助手们完成“长编”后，司马光开始定稿工作。他检阅“长编”，择其最要者，并加以文字节略和润饰。这样，他把冗长的“长编”删削到二百九十四卷。六百卷的唐纪长编被删削到八十一卷。虽然司马光为《通鉴》所做的工作仅此而已；但是，他在准备阶段为其助手们所作的周全计划和指导，则清楚地表明：他自始至终是统领全局的。
    与二百九十四卷的《资治通鉴》一起，司马光还向朝廷呈递了《通鉴目录》和《通鉴考异》二书。《通鉴目录》三十卷，它是在“丛目”的基础上编成的。《通鉴考异》也是三十卷，它是在范祖禹等人在着手“长编”时所作的注释基础上写成的。《考异》与《通鉴》的一同公布，是中国史学史上一个最引人注目的巨大变革。它表明：司马光不是象前代史家那样，仅仅满足于自己的主观判断来选择材料，然后再以隐晦的方式来叙述史事而不作任何说明；相反，他通过自己的主观判断选择材料，然后又把它们公之于世，由众人评判。这固然是由于在印刷术初步运用的北宋时代，知识传播的加快以及学术水平的提高，但更重要的却是由于司马光本人的科学态度。
    在搜集材料方面，司马光主张广收博采，其引用书目的著作门类非常广泛，有正史、实录、编年史、杂史、私家传记、地理志、文集、碑铭文字、诗词、轶事汇编，等等，但却不是不分青红皂白一概地加以接受。在《答范梦得》一信中，他就说：“诗赋等着若止为文章，诏诰若止为除官及妖异止于怪诞，诙谐止于取笑之类，便请直削不妨”。《新唐书》的作者昧于博采而失于真实，从而受到后人的激烈批评。然而，司马光的《通鉴》，取材则更为广博，但却没有招来后人的任何指责。
    在给范祖禹的那封信中，司马光指示道：“若彼年月事迹有相违戾不同者，则请选择一证据分明，情理近于得实者”。从这句话中，我们可以看出，司马光对材料的鉴别主要有两个标准：其一，材料本身证据分明（positive evidence），其二，材料本身具有内在的可能性（inherent probability）。如果我们将这两个标准与《考异》中的有关实例相对照，我们就会发现：在鉴别那些互有歧异的材料时，《考异》做的非常审慎，对那些有具体时间的材料，则更是如此。此外，对那些内在不可能（inherent unlikely）的材料，司马光也有自己独到的鉴识。他摒弃了许多传说故事，因为他认为这些传说或者党同伐异，或者纯是奇闻轶事，与某个历史人物的性格（character）或者某种可能的动机（probable motivation）相矛盾。当然，司马光对史料的鉴别也有很大程度上的主观因素，但这却是历史学家们在鉴别史料时所不可避免的。因为他们的的鉴别必须立足于已获得的有关人事方面的知识（peneral knowledge of men and affairs）。科学的史家总是尽力通过严谨的材料分析技术来减少主观的成份，但他也决不可能完全摆脱主观的因素。从这点来看，尽管司马光对材料真伪的鉴别首先是基于其主观的判断，但他仍是一个科学的史学家。
    从我们今天的角度来看，司马光史学方法中一个最为严重的局限性——也是人们常常提及的中国所有传统史家共同的局限性是，他很少看到人的特点（man's character），往往把自己的注意力只局限于某一时期某一孤立的事件方面，而没有看到这一事件与其它事件一起构成错纵复杂的有机整体。从而，他的巨大劳动结果只是一本极好的编年史，仅此而已，它决不是我们今天意义上的历史。
    从技术性的方面来看，《通鉴》还有另一个严重的不足，那就是对材料的研究还嫌不够，《考异》在分析有关史料时，不是把它们看作全部有用，至少也是把它们的某些部分视为有用。从总体上看，这些材料都是被作为基本的史料使用的，但对它们的源流和相互关系未作分析。史料A很可能部分地建立在史料B的基础上，但它们却被视为各自独立的具有同等价值的史料。当然，这不仅是司马光个人的局限，而且是中国史家共同的现象——尽管在十七至十八世纪有所改变。
    然而，无论如何，认真地研究司马光的史学方法，对于我们认识中国传统史家是有帮助的。过去有人认为，在剪刀加浆糊的框架之中，中国根本就无史学评论可言。还有人认为，中国传统史家只有历史必然性（certainty ）的概念而无可能性（probability）的概念，等等。司马光的史学方法， 则破除了人们强加在中国传统史学中的这些神话。