陈梦家根据瑞典新出版的考古报告，并参考中国科学院考古研究所从西北科学考察团 旧档中找到的采集标记册及其他可以补充的资料，如斯坦因《中国沙漠考古记》等书和 沙畹《中国古文书（斯坦因第二次所获）》、马伯乐（H.Maspero）《中国古文书（斯坦因第 三次所获）》、孔拉第（A.Canrady）《斯文·赫定在楼兰所发现的中国和其他文物》以及 中国学者王国维的《流沙坠简》、张凤《汉晋西陲木简汇编》、夏鼐《新获之敦煌汉简 》、黄文弼《罗布淖尔考古记》等著作，查明了居延汉简的全部出土地点，并以此作为 重新整理居延汉简的基础，即后来出版的《居延汉简甲乙编》的主体部分。该书发表了 图片和经过重新修订的释文，同时注明了汉简的出土地点。陈梦家亲自为《居延汉简甲 乙编》撰写了两个附录，即（1）《居延汉简的出土地点与标号》，对30个地点出土的汉 简情况及486个标号的归属做了详细的说明；（2）《额济纳河流域烽燧述要》，有选择地 描述贝格曼考古报告的主要内容，说明出土汉简遗址的基本情况，对张掖郡塞燧系列做 了一次较有系统的叙述，并附以插图和地图。这是一种全新的研究方法。陈梦家所完成 的此项工作，“为用考古学方法科学地研究居延汉简准备了良好的条件，使汉简研究从 此进入一个新的发展阶段”[1]（P1706）。
    陈梦家在整理汉简的过程中，已经注意到了考古学的作用。在《汉简缀述》中，他特 别强调了以下几个问题：第一，关于出土地的问题，即遗址的布局、建筑构造以及它们 在汉代地理上的位置。他首先根据贝格曼的考察日记和索马斯特罗姆编印的调查报告， 作了《额济纳河流域障隧综述》，然后又依据出土地排列出“邮程表”和“居延侯官· 部侯·燧次表”，将侯、侯长、隧长三级官吏及其治所排列成表，清理出三者之间的隶 属关系。第二，关于年历的问题。陈梦家利用汉简资料排列“汉简年历表”，可以恢复 西汉实际使用的历法。第三，关于编缀简册和简牍的尺度、制作问题。陈梦家在整理武 威仪礼简册和王杖简册时，曾复原了九册仪礼简和王杖诏书。他认识到各种简牍都有一 定的尺度和制作方法，而居延汉简为遗址所出，不同于武威墓葬简，大多是拆散之简， 如同甲骨文一样，如何缀合这些散乱无序的简牍，便成为整理者必须首先解决的问题。 关于甲骨缀合，陈梦家说过：“甲骨文分裂破碎，为求文例的研究，及窥见卜辞的完整 记载，甲骨缀合实为最急切、最基础的工作。”[2]简牍的缀合同甲骨类似，与考古学 密切相关。陈梦家根据内容、年历、出土地、尺度、木理、书体等编缀成不同的薄册， 如此便可以掌握较为整齐的档案卷宗，有利于历史研究。第四，关于分年代、分地区、 分事类研究与综合研究的问题。陈梦家认为两者不能截然分开，而是要互相利用，根据 出土地点、年历推测与编册成组，有可能分地区、分年代，进而分事类研究，但要注意 不同的情况，如居延和骍马都有屯田的记录，但其制度却不尽相同。前者明 显推行了代田法。居延已行与未行代田法也不尽相同。居延、肩水两都尉所属燧名相同 而异地，都要加以区别，然后才可综合不同年代和地区的汉简，互相纠定，全面研究汉 简中记载的官制、奉例、年历、烽火制度、律法、驿传、关邮等问题，并与文献相比勘 ，用以了解汉代社会、经济、军事诸方面的历史。上述陈梦家强调汉简研究中应该注意 的四项，其中一、三项即属于考古学的范畴，第四项则是方法论。简牍学方法论，要求 掌握历史、考古、文献、文档、文字等多学科的理论方法，结合简牍实际，综合和创造 性运用，形成自身的方法体系。尽管从严格意义上说，他还没有建构一套完整而有系统 的理论框架，但简牍学研究的理论和方法已具雏形。因此，《汉简缀述》标志着简牍学 科的正式形成。
    其后，陈梦家将考古学贯注到整个汉简研究之中。他利用汉简资料及实地调查所得， 绘制了《额济纳河流域汉代亭障分布图》，并与遗址相结合，恢复了张掖太守辖下两个 都尉系统（居延、肩水）的布局及其结构。为此，他根据不同出土地所出简分为四表：邮 书表、函检表、南书北书表和邮站表，推定七侯官和两都尉在塞上的序次及其相当位置 ，订正了《汉书·地理志》的错误记载。两汉奉给制度前后截然有别，西汉时曾两度易 俸，故同一等级官吏的月俸钱前后不同。而“班固《汉书·百官公卿表》所代表的，往 往是班固当时理解的西汉之制，不尽符合不同年代稍稍改易的地方，其例与《地理志》 相同”[3]（P146）。将西汉的政治制度、地理沿革当做不断变化的动态来考察，而不是 一成不变的静态，这正是陈梦家汉简研究超越前人的关键所在。
    陈梦家汉简研究除了利用考古学知识外，还广泛征引各种文献、铜器、碑刻、封泥、 印玺上的铭文加以补充，因此，对于西汉晚期和东汉初年的边塞官制，提供了比较详细 的系统。例如，对汉代烽燧制度的研究，就是在王国维等人研究成果的基础上，又根据 以下材料：（1）出土于居延、敦煌和玉门的所有汉简的有关部分；（2）近人对于汉烽燧台 遗址的考察记录；（3）《墨子·备城门》篇以下并及汉、唐间文献；（4）唐代的烽式和其 他记载唐代烽制的文献。因此，陈梦家广征博引，严密考证，所得结论能够对诸家之说 有所修正和补充，将汉简研究提高到一个新阶段。而《汉简所见居延边塞与防御组织》 一文，则将全部居延汉简中有关防御系统设置的记载排比类推，又征引《汉书》、《续 汉书》及《汉官仪》、《汉旧仪》和《汉官七种》等大量文献资料，考察了张掖郡两都 尉的结构及其所属，所关联的其他机构的分布位置，并且论及了不同等级机构官吏之间 的隶属关系，论证详尽，无懈可击。其他如对汉武帝设置河西四郡和居延、玉门边塞的 具体年代，居延的地理沿革，玉门关和玉门县的所在，两汉时期全国各地建立都尉的情 况，分别做了严密的考述。尽管某些论断被更多的考古新材料和新的研究成果所修正， 如居延城的位置、燧即火炬而非积薪说，居延都尉府在破城子等，都有值得商榷之处， 但是，陈梦家所使用的研究方法，对于开创简牍研究的新纪元，具有重要的指导意义。