他说的美国的发疯就是50年代初的麦卡锡主义的横行。费正清由于坦率发表了对美国对华政策的见解，自然在劫难逃。他被指责为是“丢失中国”的四个约翰之一（其余三个约翰是谢伟思、戴维斯、范宣德John Vincent），“是老牌的共产党的辩护士”，甚至有说他是共产党员的。费正清在参议院国内安全委员会作证时驳斥了对他的无端指控，他还公开支持和保护与他共过事的外交官柯乐博（O.Edmund Clubb）和那三个约翰，并毫不犹豫地为另一东方学家拉铁摩尔（Owen Latimore）辩护。谢伟思说：“对我们这些遭到攻击的人来说，他那清楚明白的作证，镇静自若的态度，以及始终不逾的友情是在艰难岁月中对我们的鼓舞和巨大帮助。”（注：《费正清看中国》，第129、175、180页；《纪念费正清》，第25页。）从1950年起，他受到联邦调查局的调查，5年后，这一调查的卷案已达1000多页。他虽然也受到迫害，如拒绝发给护照，限制旅行，不许到军事学院等处讲课，但幸运的是，他的遭遇远比谢伟思、范宣德等外交官，甚至比拉铁摩尔等学者为好。由于校方的支持，他的工作没有中断。麦卡锡主义对他的冲击是巨大的，但他并没有因此远离政治，改变初衷，放弃中国研究。相反，他认为麦卡锡主义之所以能在美国猖獗，原因之一就是因为美国人对东亚的历史和现状太无知。由此，他更感到在美国发展中国学的必要性和紧迫性。费正清后来回忆道：“在中国问题上回击麦卡锡主义必须依靠教育。由于在‘丢失中国’的问题上我受到公开的指责，我便下定决心，持久地负起教育美国公众的义务。”（注：《费正清集》，第423页。）
    1955年春，费正清大胆地在哈佛安排了关于近代中国政治制度和近代中国经济的研究项目，成功游说卡内基基金会对前一项目资助20多万美元，福特基金会对后一项目资助27.8万美元，并在两年后得到30万美元的追加拨款。这两个项目为1956年在哈佛大学正式建立东亚研究中心准备了必要的财力和研究人员。费正清担任该中心的第一任主任，并一直任职达20年之久。1959年，费正清在其助手林德贝克（John Lindbeck）的协助下，编制了未来10年的详尽的研究计划，并以哈佛对开展当代中国研究负有国家义务为由，又争取到了福特基金会75万美元的资助，该基金会还为在社会学系设置一个教授职位拨款41.6万美元，为在历史系设置一个研究日本的永久性职位拨款20万美元（注：《费正清看中国》，第232、235页。）。50年代初，中心设有学制为两年的“区域研究--东亚”硕士班，每年培养约14名硕士研究生。1955年，东亚研究专业（历史和语言联合）开始招收博士生，当年就招收了26名（1975年达到70名）。约有25名教授在研究中心的执委会工作，在1955年到1975年的20年间，约有200名研究人员和学生获得资助，另有60名研究人员不享受资助，而是来利用这里的研究条件。半数以上的研究人员和学生不是在美国出生的，他们来自亚洲及欧洲各国，使东亚研究中心具有了真正的国际性质。在此期间，有60多人在东亚研究中心获得历史和东亚语言学位，在哈佛其他各系科获得东亚博士学位的则有275人左右（注：《费正清集》，第426-427页。）。哈佛的东亚研究中心成为全美国中国研究的先驱。到70年代，在哈佛取得东亚研究博士学位的学者占据了美国七八十所大学的讲坛，有时同一个地方就有好几位，如密歇根州安阿伯就有6名。有人评价说，费正清所创立的学派只有法国的年鉴学派才能与之相比（注：《纪念费正清》，第112页。）。有统计称，他在哈佛培养了几千名学生，包括100多个在他的监督下取得博士学位的学生。美国著名东亚问题专家斯卡拉皮诺称费正清是“美国中国学方面最大的学术企业家。”（注：《费正清看中国》，第210-211、73页。）
    哈佛大学的东亚研究中心无疑是美国中国学的“旗舰”，但仅有旗舰还不成其为舰队。东西海岸其他一些著名学府的中国研究也在发展。费正清深知，必须把美国各大学的中国研究组织起来，互相协作，展开交流，才能取长补短，避免人力和物力资源的浪费，推动全美国的中国学研究。1951年春，费正清邀集一些对中国思想文化感兴趣的学者在费城会商，成立了以芮沃寿（Arthur Wright）为首的中国思想研究会，作为远东委员会的下设机构。该研究会于1952年9月在科罗拉多州的阿色本举行学术讨论会，会后出版论文集《中国思想研究》。4年后，费正清又把该研究会学者关于儒家思想、儒教国家制度和行为的论文汇编成册，出版了《中国的思想和制度》（注：参见《费正清集》，第60页。）。1957年他当选为远东委员会会长。1958年，远东委员会更名为亚洲学会，费正清当选为第一任会长（注：《费正清看中国》，第242页；邓鹏：《费正清评传》，天地出版社1997年版，第129页。）。
    在从事美国中国学的组织工作方面，费正清从一开始就表现出大度和宽容，没有门户之见和宗派观念。当时美国的中国学家分裂成亲台湾的和亲大陆的两派，自然真正亲台湾的是少数，他们主要集中在西雅图的华盛顿大学，以研究太平天国的中国学家戴德华（George Taylor）为核心。两个研究中心，一个在东北，一个在西北，形成分庭抗礼之势。费正清深知，要发展美国的中国学，必须克服麦卡锡主义给美国中国学造成的破坏。1959年他请福特基金会资助一次较大的中国问题讨论会，他在写给基金会的信中说：“在过去一年多的时间里的大量非正式的磋商使我已确信，在当代中国问题研究领域里，学者之间的合作面临着一个严重的障碍……中国问题研究领域已不可能不受到中国革命的影响，而对中国的事变感兴趣的学者，对此既有理性的也有感情上的体验……我们必须尽最大努力，在一个各方面都能接受的尽可能中立、可行的基础上，恢复我们的团结。”（注：《费正清评传》，第129-130页。）1959年6月，费正清邀集一批中国学家在纽约州立大学举行会议，筹备成立一个全国性的中国研究组织。作为亚洲学会会长，费正清负责筹备工作，哥伦比亚大学的韦慕庭（Martin C.Wilbur）和加州大学（洛杉矶）的斯坦纳（Arthur Steiner）参与其事。为了团结持不同意见的学者，他主动向戴德华及其朋友伸出橄榄枝，终于在1960年8月召开了现代中国研究联合委员会的首次会议，并由戴德华出任会长，由哈佛东亚研究中心副主任林德贝克任秘书。这个联合委员会的建立揭开了美国中国学研究的新篇章，在学会之下设立了许多学科小组，从经济、社会和政治等各方面对中国进行研究，促进了中国研究与社会科学学科的结合，从而以前所未有的方式使中国研究这个分支学科合理化、系统化（注：《费正清集》，第441-444页；《费正清看中国》，第251-252页；《纪念费正清》，第174页。）。