（2）关于编排顺序。刘知几所批评的《史记》篇目编排“不求年月”问题，其产生是因为类传的创立，司马迁把同类人物的传纪编排在一起。以《屈原贾生列传》为例，司马迁为什么把楚怀王时的屈原同汉文帝时的贾谊放在同一篇传纪中呢？以此篇“太史公曰”的解释，有两条。其一，“屈原所自沉渊”而“贾生吊之”，可见贾生追仰屈原之为人。其二，贾谊“《服鸟赋》，同死生，轻去就”，表达了同屈原一样的生死观、荣辱观，两人具有同样忠君爱国的精神。
    类传是司马迁的创造，是对历史编纂学的伟大贡献。任何事物都是相对立而存在的，通过类传的建立，将同类（或同一职务，或同一行为方式，或同一思想感情，或同一学术流派，等等）的人物放在一起，有比较的作用。只有相互接近的事物才好比较，通过比较才能显出异同，凸现出细微之处。同类人物相比较，也有相互陪衬，彼此推举的作用。类传因之成为后来纪传体史书一个重要的组成部分，类传的门类也是史书中发展最为迅速的一个部分，从后来的发展也证明了类传的历史价值和巨大作用。《史记》所记从黄帝始，到汉武帝太初年间，所以类传所编列排比的人物时间跨度很大。而后来的纪传体史书都仅记一朝一代，所以编列排比的人物生卒时间靠近。刘知几见独有《史记》类传中人物的生卒年相去太远，故而提出批评，实在是忘记了后来的类传只是效仿而生罢了。
    （3）关于体例不全。随着时代的发展进步，必然出现新的事物，需要史学作品予以反应，从这一点来看，刘知几的观点不无道理。而认为《史记》中应加制册、章书表等，这就值得商榷。《史记》的处理方式，是将诏令奏议融入传记。这样做的好处是本人事迹与相关文件契合在一起，水乳交融，不致看了本人行事记载，又要在另外的制册部分查找其所形成的文件。对于《史记》来说，这样做很成功，没有给人以缺少相关文件资料的感觉。
    （4）对“太史公曰”的批评。刘知几的批评有两层，其一是位置太固定。认为位置固定，便会呆板，成为一种程式。其实，“太史公曰”不仅仅在篇末，有不少篇目篇终有，篇首也有。如《礼书》一开始便是“太史公曰：洋洋美德乎！”《礼书》开篇是：“太史公曰：余每读《虞书》”，又有《循吏列传》亦如此，可见“太史公曰”不限于篇终。又如《伯夷列传》全篇都是“太史公”的议论，“太史公曰”置放在篇末，难道不又是一种特殊的情形？总之，“太史公曰”为一灵活的表达作者意见的形式，并不仅仅置于篇末。
    刘知几批评的第二层是，“太史公曰”每篇都有，有的无话可说，便“强生其文”。如果每篇“太史公曰”都是评论，都只对篇中人物、事件发议论，那的确显得千人一面，毫无变化。《史记》“太史公曰”却生动活泼，内容多变，或交代史料出处，如《五帝本纪》；或说明作者与传主人物关系，如《卫将军骠骑列传》、《游侠列传》；或解释名物制度，如《魏公子列传》释“夷门者，城之东门也”；或感慨传中人物命运，如《平津侯主父列传》、《商君列传》；或交待作者与朋友的交往，如《韩长孺列传》述与壶遂之关系；或以历史人物与事件印证某一谚语，如《汲郑列传》；或发明历史运动的规律，如《高祖本纪》，等等。总之，“太史公曰”的内容各异，变化适如其要求，似并无“强生其文”的感觉。
    （5）陈涉不该入世家。关于这一问题已讨论近2000年了，总之在封建社会里，一般地认为陈涉为反叛，不当入世家，刘知几认为世家，本当世代为家的人才有条件进入，但刘知几却是自我作古，代替司马迁为“世家”体例立了标尺，而司马迁却并不如刘知几那样立标准。
    （6）刘知几认为《史记》五体首篇应有特殊象征性意义。刘知几这一观点是对的。只是用以批评《史记》却错了。《史记》写中华民族发展史，首篇为《五帝本纪》，五帝之第一人轩辕黄帝。这篇传纪特殊与象征意义在于：第一，确立了古史的考信原则不仅对文献典籍的记载，“考信于六艺”还通过实地调查来补充，验证文献资料。第二，以黄帝为中华民族始祖，有其伟大的政治意义，中华民族皆黄帝子孙，这一观念就奠基于此篇。据此，不可谓此篇不合刘知几之标准。
    表之第一篇为《三代世家》，其意义在于：其一呼应本纪之从黄帝开始，其二发明三代序列，其三说明“疑则传疑”的处理史料的原则。书之第一篇为《礼书》。礼是封建社会按等级关系制定的社会制度，这种礼制是为巩固封建制度服务的，僭越礼制则意味着社会动乱，所以礼列为八书之首。其实司马迁序中已说得明白：“洋洋美德乎！宰制万物，役使群众，岂人力也哉？”世家之第一篇为《吴太伯世家》。“孝悌”和“礼让”是儒家倡导的最高道德。吴太伯让国集中体现了这两种道德，因此孔子赞颂立国立家都应以此为根基，因之司马迁将其事迹列为世家第一篇，自然寓意深远。
    （三）关于史料取舍原则问题。
    1.对于一个政治家来说，他的政治建树如何应是最为重要的；对于一个文学家来说，他的文学创造思想、创作水平，对中国文学的贡献如何，应该是最为重要的。历史学家当然应该选用最能说明、支持他们形象的史料，这一原则应是无可非议的。因之，对于要记述司马相如这样的文学家，大量引用他的辞赋，也应该是无可厚非的。司马相如如果没有大量词藻的运用，反而难以表现出汉代大赋恢宏的气势。《史记》如果像中国古代的一般史书那样，只记载政治人物的活动，只记载他们的诏令奏疏，而没有不同风格的文章相匹配，红花如果失去了绿叶的扶持，红色便会失却了它的娇美艳丽。
    2.关于史料有误等。诚如刘知几所指出，《吕览》完成于吕不韦被判流放于蜀地之前，然而司马迁说的是“不韦迁蜀，世传《吕览》”，强调的是“传”，而不是“始作”。“传”的意思是流传，广为流传，意思是说吕不韦被流放到蜀地之后，《吕览》才更为广泛地流传。如果司马迁说的是“不韦迁蜀，始作《吕览》”，那显然是说错了，把时间颠倒了。什么可作为史料，什么不当成为史料，似不当如刘知几那样划定界限。文学资料是否可作为史料，早已有了定论。陈寅恪《元白诗笺证稿》以诗歌为史料研究唐史，令人耳目一新，取得了丰硕的成果，其结论凿凿可据。现在有不少研究中外交往史的人以《山海经》为史料，得出了不少可信的结论。寓言是文学作品，文学作品是人的头脑中产生的。人是社会的人，头脑中所反映的仍是社会，正如人不能提着自己的头发使自己脱离地球一样。寓言是人的头脑的产物，它同样是社会的反映，只不过是一种曲折的反映罢了。因之只要善于利用，寓言依然可以成为史料。对于史学家来说，人类活动所留下的一切都应是可供利用的史料。史学家不应划地为牢，把自己封闭起来，限制起来，而应不断地扩大自己的视野。