厦门岛周围水深港阔，可停大船，由于外围有金门、大担、二担诸岛，海浪对厦门港影响不大。明代初年，厦门岛为明军驻防地之一，名为中左所，因此，它曾是一个走私商人躲避的港口。厦门港在明末清初的兴起，其实是月港与安海港发展的必然结果。厦门位于泉州与漳州交界之处，距离安海港与月港都很近，而且，港口条件远胜于以上二港。因此，月港与安平港的发展，必然要导致厦门港的崛起。
    厦门港取代月港是在明末。月港最早是作为走私港口而出名的，其实，它的航行条件不佳，明代后期，由于九龙江带来的泥沙淤积港口，大船不能直接入港，只能停泊在港口外围，用小船运货入港。它的优势是地理条件隐蔽，而且距漳州较近，漳州商人走私出海贸易，从月港下海最为方便。以故，早期的月港仅是漳州商人的走私港口。但明代后期的隆庆元年，月港商人取得了出海贸易的特权，月港从此成为南方著名的港口，对外贸易之盛，是其他地区不可相比的。然而，月港港口的局限性使其无法容纳过多的港口，因此，许多商船停泊在周围海域，据万历《漳州府志》，月港周围有月港、卢沈港、普贤港、海沧港、东头港、员当港、鸿江港等一大批港群，从其名字我们可知，其中的海沧港、员当港、鸿江港，现在都属于厦门港，由此可知，当时的厦门港已是月港的外港了。何乔远说：“嘉禾为屿，山断而海为之襟带。自国初以来，徙丁壮，实民籍，长子育孙，今而冠带郡右，往往辈出，生齿若一县。其地上硗下卤，率不可田，即田不足食民三之一；则土人出船贸粟海上，下至广而上及浙。盖船以三百余。”(46)可见，在明末厦门已经成长为我国重要的港口。晚明来到中国的西班牙人这样描述道：“那个港口是壮观的，除了大到能容纳大量的船外，它很安全，清洁而且水深，它从入口处分为三股海湾，每股海湾都有很多船扬帆游弋，看来令人惊叹，因为船多到数不清”，中左所，“这是一个有3000户人家的市镇”(47)。
    除了港口之外，明代厦门湾周边的城市有泉州府城、漳州府城及同安城，这三座城市都是规模较大的城市，人口众多，也可以说，安平港、月港及厦门港都是为这三座城市服务的。迄至明末清初，福建沿海的城市受到战争破坏，泉州城在清军控制之下，多次受到郑成功军队的攻击，漳州府曾被郑成功军队围攻，死亡人数据说有十几万；至于同安城，则发生了清军屠城事件，有五万多人死亡。在延续多年的拉锯战中，所有的城市居民都在寻找可保生命安全的世外桃源，其时厦门岛在郑成功长期控制之下，清军很难来到这里，所以，厦门城成为沿海居民避难的地方，数以万计的人口拥入厦门，使厦门从一个市镇成长为一个重要的城市。除此之外，安平港与月港的命运也发生变化。一般认为，月港在朋代后期的天启年间“急剧地衰落下去”(48)。其时，月港的对外贸易转到了厦门与安平港。清代初年，它是郑成功与清军争夺的重要据点。1657年，郑成功部下黄梧据城叛清，从此海澄城为清军据点，与占据厦门的郑成功对抗。郑成功虽然无法攻克海澄，但他的水师环绕海澄，使海澄的海船无法驶出海口，这种局面形成之后，海澄对外贸易的地位完全丧失，它的对外贸易已经完全转移到厦门港。
    安平港的命运与月港不同。郑成功的祖母长期定居安平镇，他的叔叔郑鸿逵也在安平养老，所以，郑成功是不会对安平镇用兵的。在日本方面的史料中，直到清代初年，仍有安平发来的商船。但至永历九年（1655年），郑成功与清朝的谈判正式破裂，清军大举来攻。为了集中力量，郑成功将安平的人口全都迁到厦门，并将安平镇夷为平地，以免被清军利用。此后，安平镇不再是重要的外贸港口。泉州的学者认为，清代的安平港“降为厦门联结内陆的中转港口。”(49)
    安平港、月港的毁弃及泉州城、漳州城、同安城的人口锐减，都成为厦门市成长的动力。在以上诸港市没落的背景下，厦门城市兴起，并在清代初年成为福建主要对外贸易港口，同时也是中国主要对外贸易港口之一。
    厦门在发展过程中与台湾结下深厚的关系。郑成功由厦门发兵台湾，成功地驱逐荷兰殖民主义者。康熙十九年（1681年），清军攻克厦门，将水师主力驻扎于此，设置“台湾厦门兵备道”，主持厦门与台湾的防务。当时朝廷规定厦门为唯一的渡台港口，从大陆到台湾的官兵与商民，都得从厦门港乘船渡海，这使厦门与台湾的关系更为密切。
    清代厦门是对外贸易的重要港口之一，康熙二十三年，清朝在厦门设置“闽海关厦门衙署”。此后的厦门成为清朝对外贸易的主要港口，英国、西班牙等欧洲国家的船只也来到厦门贸易，每次贸易都带来数以万计的白银。当时的厦门“服贾者以贩海为利薮，视汪洋巨浸如衽席，北至宁波、上海、天津、锦州，南至粤东，对渡台湾，一岁往来数次；外至吕宋、苏禄、实力、噶喇巴，冬去夏回，一年一次。初则获利数倍至数十倍不等，故有倾产造船者。然骤富骤贫，容易起落。舵水人等藉此为活者以万计”(50)。可见，清代的厦门是一个与海上贸易密切相关的城市。
    清代厦门城市也有了进一步的发展。据乾隆年间的《鹭江志》记载，厦门“稽查烟户计共一万六千一百余户”。若每户以五人计算，其时厦门人口约80500人。在当时已是一个有一定规模的商业城市。迄至道光十二年，厦门“查照门牌甲册，除僧、尼、道领县牒照仍归县造并无屯丁灶丁外，核实土著居民大小男女共十四万四千八百九十三名口。内男丁八万三千二百二十九丁，女六万一千六百六十四口”(51)。可见，几十年内，厦门的人口几乎增长了一倍。“百余年来，生齿日繁。闤闠民居，不下数万户。俨然东南一都会焉。”(52)陈化成论厦门：“厦门东抗台、澎，北通两浙，南连百粤，人烟辐凑，梯航云屯，岂非东南海疆一大都会哉！”(53)厦门的繁华也闻名于东南：“厦防厅为吾闽第一优缺，海舶麇集，市廛殷赈（赡？）。官廨尤极豪奢。大堂左右设自鸣钟两架，高与人齐，内署称是。署中蓄梨园两班，除国忌外，无日不演唱。”(54)总之，迄至清代中后期，厦门已经是一个有14万人口的城市港口。
    综上所述，明代月港与安平港相继崛起，代表着漳州商人与泉州商人的活力，二者在郑芝龙、郑成功时代相互融合，成为一个密切联系的商团，对这个商团来说，最好的港口不是月港，也不是安平港，而是位于二者之间的厦门港，加上郑成功驻兵于厦门，造成厦门人口骤增，于是厦门港取代月港与安平港，成为福建南部最大的港口。清代厦门是福建主要对外贸易港口，因而其城市发展很快。