子》，“（孙）武书为百代谈兵之祖”。（注：《总目》卷99《孙子》条。）再如评价《伊洛渊源录》，“盖宋人谈道学宗派，自此书始。而宋人分道学门户，亦自此书始”。（注：《总目》卷57《伊洛渊源录》条。）
    下面我们看一下第二种情况。中国古代学术批评，有“辨章学术，考镜源流”的传统。《总目》中的不少地方，也显示出这样的批评思路。尤其是在评述古代学术分合以及古代学者的治学风格和学术风貌时，用得更多。如《闽中理学渊源考》条云：“宋儒讲学，盛于二程，其门人游、杨、吕、谢号为高足。而杨时一派，由罗从彦、李侗而及朱子，辗转授受，多在闽中。”（注：《总目》卷58《闽中理学渊源考》条。）几句话就点明了从二程到朱子间递相传承的学脉联系，从而确立了各人在理学发展中的地位。又如元代吴澄撰《春秋纂言》，其中吉、凶、军、宾、嘉五例与宋代张大亨《春秋五礼例宗》相似，遂被人疑为蹈袭张氏，《总目》分源别派，从门户出入中辨明吴澄未袭大亨，“盖澄之学派，兼出于金溪、新安之间，而大亨之学派，则出于苏氏。澄殆以门户不同，未观其书，故与之暗合而不知也。然其缕析条分，则较大亨为密矣”。（注：《总目》卷28《春秋纂言》条。）《总目》通过辨析学术源流，不仅为吴澄辨诬，而且指出其书优长之处，可谓评论至当。
    《总目》在进行史学批评时，固然很重视分源别派的学脉辨识，但又不把这一方法模式化，它能注意到学术传承中的“承”与“变”，这样，就使得自身的评论更接近合理。如在《明儒言行录》条中指出：“（沈）佳之学出于汤斌，然斌参酌于朱陆之间，佳则一宗朱子。故是编大旨，以薛瑄为明儒之宗，于陈献章则颇致不满。虽收王守仁于正集，而守仁弟子则删汰甚严，王畿，王艮咸不预焉。”（注：《总目》卷58《明儒言行录》条。）《总目》通过对汤斌、沈佳师生不同的学术趋向的辨析，指出沈佳《明儒言行录》的著述要旨，同中辨异，清晰明朗。
    从史学发展史的角度看，任何史家、任何史著都不可能独自具备完整的意义，他（它）只有在与其他事物的联系中才能体现自己的价值。因此，在对他（它）们进行评价时，也不能孤立起来加以认识。《总目》穷源竟委的历史考察方法，就是在发展演变中把握全体中的个体，进而确定个体在全体中的位置，从而发现批评对象更为深刻的内在本质。
    比较异同以论得失
    在中国史学史上，比较的方法有着长久的渊源和广泛的运用，许多史家通过比较历史、辨析史学，提出了自己对历史事物的看法。《总目》在进行史学批评时，自觉继承这一传统，通过比较来判定史著的得失、史家的高下。
    对于比较批评的功能和意义，《总目》有着比较清醒的认识。所谓“比而观之，可以知其才力之强弱与意旨之异同”，（注：《总目》卷186《坡门酬唱集》条。）“互相参考，可以观古今人运意之异同， 与遣词之巧拙”，（注：《总目》卷195《优古堂诗话》条。 ）也就是说，运用比较的方法，可以看出作者的才气的大小、文章笔法的拙巧以及作者著述旨趣和著作思想内容的异同。也正因为此，《总目》对倪思撰《班马异同》，比较《汉书》与《史记》，“以参观得失”的做法极为推赏，认为倪思将“二书互勘，长短较然，于史学颇为有功焉”。（注：《总目》卷45《班马异同》条。）
    《总目》运用比较方法评论历代学术，主要有两种形式，一是比较作品的价值，二是比较学识的异同。
    比较作品的价值，是《总目》最常见的内容。如《总目》在评论王称的《东都事略》时说：“然宋人私史，卓然可传者，唯称与李焘、李心传之书而已，固宜为考宋者所宝贵矣。”（注：《总目》卷50《东都事略》条。）将《东都事略》与李焘、李心传之著作相提并论，以见其价值之大小。又如在《建炎以来系年要录》条中说：“大抵李焘学司马光而或不及光，心传学李焘而无不及焘。”（注：《总目》卷47《建炎以来系年要录》条。）通过比较突出了李心传著作的史学地位。再如《总目》将高士奇《左传纪事本末》与章冲《左传事类始末》进行比较，指出士奇之书“以列国事迹，分门件系，……大致亦与冲书相类。然冲书以十二公为记，此则以国为记，义例略殊”。（注：《总目》卷49《左传纪事本末》条。）将两书在编纂形式上的异同讲得非常清楚。又如宋人章如愚著《山堂考索》，《总目》将其置于同时代的著作中，通过比较揭示其价值，指出该书“在宋人著述之中，较《通考》虽体例稍杂，而优于释经；较《玉海》虽博赡不及，而详于时政；较《黄氏日抄》则条目独明；较吕氏《制度详说》则源流为备。”这样的横向比较，言简意赅地点出了《山堂考索》及与之有关著作的优长短缺，即所谓“武库之兵，利钝互陈”。（注：《总目》卷135《山堂考索》条。）