就体例而言，《中国思想通史》克服了侯外庐同志早期将古代社会史与古代思想史分别论述而又要求“相互补充”的缺陷，几乎在每一卷开头都有对不同时代的社会史论述。侯外庐同志先前感到难以研究的秦汉社会史，在思想通史第二卷首章也做了补充。把社会史与思想史更加紧密地联系起来，从社会历史前进运动中去把握不同时代的思潮、学派及其代表人物思想的变化过程，换句话说，是对思想史做动态的研究，而不是孤立静止的研究。故侯外庐同志认为，依据社会史与思想史相联系的观点去观察社会与思想的发展，是可以相得益彰的。然而，这已经不仅仅是体例问题，而是属于方法论范畴的问题了。侯外庐同志在撰写第四卷时，因集中精力研究封建土地国有论问题，未及完成对理学时代的宋元明社会的具体论述，这是一个缺憾。
    侯外庐同志治学的另一个特点是，决疑与开拓并重。所谓“决疑”即解决历史疑难问题，如社会史研究中的历史分期问题、土地制度问题、资本主义萌芽问题等等；思想史研究中有关人物评价（如董仲舒、韩愈、朱熹、王守仁等）、思潮评价问题等等，《中国思想通史》作者都做出了自己的回答。然而，由于中国思想通史的研究范围并不限于传统思想，因此更加重视拓荒。即要发掘一些不被一般思想史、哲学史著作所重视的思想家，如王充、桓谭、仲长统、嵇康、葛洪、吕才、刘禹锡、柳宗元、王安石、黄震、马端临、王艮、何心隐、李贽、方以智、傅山、朱之瑜等等。侯外庐同志特别重视哲学史上的唯物主义和无神论传统，以及反对正宗思想的“异端”思想家的优良传统，因而在《中国思想通史》中往往开设专章专节详加论列，从而使它脱开一般思想史、哲学史著作的窠臼而别开生面。
    侯外庐同志治学还有一个特点，即他强调从世界历史范围来考察中国历史发展规律。他认为，中国思想史从文明社会揭幕与国家成立以来，同样是依顺着世界思想史的一般规律发展的，“并没有东方文化与东方思维的排他性的特异构成。然而中国史在世界史的总趋势之中，亦并非依样画葫芦别无个性，相反地，它……具有特殊的合规律的运动路径，在思想领域里更有它的生成的变革的传习，有它自己创造的特别语言文字，以及有它的处理人生与变革现实的特殊方式，不能和西方路径一概而论的”。因此，他认为，为了说明中国思想史的特点及其在世界文化发展中所扮演的角色，有时不能不做对称比较的研究，同时更要具体指出中国思想发展的特别传统与其运行的特别路径，以期发掘我国数千年来的知识宝藏及其所蕴含的优良传统。⑨侯外庐同志以实事求是的科学态度对待祖国历史和文化，既反对了国粹主义，又反对了民族虚无主义。他还强调说，有时必须进行中外比较研究，才能认识中国历史的特点。例如，关于中国古代哲人偏重伦理的问题，侯外庐同志通过比较古希腊与古中国文明路径之不同，指出前者是从家族到私产再到国家，国家代替了家族，走的是一条新陈代谢的革命路线；而后者则是由家族到国家，国家混合在家族里面，走的是一条新陈纠葛的维新路线。因此，前者是人惟求新，器惟求新的“市民世界”，后者则是人惟求旧，器惟求新的“君子世界”。而从“市民世界”中产生出来的哲人具有注重自然的智者气象，从“君子世界”中产生出来的哲人则表现为偏重伦理的贤人作风。又如，对明清之际的早期启蒙思想，侯外庐同志也是通过与欧洲文艺复兴和宗教改革后的思想相比较而得出的认识。
    此外，侯外庐同志从个人著书到依靠专家群体，合作撰写出洋洋二百六十余万言的《中国思想通史》这部巨著，并由此而建立了思想史科研基地，也是他的史学工作的重要发展。
    《中国思想通史》以其丰富的内容和独特的风格赢得了读者，受到了国内外学界的重视。它已经成为史学、哲学乃至其他学术工作者的主要参考书。这表明侯外庐同志和他的合作者们获得了巨大的成就，同时也为集体科研工作提供了成功的范例。
    晚期（70年代中期至80年代中期）是继续开拓和总结的时期。
    侯外庐同志在十年浩劫中，因受林彪、江青反革命集团的严重迫害，身体致残。70年代初，林彪自我毁灭后，“左”的气氛稍有缓解。此时外庐同志困居家中，拖着病残之躯，开始搜集自己有关研究中国封建社会的论文，用剪刀加浆糊的方法，结集成《中国封建社会史论》，并于1972年党的生日这一天，握着颤抖的笔，亲自写了一篇短序，说明编集这部著作的原委。他对自己曾经受到猛烈批判的封建土地国有论没有片言只字的检讨，表现出他在理论原则上的坚定性。虽然他当时还没有被“解放”出来，但他立意编集此书是寓意颇深的。他在1979年写的出版后记中控诉了“四人帮”的封建法西斯文化专制主义，欢呼科学春天的到来。
    1972年，侯外庐同志得知我们思想史室几位同志从河南“五七干校”回京的消息之后，找我们商谈撰写《中国近代哲学史》的问题。这项工作始于1973年，成稿于1974年。当时“四人帮”掀起所谓“批孔”和“儒法斗争”的高潮，外庐同志要求我们不要理会这些鸦鸦乌的东西，教导我们多读一些马列的书，增强辨别理论是非能力。侯外庐同志亲自指导我们写成了这部几十万字的书，那时还不能署上他主编的名字。他说，只要能让书出版，有没有我的名字也没关系。由此，我们看到他对待科学事业有一颗赤诚的心。（《中国近代哲学史》在“四害”横行时期终究未能出版，直至1978年才和读者见面。）
    在科学事业上，侯外庐同志是永远不愿意止步的。党的十一届三中全会以后，侯外庐同志获得了解放。他的身体虽然愈来愈衰弱，而他追求科学的那颗火热的心却愈来愈炽热。他又带领我们重新编写《中国思想史纲》。侯外庐同志早在40年前就说过，在完成研究性著作后，就一定要写普及本。《中国思想史纲》一书，既是《中国思想通史》的普及本，但又依据科学的进展，增加了不少新的内容，受到青年读者的欢迎。