在历史上，东南地区是疫病的多发区。疫在古代又称为瘟疫，是急性传染病的总称。明清时期东南地区疫情十分严重，是当地严重的自然灾害之一。这在《明史》、《清史稿》中都有记载。但《明史》、《清史稿》对此记载不详，颇多疏漏。例如，《明史》对洪武、建文、宣德、景泰、天顺、弘治、隆庆、天启；《清史稿》对顺治、咸丰、光绪、宣统各朝东南地区的疫情都缺记载，其他各朝的记载也欠详。为了弄清这个问题，作者查阅了东南地区上海、江苏、浙江、安徽、江西、福建五省一市的方志，就东南地区的疫情、疫病的种类、疫病爆发的相关因素、疫病的社会影响等问题作了初步考察、分析和探讨，本文便是在此基础上写成的。
    一、东南地区的疫情和大疫
    根据对东南地区329种方志，296个州县疫情的统计，明清时期东南地区疫情年共234年（其中明代137年，清代197年），约占明清时期543年的43％。除明代的建文、洪熙、泰昌等几个短命的朝代没有疫情记载外，其他各朝都有。这个统计要比《明史》、《清史稿》有关东南地区疫情年的记载要高得多，《明史》有关东南地区疫情年的记载为8年，《清史稿》的记载为43年，合计为51年，只有方志上记载数的21.79％，可见正史遗漏之多，同时也说明东南地区疫情之严重。
    明清时期东南地区疫情的严重还表现在遭受疫病灾难的州县数上。明代遭灾的州县共计为691个（其中包括重复，下同），最多的一次高达56个县，这分别出现在万历十六年（1588年）和崇祯十四年（1641年）；清代遭灾的州县为848个，最多的一次达到46个县，时在道光元年（1821年）。明清二代合计遭灾的州县为1539个。关于受灾的州县数，《明史》记载为21个州县，另外还有两次记载，一次为“成化十一年八月，福建大疫，延及江西，死者无算”，一次为“万历十六年五月，山东，陕西，山西，浙江俱大旱疫”，这些记载是说全省有疫，还是其中部分州县有疫，没有交待清楚；《清史稿》记载为86个州县。此外，有一处记载“康熙四十八年十月，江南大疫”，这是指江南全区有大疫，还是江南某些地方有大疫，说得也和《明史》记载一样模棱两可。如果以有明确的州县数来计算的话，正史记载明清二代东南地区遭疫灾的州县为107个，不及方志记载数的1/10。
    历史上对疫病一般通称为疫，严重的称为大疫。那么什么样的疫才算严重呢？称得上大疫的疫病在东南地区发生过多少次呢？这些历来缺少界定和统计。但从方志记载来看，有的是从疫死人的多少来说的，例如福建永定“康熙五十七年，岁大疫，死者千馀人”，（民国《永定县志》卷1）江苏沛县“万历三十一年，夏秋大疫，病死数千人”，（同治《徐州府志》卷5上）江西安义“同治元年，秋大疫，死者数千人”；（同治《安义县志》卷16）福建南平“嘉靖二十四年，岁大疫，死者万计”，（康熙《南平县志》卷4）安徽巢县“崇祯十四年，夏大疫，死者万馀人”，（道光《巢县志》卷7）浙江缙云“春大疫，死者万馀人”，（光绪《缙云县志》卷15）江西抚州“顺治四年夏秋大疫，尸相枕籍，死数万人”；（光绪《抚州府志》卷84）安徽凤阳“嘉靖三年，大疫，人民死亡过半”，（光绪《凤阳县志》卷15）霍邱“乾隆五十一年，夏大疫，民死十之六，甚至有阖家尽毙，无人收殓者”，（同治《霍邱县志》卷16）萧县“崇祯十四年，五月大疫，死者十之八九，无棺无殓者不可胜数”，（嘉庆《萧县志》卷18）江苏高淳“康熙四十八年，大疫，自春及秋死亡过半”。（民国《高淳县志》卷12下）从这些记载来看，所谓大疫，当指死亡人数超过总人数的一半，或死亡人数在千人以上者。
    据初步统计，东南地区在明清时期发生大疫共818县次，约占总疫情数（受疫灾县数）的53.18％。明清时期东南地区疫情之严重，由此也可见一斑。
    二、疫病种类的考察
    明清时期东南地区究竟有哪几种疫病？这在正史上一般都没有记载，只是在方志上偶尔记载了一些病名和症状，但数量很少，而且很零星。现据这些零星的记载作个初步的考察以求有个粗略的了解。不过，本文所述的疫名，并不是明清时期东南地区发生疫病的全部，而只是其中几种而已。
    （一）霍乱。《黄帝内经》对它已经有记载：“土郁之发，民病霍乱”，“太阴所至为中满，霍乱吐下”。我国古代所说的霍乱一般是指夏秋二季的急性肠胃炎或细菌性食物中毒，和现代医学所说的不同。现代医学所说的霍乱是指由霍乱弧菌引起的烈性传染病虎列拉（cholera）。这种病我国东南地区称之为转筋霍乱，或称为吊脚痧（亦作钓脚痧）、瘪螺痧、子午痧、鬼偷肉等。其症状据光绪《慈溪县志》卷55记载是“其病霍乱吐泻，脚筋顿缩，朝发夕毙，名吊脚痧。”民国八年《芜湖县志》卷57说：“患者吐泻，肌肉立消，俗称鬼偷肉。”这些记载和现代医学所说的霍乱特征完全一致，说明明清时期东南地区的疾疫中已经有霍乱的存在。
    东南地区的霍乱病最初出现在嘉庆二十五年（1820年）。光绪《南汇县志》卷22载：“嘉庆二十五年，疫疠大行，转筋霍乱证自此始。”民国《象山县志》卷29记载说：“嘉庆二十五年，秋大疫，石浦尤甚，其症脚筋抽搐即死。”光绪《乐清县志》卷13及光绪《慈溪县志》卷55也记载该年当地发生霍乱，说明上海、浙江沿海地区是东南地区霍乱最早的流行地。这和现代学术界认为霍乱是嘉庆二十五年由海路传入中国的说法完全一致。（注：陈邦贤：《几种急性传染病的史料特辑》，《中华医史杂志》1953年第4号。）