李贽修史的目的至为明显，并非“有志于博学宏词”，而拟“与百千万人作对敌”，即要为传统观念定性的历史冤案平反。对于是非品评的标准，他在《藏书世纪列传总目前论》中作了明确阐述：就原则而言，则“今日之是非，谓予李卓吾一人之是非”为准；就时代划分，又是针对“后三代，汉、唐、宋是也。”因为此间千百余年，“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳。”这样，李贽提出的新的是非观自然具有了“颠倒千万世之是非，而复非是予之所非是焉”的气魄。
    李贽是非标准的总体原则是体民情，尚功用，重才智，非说教。确切地表述就是：人或一切事物的存在价值，只有通过是否有用于社会这把标尺来衡量，社会功能是检验人间是非原则的衡准，以此为据，他在《藏书·世纪列传总目后论》中阐述了这一观点。
    圣主不世出，贤主不恒有。若皆如汉祖孝文孝武之神圣、孝昭孝宣之贤明，则又何患乎其无臣也。惟圣主难逢而贤主亦难遇，然后大臣之道斯为美矣。故传大臣。大臣之道非一，有因时而若无能者，有忍辱而若自污者，有结主而若媚，有容人而若愚，有忠诚而若可欺以罔者；随其资之所及，极其力之所造，皆可以辅危乱而致太平。如诸葛孔明之辅刘禅，可以观矣。非谓必兼全五者，而后足当大臣之名也。大臣又不可得，于是又思其次，其次则名臣是已。故传名臣。夫大臣之难遘，亦犹圣主之难遭也。倘得名臣以辅之，亦可以辅幼弱而致富强。然名臣未心知学而实自有学，自儒者出而求志达道之学兴矣。故传儒臣。儒臣虽名为学而实不知学，往往学步失故，践迹而不能造其域。卒为名臣所嗤笑也。自儒者以文学名为儒，故用武者遂以不文名为武，而文武从此分矣。故传武臣。夫圣主之王也，居为后先疏附，出为奔走御侮，曷有二也。……武臣之兴，起于危乱。危乱之来，由于嬖臣。故传亲臣，传近臣，传外臣。外臣者，隐处之臣也。天下乱则贤人隐，故以外臣终焉。
    这段议论紧系世纪列传总目而发，表明了篇中涉及的八百余历史人物分类的标准和排比先后的依据，而通过总体上的排列顺序，又体现出作者褒贬毁誉的是非原则。可以看出，自“世纪”之后，各臣的排比是视其辅君位置的重要程度而论，含有是否有用于社会的检验因素。君主之下列大臣，是由于“大臣之道非一”，尚可“随其资之所及，极其力之所造，皆可以辅危乱而致太平。”这无疑寄寓有个人才能于其中的作用。大臣之下列名臣，是名臣“亦可以辅幼弱而致富强，其地位几乎与大臣等同；名臣后之儒臣，是由于“以文学名”而文武分途，含职业化的意义而非显位置的重要；武臣起，能担负为圣主之王业“奔走御侮”之任，但武臣之职又意味兵戎干戈，危乱接踵而至；亲臣、近臣、外臣伴随着天下危乱而生，予示社会开始转入衰势，等待下一轮“圣主”收拾河山，重开基业。自此，历史阶段的周期“以外臣终焉”。李贽将人物褒贬的是非原则融入治乱交替的历史过程，这种独具匠心的编撰构思，增强了史论发议的评说力度。
    以上述是非原则为准，李贽重点肯定的历史人物，有几类是值得提出来的：
    ①体恤民情，常以有利于百姓生计着想的君王。如赞汉高祖入关时，约法三章，除秦苛政，乃“王者之师”〔12〕；称赞汉文帝的与民休养生息，行黄老无为之治，并于临终遗诏时，“身崩而念在民”〔13〕；颂武则天“有专以爱养人才为心，安民为念如武氏者乎？”〔14〕赞宋太祖告诫部将，“切勿暴掠生民”为“圣主推戴”〔15〕。
