皮锡瑞虽然很早就开始研治今文经学，喜公羊家言，但他在戊戌前并未直接以经术谈变法，而是从史事的检讨中阐述他的改革主张，即“披亭林、船山议论，参考历代史事，以为不当沿宋明之弊法，舍汉唐之旧规”。讲学南学会后，皮锡瑞最初只谈汉宋、朱陆等传统学术，以求破学派门户之见，联合群力，保种保教；直到4月间撰拟第八次讲义时，为宣扬变法，才正式谈素王改制，阐发经中微言大义，但他剖解原因说：“孔子改制，西汉旧说，近人多举此为冒子，此亦有故。中国重君权尊国制，猝言变革，人必骇怪，故必先言孔子改制，以为大圣人有此微言大义，然后能持其说……既言变法，不能不举公羊改制之义。”又答叶德辉书中说：“弟初讲学，承公有勿言《孟子》、《公羊》之教，而其后不能不略及之者，此非有意与公背驰，实以学会所讲，在开民智，听者人杂而多，必如此乃可推尊孔教而引伸变法之说也……其后说到变宋明之陋，复汉唐之规，弟平日所见本如是，未尝云改从西法也。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）可见，皮锡瑞在南学会讲学，为宣扬变法而言及孔子改制一说，原非出自本心，而是随顺听众。仔细看他的讲义，发现他论述变法时更娴熟的是援引史事，而非阐发经义。
    皮锡瑞由最初品评王安石而萌生出变法思想，到最后公开标榜“善变而取法于古”，其真实意图在使变法跳出“康学窠臼”。维新之初，皮锡瑞就明白地说：“康门之论，欲尽改今日之政，予谓先易天下之人，改政乃可行，否则新政与旧法相背，老成必与新进相争，终将扼之，使不得行，行之反多弊，以滋守旧党之口实，今日所行是也。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》，丁酉年四月十七日。）可见他与康有为在变法思路上一开始就有明显的差异。在维新运动中，皮锡瑞又有不少与“康门”相左的见解，如康门主张急变、全变，皮则主张渐变、缓变；康门力主“尽变西法”，皮则反对“皆从西法”；康门从公羊中引申出民权与平等之义，皮则只讲变法不讲民权；康门力主联英、日以制俄，皮则反对一意依赖外人，强调自强以保种，等等。正因为皮锡瑞在变法问题上，与康梁等人的主张有许多不同，所以当1898年江西公车在北京标出“皮门”一语，皮锡瑞得知后心中一喜：“以我门下生为皮门人，老辈望而避之，或可与康门抗行乎？”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）他并当即思考与康门“抗行”的问题，与弟子商议怎样自树一帜，他在日记中写道：“桂伯华来，以康工部《桂学答问》见示，即《輶轩今语》之类。夏少村亦至，与桂、夏说今言维新变法，难出康学窠臼，除非不引经书，专讲史事，复汉唐之旧制，改宋明之陋风，此亭林、船山诸公屡言之，引申其说，犹可自立一帜。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）康有为在构建变法理论时，除援引西学外，主要依据对经学的改造。皮锡瑞为了纠改他以主观臆断之今文经学来托古改制的流弊，以其对历代史事的素养，迅速标举出“不引经书，专讲史事”，显然是有意与康学立异。
    《湘绅公呈》曾攻击“虽以谨厚如皮锡瑞，亦被（康氏邪说）煽惑，形之论说，重遭诟病”，御史徐道焜又诬参皮锡瑞“称道康梁，心悦诚服”，皮锡瑞当时对此数作辩解，答叶德辉书中说：“弟与康并未谋面，徐学使、梁孝廉到湖南始相见，并无深交。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）“治今文十余年，专门在《尚书》与《公羊》，颇相出入，并非见康梁之学，始荣今而虐古。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）他驳斥江西守旧人士和御史徐某的诬陷时又说：“江西人攻新党，并及于我，此皆欧阳煜、郭之屏等所为。二人卷经予批坏，必憾予。批实无推康梁之处，持论皆平。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）“批语皆称道孔孟，并未涉及康梁。”（注：皮锡瑞：《师伏堂日记》（手稿），藏湖北省图书馆，戊戌年三月十九日、三月十九日、六月初六日、三月二十日、七月廿九日、闰三月十六日、四月初七日、七月十七日、七月十八日、四月初三日、四月初七日、十一月廿四日、十一月廿八日。）“在湘讲学，到馆批卷，无一言涉及康梁，何以知其心悦诚服？”然而学术界长期以来普遍认为，皮锡瑞在戊戌时期特别是南学会讲学时宣传康有为的托古改制学说，其变法思想不过袭取康、梁变法论之余唾。由上文来看，此类论调应该休矣。