第一，保存和提供了先秦的重要古籍书目
    先秦古籍是中华民族文化之渊薮。至今研究先秦古籍的书目只有《汉书·艺文志》，然而，该书提供的目录有些系赝品，有些则付之阙如。这就需要进一步向前追索。《史记》虽然没有做出如《汉志》之类的图书目录，但是我们可以依据《史记》所引书籍及司马迁亲自阅读过的书籍而做出《史记》所引书目，以之与《汉志》相互参补。史迁所见之书在汉初至中期可能是最多的。“迁为太史令，紬史记石室金匮之书。……自曹参荐盖公言黄老，而贾生、晁错明申、商，公孙弘以儒显，百年之间，天下遗文古事靡不毕集太史公。”（《史记，太史公自序》）据金德建考证，《史记》所引书籍将近百种（见《司马迁所见书考》）。这些古书，经与《汉志》对比，有些为《汉志》所有，有些所无，可补《汉志》之缺，决《汉志》之疑，无论对于研究古代典籍的源流，或辨章学术，都有极重要的文化史价值。
    这里还应该提出司马迁对于经学的贡献。经学是中国封建文化中最重要的官方文化之一。往昔，治汉代经学者比较重视孔安国、董仲舒、何休、刘歆、马融、郑玄等人，对司马迁则往往忽视，认为他是史学家，而非经学家。其实史迁对于经学上的许多重大问题都做过专门的研究和记述。诸如，至令尚在争论的孔子和六经的关系问题，司马迁认定孔子删修过六经。他指出：“周室既衰，诸侯恣行，仲尼悼礼废乐崩，追修经术，以达王道，匡乱世，反之于正，见其文辞，为天下制仪法，垂六艺之统纪于后世。”（《史记、太史公自序》）又谓：“孔子之时，周室微而礼乐废，《诗》、《书》缺。追迹三代之礼，序《书传》，上纪唐虞之际，下至秦缪，编次其事。……故《书传》、《礼记》自孔子。（《史记、孔子世家》）史迁在很多地方谈到这个问题时，都是肯定的。在《封禅书》中他也说：“缪公立三十九年而卒，其后百有余年，而孔子论述六艺。”关于六经思想的研究，《史记》也多有所载：“孔子曰：‘六艺于治一也。《礼》以节人，《乐》以发和，《书》以道事，《诗》以达意，《易》以神化，《春秋》以道义。”（《史记、滑稽列传》）史迁自述：“年十岁，则诵古文”，这可能是指他十岁即从孔安国学习古文《尚书》。孔安国作为西汉大儒能以今文讲述诵读《尚书》，这对史迁治《尚书》发生了极其深刻的影响。现在我们看到《史记》所载许多篇《尚书》，皆以今文载之，这对后世研究《尚书》者，帮助极大。而且有关今古文的许多问题，《史记》也为我们提供了最早的研究资料。例如：《儒林传》中关于文帝时代伏生“壁藏”及传授今文《尚书》的史料，孔氏家现出古文《尚书》及所多篇幅的史料，西汉中期以前五经辗转传授的材料等。这些既是经学史上珍贵的论证史料，也是中国古代文化史上的宝贵财富。
    第二，辨章学术，考镜源流
    司马迁在《史记》中并非简单的序列古籍书目，而且从研究中华文化史的角度着眼，辨章学术，考镜源流。
    中国古代学术发展至战国，已经渐趋成熟。这既表现为学人辈出，学派林立，又呈现为思想独创，综合发展。学术界很多人长期认为我国古代学术的综合趋势始于战国末期。这是不够全面的，实际上早在战国中期，学术发展的综合趋势即已显露出来。学术的综合发展，是学派林立、互相渗透的直接后果。而学派林立，各相竞生，是目春秋末期逐渐开始，至战国中期达到高峰的。认识这个学术发展情势的捷足先登者要算庄子，他在战国中期就曾把古代学术思潮发展概括为：儒、墨、扬（扬朱）、秉（公孙龙）与惠施（《庄子、徐无鬼》）。如果用汉人的认识，这实际上就是对儒、墨、道、名四大家的初步概括。战国末期的韩非子认识进了一步，他曾指出：儒、墨为春秋战国时期的“显学”，孔、墨之后“儒分为八，墨离为三”（《韩非子、显学》）。然而，不论庄子抑或韩非，都没有把春秋战国的学术发展提高到“家”或“派”的高度加以概括。至汉初，司马谈的《论六家之要指》第一次明确地把春秋战国至汉初的学术文化发展，划分为“六家”，相对区分为六种思想系统，并对其学术得失做了批判性总结。这是司马迁整理中国古代学术思想发展的基本的理论依据和思想标准，由此而明确了中国古代的学术源流。这“六家”在先秦子书中被认识的情况是不同的，比较明确的是对于“儒”、“墨”的认识，不管是庄子还是韩非，都把“儒”、“墨”实际抽象为影响较大的两种社会思潮，两家学派的代表，而其他则没有。虽然庄子已经认识了杨朱、公孙龙、惠施思想的影响，承认其为有影响的思潮，但并未明确地以“道”、“名”概括之，至于对法家思想，阴阳五行思想，亦未用“法”、“阴阳”概括之。明确概括这“六家”或六派始出于《史记》所引《论六家之要指》，这在古代文化史的上建树是极为可观的。后来《汉书·艺文志》关于“十家九流”的概括，是不如《论六家之要指》中关于“六家”的提法准确而翔实的。
    关于“六家”的学术源流和相互之间的渗透，司马迁也做过深刻地研究。例如法家和道家的关系，一直是中国思想文化史上经常讨论的问题。司马迁从来断定：“鞅少好刑名之学”（《史记·商君列传》），“申子（申不害）之学本于黄老而主刑名”，“韩非……喜刑名法术之学，而其归本于黄老。”（《老子韩非列传》）这里明确认为黄老之学、刑名之学是法家的学术渊源。然而，学术界长期苦于缺乏确切材料的论证，而有时论断游移。一九七三年长沙马王堆汉墓出土之古帛书对此提供了信史资料，证明司马迁论断之准确。关于黄老之学产生的年代问题，亦是学术界至今莫衷一是的问题。其实司马迁对这个问题也做过追踪的考察，他在叙述乐毅的生平及思想时探明：“乐臣公学黄帝、老子，其本师号曰河上丈人，不知其所出。河上丈人教安期生，安期生教毛翕公，毛翕公教乐瑕公，乐瑕公教乐臣公，乐臣公教盖公。盖公教于齐高密、胶西，为曹相国师。”（《史记·乐毅列传赞》）按此线索可以推求到战国中期，即是说从战国中期就可以找出黄老之学的传人了。为了证明这个观点的可靠性，我们还可以从司马迁写下的另一段文字得到验证。“慎到，赵人。田骈、接子，齐人。环渊，楚人。皆学黄老道德之术，因发明序其指意。”（《孟子荀卿列传》）这些人都是战国中期的稷下先生，他们得以学黄老道德之术，可见其学是存在于此前无疑了。由此可知，司马迁对于黄老之学的源流。大体是清楚的。