    ②见识独到，不泥古人，有所作为者。如称颂秦始皇统一之功绩为“千古一帝”，汉高祖为“神圣开基”〔16〕；赞李斯“五帝不相复，三代不相袭，各以治”〔17〕的观点；另在《焚书》卷5《读史》中， 对贾谊、晁错等有见识，有作为的大臣，亦予以赞赏。
    ③因时改革，善用才智，有助国用者。如赞李悝变法，“行之魏国，国以富强。”〔18〕称吴起“料敌制胜，号知兵矣。”〔19〕誉商鞅“相秦不过十年，能使秦立致富强，成帝业。”〔20〕桑弘羊用均输、平准之法，“不待加赋，而国用自足。”〔21〕张居正的改革为“大有助于社稷者。”〔22〕
    ④起于乱世，功业未成，但事迹悲壮者。如《藏书世纪列传总目》列群雄于首，以彰其事。赞陈胜“匹夫首倡”，项羽“英雄草创”，李密“因乱使智”，窦建德“亡命草创”等，将其一并列入“世纪”人物，与历代帝王同。此外，李贽还对顺势而为之“因时大臣”、好施巧计之“智谋名臣”、戎马倥偬之“大将武臣”，以及在文史、工艺、科技等方面有所造诣者，亦给予肯定的历史地位。
    与赞誉者相反，李贽对那些无才无学而专以道德相标榜者极为鄙视，称其为伪君子。他在《续焚书》卷2 《三教归儒说》中指出：“夫惟无才无学，若不以讲圣人道学之名要之，则终身贫且贱焉，耻矣。”并斥责他们“阳为道学，阴为富贵；被服儒雅，行若狗彘。”从这些论述都可看出，李贽评史的标准，言微意深，富有新创，其实质为通过“谓一人之是非”的评价原则，藉以反对封建名教，冲破思想蕃篱，就时代而言，他的见解确实是发人深省的。
    （4）、撰史方法：“笔削诸史， 断以己意”与贯通古今的纪传体评论的创例
    李贽精心编纂的两《藏书》，依古人修史贯通古今之例，择众家之长，创已意之新，叙人载以传纪，述事系以编年，发议融汇其间；通过人物的前后排列，事件的纵横比较，议论的褒贬毁誉，以表达历史见解。他在治史之时，注重博览群书，独立思考，提倡怀疑精神。他对司马迁著史自出手眼，不践前迹尤为赞许，在《藏书》卷40《司马迁传》中，针对班固称其“是非谬于圣人”的指责，反驳说：
    班氏以此为真足以讥迁也。当也！不知适足以彰迁之不朽而已，使迁而不残陋，不疏略，不轻信，不是非谬于圣人。何足以为迁乎。则兹史固不待作也。迁、固之悬绝，正在于此。这段议论，表面上是对司马迁的赞誉，实际上则是李贽本身著书发议的指导思想。他的《藏书世纪列传总目》的前、后论，不仅表达出其历史发展观与人物评价的是非原则，也是该书撰述凡例的纲目。就《藏书》的纪传体例来看，受司马迁的影响较为明显，但在内容的表述上，也受着《通鉴》的启发。如总目的“世纪”人物，相当于《史纪》的“本纪”、“世家”，其排列顺序依朝代的先后为据，而“诸臣”的排列分类已体现出褒贬的原则；对于人物活动及事件的表述，全书则据编年来安排，其中夹附议论和述评。这种融记叙、评论于一体的贯通古今的史书编纂，不仅为一种创例，而且其具有的历史批判精神在中国史学思想史上，无疑产生着“推倒一世之智勇，开拓万古之心胸”〔23〕的启蒙作用。如果说中国史学史上史论体系的发展，经过了由最初短篇散章形式到整体评述的专论阶段，那么李贽则将这种专论，由以往那种纯粹的评论得失、借鉴经验的“资治”，引入到新的思想领域，因为从社会观、价值观和历史观上对整个时代展开的全面批判，是从李贽开始的，所以他的史论在思想性方面的成就，应该是极具影响的。