这样的结果引起了穆斯林领袖的极大失望和不满。但是，由于刚刚取得独立的共和国正面临着危机，他们都担心荷兰殖民者重返印尼。在国家危难时刻，这些穆斯林领袖暂时没有提出异议。但过后不久，随着紧张局势的缓和，这些要求在印尼实施伊斯兰律法的穆斯林势力又重新提出自己的主张。他们团结在马斯友美党周围，以政党的形式出现，在议会中与世俗民族党势力展开斗争，争取实现自己的政治目的。然而，由于伊斯兰联盟（Sarekat Islam，成立于1912 年）和伊斯兰教士联合会（NU，成立于1926年）相继于1947年及1952年离开马斯友美党，该党势力几近崩溃。只有一小部分极端分子如卡托苏威里尔（Kartosuwiryo）等，选择了武装斗争的道路。但到了60年代初期，这些地方武装叛乱都先后被中央军镇压。马斯友美党被指控参与地方武装叛乱，而于1960年遭到苏加诺政府取缔。
    从上述简要的历史回顾中，反映出有关印尼国家指导思想问题早在独立前夕就存在争议。虽然，作为各派政治妥协方案的潘查希拉思想最终为大家所接受，但是，伊斯兰教势力并没有放弃自己的政治主张，有关“潘查希拉”思想和伊斯兰教思想的争论一直延续到苏哈托时期。
    苏哈托政府“全面贯彻潘查希拉思想”运动及穆斯林各派的回应
    苏哈托上台后，即宣布印尼进入“新秩序”时期，开始实行一系列发展经济和巩固政权的政策。政治上，强调“建国五项原则”是国家唯一的指导思想和行动准则。在1966年临时人民协商会议第20号决议中强调：“作为印度尼西亚独立宣言的1945年宪章及序言所包含的内容是卓越和完美的，它决不容许任何人加以改变，包括人民协商会议。因为改变宪章的内容就意味着印尼国家的解体。”（注：See "State andcivil society in Indonesia",edited by Arief Budiman,1990,p.453.）苏哈托总统一再强调“潘查希拉”乃根植于印尼社会，是唯一能使印尼保持统一的指导思想，它作为印尼国家的“君子协定”将永远受到遵从，任何有背于“潘查希拉”思想的人将被粉碎。宗教只能是个人信仰，应在“潘查希拉”的框架里加以解释。
    由于担心伊斯兰右派势力对其政权的威胁，苏哈托拒绝部分伊斯兰现代派领导人恢复马斯友美党合法地位的要求，其理由是此党的三个主要领导人参与1958年称为“印度尼西亚共和国革命政府”的地方叛乱，只准许成立“印度尼西亚穆斯林党”（PMI）， 但不许前马斯友美党领导人参与。
    其次，在1973年大选之后，苏哈托政府以“发展”、“稳定”和“现代化”为名，开始进行“简化政党运动”，把印尼所有穆斯林政党（包括：伊斯兰教士联合会--Nahdatul Ulama-NU、印尼穆斯林党--Partai Muslim in Indonesia-PMI、白蒂尔伊斯兰党--Perti、印尼伊斯兰教联盟党--Partai Syarikat Islam-PSI）合并为印尼建设团结党-PPP（Partai Persatuan Pembangunan），同时， 把三个世俗党和两个基督教党合并为印度尼西亚民族党-PDI。 希望通过政党的合并，削弱穆斯林政党的政治势力，减少内部对抗，巩固其执政党“专业集团”地位。
    为了进一步控制各在野党（尤其是团结建设党）的行动，统一思想认识。苏哈托政府准备制定一项法案，以法律的形式规定“潘查希拉”为印尼国家唯一的指导思想。首先，于1975年，成立一个“五人委员会”（Panitia Lima ）（注： See "State and civil society in Indonesia",edited by Arief Budiman,1990,p.454.）， 以穆罕默德·哈达为组长，制定一份解释“潘查希拉”的标准材料，以统一全国人民对“建国五基”思想的认识。在1978年的人协大会上，制定了一项在全国进行思想教育的计划，即“全面贯彻落实‘潘查希拉’思想”的学习计划，其对象是全国范围的所有公务员、教师、大学生及社会其他阶层人员。会上，建设团结党中间的来自伊斯兰教士联合会的代表们担心这是一个把“建国五基”宗教化的举措，是想用“建国五基”代替伊斯兰教。他们意识到伊斯兰教正受到来自政府的威胁。因此，他们提出了反对意见，并中途退席，不少建设团结党的代表也随后离开了会场。
    伊斯兰教士联合会代表们的反对和抵制，对于苏哈托政府来说，无异于不忠，因而引起苏哈托总统的愤怒。在1980年的一次军队指挥官会议上，苏哈托猛烈抨击那些与建国五基思想相对立的意识形态：包括马克思主义、列宁主义、共产主义、社会主义等。他强调说：由于还存在一部分人不想100%地接受“建国五基”思想， 因此军队必须采取必要措施捍卫“潘查希拉”。（注：参见David Jenkins, "Suharto and his Generals:Indonesian Military Politics, 1975-1983",Modern Indonesia Project,Cornell University,Ithaca,NY,1984,p.157.）
    在1982年8月的一次演说中， 苏哈托总统号召印尼所有的政党和社会及宗教组织以“潘查希拉”作为自己的指导思想和行为准则。随后，政府开始对所有政党和社会团体施加压力，使其真正贯彻落实总统的号召。从1982年开始，苏哈托政府开始在全国大规模地推行“全面灌输‘潘查希拉’思想”计划。希望通过这个计划使印尼所有政党和社会团体都能贯彻和坚持“潘查希拉”思想，以克服思想疑虑和意识形态方面的分歧和冲突。1984年，苏哈托总统向人代会提交一项提案，要求以法律的形式规定“潘查希拉”为唯一的国家指导思想。此提案于1985年获得批准。
    政府向全国所有政党和社会团体强行推行“全面灌输‘潘查希拉’思想”的举措，招致不少穆斯林学者的批评。如著名穆斯林学者德莱尔·诺尔（Deliar.Noer ）对政府在全国推行和实施“潘查希拉”为国家唯一指导思想的益处提出疑虑。他认为：政府的这项措施会阻碍印尼社会的多元化，有背于民主的原则；是想使伊斯兰教与政治分离，这不符合伊斯兰教精神，伊斯兰教是不能和政治分离的。（注：德莱尔·诺尔：《伊斯兰教，潘查希拉与唯一思想》， （Jakarta: Yayasan perkhidmatan,1983），p.51～61.）他意识到政府的这项举措，是想在印尼搞“政治一言堂”，推行一党专制。与德莱尔·诺尔一样，夏福律丁·帕拉威兰尼格拉（Sjafruddin.Prawiranegara）也持反对意见。他在一封写给苏哈托总统的公开信中，公开表示他对政府的这项举措的失望，并要求总统能收回成命。他认为，那些希望在印尼推行“潘查希拉”为唯一指导思想的人，根本就不理解“潘查希拉”的真正含义。他在简要回顾了有关“潘查希拉”的历史之后，指出“不管是从政治特性方面，还是社会特性或其他方面考虑，“潘查希拉”从一开始就没有想成为全社会所有组织的唯一指导思想”（注：夏福律丁·帕拉威兰尼格拉：“作为唯一思想基础的潘查希拉”，《印度尼西亚》（《Indonesia》）38/1984,p.74～83.）。他认为伊斯兰教思想是符合“1945年宪章”精神的，根本没必要用“潘查希拉”来代替。