陈寅恪对直到明清结束的整个皇帝时代各阶段的历史都有独到的研究，用力最多、成果最丰的是“不古不今”的魏晋南北朝隋唐时代的文史，尤其是历史。他提炼出一条政治社会历史发展的基本线索，因为有系统的土庶研究、集团研究、内外关系研究支持，许多结论坚实可信，影响深远。
    在这方面，陈寅恪发表的第一篇文章《李唐氏族之推测》，一开始就抓住了切入点，从至关重要的土族问题着手去认识中古士族社会。尔后理出士族社会兴衰史，系统论及：东汉以后学术文化重心不在政治中心之首都，是以地方之大族盛门为寄托（注：《崔浩与寇谦之》，《岭南学报》11卷1期，引自《金明馆丛稿初编》，上海古籍出版社，1980年，126页。）；官渡之战决定东汉中晚以后掌握政权儒士与阉宦两大社会阶级之胜负升降，东汉儒家大族一时暂屈服于法家寒族之曹魏政权，然西晋篡魏可谓东汉儒家大族之复兴（注：《崔浩与寇谦之》，同上书，128、129页。）；南朝之政治史，乃北人中善战之武装寒族为君主领袖，而北人中不善战之文化高门为公卿辅佐，互相利用，以成江左数百年北人统治之世局（注：《魏书司马睿传江东民族条释证及推论》，《史语所集刊》11本1分册，引自同上书，95页。）；陈霸先又别用南方土著之豪族，此为江左300年政治社会上之大变动（注：《述东晋王导之功业》，《中山大学学报》1956年2期，引自同上书，48页。）；魏孝文之品目门第专以官爵之高下为标准（注：《崔浩与寇谦之》，同上书，132页。）；既非出自山东土族，又不属关陇集团的武后掌握政权，在历史上实有进步意义，盖北朝之局势由此而一变（注：《记唐代之李武韦杨婚姻集团》，《历史研究》1954年1期。）。唐代自进士科新兴阶级成立后，其政治社会之地位逐渐扩大，驯致旧日山东士族转成孤寒之族，旧习门风论替殆尽，斯亦数百年间之一大世变（注：《唐代政治史述论稿》，79-80页。）。陈寅恪一再强调：“门阀一端乃当时政治社会经济文化有关之大问题”（注：《述东晋王导之功业》，《中山大学学报》1956年2期，引自《金明馆丛稿初编》，48页。），“欲通解李唐一代三百年之全史，其氏族问题实为最要之关键。”（注：《李唐氏族之推测后记》，《史语所集刊》3本4分册，引自《金明馆丛稿二编》，303页。）陈寅恪关于东汉以后至唐后期士族门阀贵族和进士科新兴官僚兴替历史的系统研究成果，相当完整地勾画出那八九百年间社会主流阶层成分变化的全貌，是认识当时社会政治斗争背景、经济冲突内涵和文化变迁特点的基础。近几十年间在史学界带起了一股常盛不衰的士族研究热，这是整个魏晋南北朝隋唐历史研究中，工作进行得最充分最扎实的一个领域，从而深化了对整个中古时代的认识，提升了断代史研究的总体水平。陈寅恪富有启发性的系列成果，有开创性的贡献。
    为细化对士庶问题的研究，陈寅恪区分不同出身背景的人为集团，主要是地域性集团，分析集团间的冲突斗争，进一步生动具体地揭示出一幕幕政治斗争的社会内容，达到本纪列传体史籍无法企及的深度。
    陈寅恪判研的集团，有魏晋之际曹魏的法家寒族集团和西晋司马氏的儒家大族集团（注：《崔浩与寇谦之》，同上书，128、129页；《书世说新语文学类锺会撰四本论始毕条后》，《中山大学学报》1956年3期，《金明馆丛稿初编》，42-43页。），东晋南朝时迁至长江上游都会江陵南郡近旁一带的南来北人之武力集团，迁至长江下游居住京口晋陵一带的南来北人之武力集团，还有楚子集团与也是南渡之北人，但出身寒微，以武功特起，又别用南方土著豪族的陈霸先集团（注：《述东晋王导之功业》，《中山大学学报》1956年1期；《魏书司马睿传江东民族条释证及推论》，1941年《史语所集刊》11本1分册。均引自《金明馆丛稿初编》，67-68、94-95页。），关陇集团与山东集团（注：《记唐代之李武韦杨婚姻集团》，《历史研究》1954年1期。），或称关陇胡汉集团、关陇六镇及山东豪杰两系统之集团（注：《唐代政治史述论稿》，77页；《论隋末唐初所谓“山东豪杰”》，《岭南学报》12卷1期，引自《金明馆丛稿初编》，226页。）。其中特别是关陇集团的概念自40年代初提出以后，半个多世纪以来被中外学者广泛采用，成为解释隋唐历史的首要理论框架。关陇集团政治模仿门阀，但自身终究并非旧门阀，因而具有既保守又革新的矛盾性格，在中国门阀社会向后门阀社会的转变中起了关键作用。关陇集团问题的研究，深化了对隋唐历史底蕴的认识。
    外患与内政之关系，是陈寅恪把握历史大势的又一重要视角，周边国家和地区，往往成为复杂的内外交往和冲突的聚集点。陈寅恪在研究历朝史的时候，对此给予特别的关注，眼光不局限于中原王朝和内地的汉文献。
    著名的例证可举对东北高丽问题的研究。东北高丽问题在隋唐时变得非常突出和重要，在北方和西北方向边境形势基本稳定后，隋唐两代都把主要注意力放在这个方向，想解决在辽东、辽西扩张势力范围的高丽问题。自开皇十八年（598年）至总章元年（668年）的70年间，隋文帝、隋炀帝、唐太宗，唐高宗前后十余次遣兵击高丽，最后虽然平了百济，灭了高丽，但还是不过数年便退出朝鲜半岛，无力与统一半岛的新罗冲突下去而后撤。原因与紧急西调进击吐蕃的征东名将薛仁贵咸亨元年（670年）在大非川的大败有关。陈寅恪先生把这一东一西一般很难连到一起想的问题联系起来，做出令人信服的分析：“唐资太宗、高宗两朝全盛之势，历经艰困，始克高丽，既克之后，复不能守，虽天时地势之艰阻有以致之，而吐蕃之盛强使唐无余力顾及东北，要为最大原因。此东北消极政策不独有关李唐一代之大局，即五代、赵宋数朝之国势亦因以构成。”（注：《唐代政治史述论稿》，133页。）这是高屋建瓴、统观全局的大家史笔。由此不难领悟以后武周时契丹和奚骚扰河北、天宝末安史之乱到后来辽金犯宋，东北方向边患不断引发内政问题，和唐高宗顾虑吐蕃之盛强而在东北改持消极政策未彻底解决东北问题有一定关系。
    陈寅恪的《唐代政治史述论稿》，正是从上述民族升降、党派集团、外族盛衰及外患与内政关系三处落笔，深入地剖析了一代政治。更早一年完稿的《隋唐制度渊源略论稿》，则极有见地从礼仪开始，备述职官、刑律、音乐、兵制、财政各项制度的渊源流变，分析魏晋以降东西南北各地域间文化的转输保存关系。40年代初这两部书稿的问世，把我国中古史研究提到一个很高的起点上，使中古史从一个个孤立的人物事件，变成有内在联系、有线索可循、逻辑地演进的历史，中古史研究成为现代科学意义上的学术，使20世纪国内外学者受益无穷。