道光元年（1821年）霍乱传播到福建全省。民国十六年《连江县志》卷3说：“道光元年，秋收七月至八月大疫，霍乱暴死者众，福建全省皆然。”民国《莆田县志》卷3也说：“道光元年七月八月，全省霍乱流行。”这一年流行霍乱的地方还有上海地区的南汇、嘉定；江苏的昆山、太仓、常州；浙江的嘉善、平湖、湖州、乌程、太平以及安徽的萧县，成为霍乱在东南地区的第一次大流行。到光绪朝的中后期，霍乱又一次在东南地区爆发，流行的地区有上海的嘉定、宝山；江苏的常州、山阳、高邮以及安徽的芜湖。霍乱成为晚清时期在东南地区流行最广、为害最烈的疫病之一。
    （二）鼠疫。鼠疫是一种很古老的烈性传染病，它最早的记载可追溯到《黄帝内经》的恶核病：“恶核者内里忽有核累累如梅李，小如豆粒，皮肉燥痛，左右走身中，卒然而起，……不即治，毒人腹，烦闷恶寒，即杀人。”这是我国古代对腺鼠疫最形象的描述。
    东南地区的鼠疫有的方志记载是光绪二十一年（1895年）。民国《同安县志》载：“光绪二十一年，大疫，鼠先死，染者或肿项，或结核，吐血，流行甚盛。”其描述和《黄帝内经》的记载完全一致。但东南地区对鼠疫的最早记载并不是光绪二十一年，而是光绪二十年，地区不是福建同安，而是金门。民国《金门县志》卷12对此有明确记载：“光绪二十年，（金门）后浦头，后水头，沙尾等乡，忽发生鼠疫，传染甚速，死数百人，为金门前所未有。二十一年鼠疫传染各乡，后浦为最。”以后便在福建各地传播开来。同年，除同安县外，莆田也发生了鼠疫，民国《莆田县志》卷3记载道：“光绪二十一年鼠疫起。初由梨园子弟在枫亭传染，载归已死，船泊河滨，数日之内，河滨人染疫者十馀人，蔓延全城，死百馀人，以次传染乡村。”很明显，莆田的鼠疫是从外地传入的。
    有一种说法，认为福建的鼠疫是光绪十六年（1890年）从广东雷琼地区传入的。民国《德化县志》卷10说：“此疫（鼠疫）始生于十六年广东雷琼间，传染全国通都大邑，每年死以万计。”有的学者认为：19世纪80-90年代雷州半岛和海南岛不断有鼠疫流行。（注：曹树基、李玉尚：《历史时期中国的鼠疫自然疫源地》，收录在《中国经济史上的天人关系》，中国农业出版社，2002年，第107-108、105页。）因此，福建的鼠疫从广东传入是完全有可能的。另有一种说法认为：近代福建鼠疫是通过海路从香港传入的，时间是1894年，（注：曹树基、李玉尚：《历史时期中国的鼠疫自然疫源地》，收录在《中国经济史上的天人关系》，中国农业出版社，2002年，第107-108、105页。）这一说法时间上又和民国《金门县志》所说相符，未知孰是，待考。
    自光绪二十年鼠疫在福建发生后，一直在福建蔓延，光绪二十一年在同安、莆田、金门；二十三、二十四、二十五、二十六年在厦门；二十六年又发生在德化，据说德化的鼠疫是由永春传入的；（民国《德化县志》卷10）二十九年在长泰；三十年在龙岩等地先后爆发鼠疫，其他地区除安徽颍上在宣统三年有鼠疫发生外，别的地方都不见有鼠疫的记载。
    （三）天花。天花古称虏疮，亦称痘疮，简称痘，是我国古有的一种接触性传染病。三国时的《肘后方》对此已有详细的记载：“比岁有天行发斑疮，头面及身，须臾周匝，状如火疮，皆载白浆，随决随生，不即疗，剧者数日必死，疗得瘥后，疮瘢紫黑，弥岁方灭，此恶毒之气也。”
    明清时期，天花是东南地区流行十分普遍的一种传染病，普遍叫痘疫，有的地区如福建，也叫痘疹。据记载，明清时期至少有20年，在22个县中流行过天花，主要流行在浙江、江西、福建这几个省，为害的烈度也相当大。民国《象山县志》卷29载：“乾隆五十年，（象山）痘疫，稚幼十伤其七”；同治《丰城县志》卷28载：“乾隆二十九年，（丰城）十月痘疫，小儿伤者无算”；民国《福宁府志》卷43载：“嘉靖元年，（福宁）痘疹大作，殇者千人。二年亦然。万历二十八年，秋冬，痘疹灾。乾隆二十二年，霞浦、福安、宁德痘疹大作”；民国《万载县志》卷1之2载：“嘉庆十一年，夏五月，痘疫，多夭死。十六年，夏痘疫，死者相望。”
    我国在宋代已发明了种痘法。《医宗金鉴》（乾隆四年）载：“尝考种痘之法，有谓取痘粒之浆而种之者，有谓穿痘儿之衣而种之者，有谓以痘痂屑吸入鼻孔中而种之者，谓之旱苗，有谓以痘痂湿屑吸入鼻孔而种之者，谓之水苗。以上四者相较，水苗为上，旱苗次之，痘衣不验，痘浆太残忍。故古法独用水苗，盖取其和平稳当也。”可见我国在1739年以前已积累了丰富的预防天花的经验。
    （四）疟疾。疟疾之名始见于先秦典籍，《礼记·月令》已有“寒热不节，民多疟疾”之说。明清时期江南称为疟，江西称为瘴。初次记载是明嘉靖四十年（1561年），光绪《吉安府志》卷53：“嘉靖四十年秋，永宁瘴作，疫死千人。”万历时期在东南地区有过大范围的流行。五年（1577年）江西的永新、永宁、福安等地出现大范围的流传，造成永宁、福宁“死者无算”，永新“死者不可胜纪”的严重后果。（光绪《吉安府志》卷53；同治《福安县志》卷1；同治《永新县志》卷26）三十一年又流行于浙江的嘉兴地区，包括嘉兴、秀水、桐乡等县。这次疟疾在嘉兴地区的流行有一个共同的特点，即“疟疾盛行，腹肿则死”。（光绪《嘉兴府志》卷35）疟疾一般没有腹肿的症状，只有反复发作后，才会出现脾肿大。疑腹肿是脾肿。