在王位继承上不重视“君权神授”的正统观
    在邹衍创立的五德论逐渐衍化成正统观后，正统论者认为：“君权神授”是衡量帝王是否处于正统地位的一个重要标志。由此衍生，“祥瑞”、“灾异”、“图谶”、“占卜”之类的内容也就成为正统史家编写史书不可缺少的一个重要组成部分。其目的就是为神化皇权服务。在“天人感应”观念盛行的西汉，曾受业于董仲舒的司马迁在《史记》中也反映出他所受的这种影响。对此，司马光颇不以为然。因而，在《通鉴》引用刘邦的一段史料时，司马光作了相当大的修改。把《史记·高祖本纪》中所载刘邦“母刘媪。其先刘媪尝息大泽之陂，梦与神通。是时雷电晦冥，太公往视，则见蛟龙于其上。已而有身，遂产高祖。……（邦）醉卧，武负、王媪见其上常有龙，”以及“老父”相邦全家、拔剑斩蛇等事，仅录引了可能发生的“拔剑斩蛇”一事。由此可见，司马光对怪诞、“天祥”之事并不感兴趣。因而对所谓汉为火德胜秦之金德以示“君权神授”的正统论未加记载。王应麟就曾指出：《通鉴》不书符瑞，高帝赤帝子之事，失于删削。”⑤此事本身也就说明了他对“天子受命于天”的观念表示怀疑和否定。
    司马光不重视“君权神授”的正统论思想不仅表现在对刘邦史事的引录上，对于其它许多皇帝也是如此。在二百九十四卷的《通鉴》中载有王号或纪年的近二百个皇帝中，除极少几个用很少的字句记载了其传说的“符瑞”事外，占百分之九十八以上的皇帝，他没有录载旧史中的怪诞事例。他曾说他“疾阴阳家立邪说以惑众，为世患，”⑥“阴阳之书，使人拘而多畏，”⑦所以他在评论梁昭明太子寻求风水宝地葬母时指斥他“求吉得凶”，故表示要反对“诡诞之士，奇邪之术。”⑧还说：“其微言不能出吾书，其诞我不信也。”⑨“世人之怪，所希见由，明者视天下，无可怪之事。”⑩对“于学无所不通”（11）的司马光，能在当时儒家昌盛、佛老之说泛滥的北宋，有违悖五德论正统观的思想、反对阴阳的言行是难能可贵的。当然《通鉴》中也记载了一些地震、日蚀、月蚀等现象，但他从不以此“强附时事”。而是把自然现象和历史事实加以区别，把天象与人事分开，祛除了祥瑞怪诞的迷信色彩。
    在春秋笔法方面不拘泥于正统教条
    司马光不重视正统的求实思想还表现在正确对待史书中的“春秋笔法”上，所谓“春秋笔法”，是指从《春秋》以后，有人总结孔子的记事方法，附会成沿袭千余年的记事和在文字表述上的褒贬体例。如《春秋》记事是某年、某月，记鲁君死曰“薨”，大夫及别国国君死曰卒；记本国人杀国君曰弑，攻人之国，其国有罪曰伐，无罪曰侵，偷偷地进攻曰袭。后来把非正统王朝进攻正统王朝曰寇，骂农民起义者曰贼也成了惯例。对此，司马光在编写《通鉴》的过程中，则采取了视具体情况分别对待的求实态度，对其中言简意明而又符合实际的文字表达坚持利用，但对其中以正统王朝为是非标准的记事方法则加以抛弃。因此，尽管在《通鉴》中仍有许多“弑”、“伐”、“寇”、“贼”等词，但对司马光在叙述每一具体历史事件时，并不是以春秋笔法定褒贬，以正统原则定是非，而是尊重客观事实，秉笔直书，表现出完全不同于春秋笔法的叙事方法或文字表达。对此，在正统者看来，那是完全大逆不道的。
    按照正统论者的观点，唐太宗当皇帝是不道德的。因他违反了“嫡长相承”的正统观念，不仅“弑”了皇储，而且还逼迫高祖让位。故应受到谴责。但在《通鉴》前后十五卷有关叙述李世民的经历中，对李世民杀太子一事只借别人之口说李世民是“秦王讨乱”而“诛”太子，而不是以正统惯例写为弑皇储。同时对唐太宗不以嫡长为储君而以贤者晋王治为太子而表好评。认为“唐太宗不以天下大器私其所爱，以杜祸乱之源，可谓能远谋矣。”（12）不仅如此，他还对李世民一生的言行进行了许多具体的叙述和高度的赞扬。但他又不是偏爱李世民，而对他的缺点进行袒护。相反在肯定他的功绩时，又对他后期有时不善纳谏和相信天命怪诞之事进行了记载，从中可见司马光对他的批评之意。如在《通鉴》卷一九九记载了唐太宗驱逐百姓造船备粮，欲以三十万之众攻高丽事，借别人之口认为是“驱无罪之士卒，委之锋刃之下，使肝脑涂地……所损者大”，因而造成了“蜀人苦造船之役”，而使“民至卖田宅，鬻子女”，从而使别人看到了尽管在封建社会的贞观盛世也有许多农民“卖宅鬻子”的惨状。为全面地、真实地了解贞观之治提供了宝贵的资料。若是以正统观念作指导，那么太宗、高宗的僭伪都应受到责骂，更不能用大量的篇幅来肯定贞观盛世。但司马光对此恰好相反，而是以“贤”为标准，热情地赞颂唐太宗时“海内升平，路不拾遗，外户不闭，商旅野宿”的封建社会时期天下大治的繁荣景象。
    在叙述有关农民起义的史实上，司马光固然有骂起义者为贼的记载，但他从为封建皇帝提供治乱兴衰的借鉴出发，在叙述农民起义的经过中有很多胜过前人所著正史的地方，也不是完全遵守春秋笔法。例如中国封建社会中第一次伟大的农民起义就被称为“起兵”（13）；绿林、赤眉起义被称为“以饥寒穷愁起事”（14）。以唐末两次大的农民起义为例，更可说明司马光不重视正统的史学思想。如在长达近半卷的有关裘甫领导农民起义的文字中，其中有十七处是以裘甫的名字叙述其起义的经过，而只有一处在其名字前冠以“贼”字。这与其它正史相比，其骂贼的比例可谓天壤之别。可见他不是死守春秋笔法，肆意贬低一切农民起义。相反，他实事求是，对大量导致农民起义的各种原因、至高无上的皇帝的各种恶迹均予以揭露；对许多农民起义则给予同情与赞扬。在叙述黄巢起义时，他不仅用大量篇幅说明了黄巢起义的壮大声势和高超的军事才能，而且还详细记录了黄巢军攻陷东都洛阳时“闾里晏然”以及乘胜攻入长安时的盛况。这些都比《新·旧唐书》为全面、生动得多。从而保留了大量的历史事实真相。正如他自己所说：“臣今所述，止欲叙国家之兴衰，著生民之休戚，使观者自择其善恶得失，以为劝戒，非若《春秋》立褒贬之法，拔乱世反诸正也。”（15）钱大昕也赞扬说：“《通鉴》之取材，多有出正史之外者，又能考诸史之异同而裁正之。昔人所言，事增于前，文省于旧，惟《通鉴》可以当之。”（16）