其五，关于研究依据的资料，陈讲到过利用实物即非文字之史料以资考证：“今唐蕃两地载籍互相差异，非得书册以外之实物以资考证，则无以判别二者之是非，兼解释其差异之所由来也。”（注：《吐蕃彝泰赞普名号年代考》，《史语所集刊》2本1分册，引自《金明馆丛稿二编》，98页。）“敦煌画本，尚在人间，云岗石刻，犹存代北，当时文化艺术藉以想像推知，故应视为非文字之史料，而与此演义残卷，可以互相印证发明者也。”（注：《敦煌本维摩诘经文殊师利问疾品演义跋》，《史语所集刊》2本1分。引自同上书186页。）反过来也讲过治金石学必深研经史：“非通经无以释金文，非治史无以证石刻。群经诸史，乃古史资料多数之所汇集，金文石刻则其少数脱离之片段，未有不了解多数汇集之资料，而能考释少数脱离之片段不误者。”（注：《杨树达积微居小学金石论丛读稿序》，引自《金明馆丛稿二编》，230页。）在具体研究中，他对碑志简牍、敦煌遗书非常用心，但殊少用其他文物资料来证史，他总结的王国维三条治学方法，其一“取地下之实物与纸上之遗文互相释证”（注：《王静安先生遗书序》，引自《金明馆丛稿二编》，219页。），未多见体现于自己的学术研究中。
    其六，个别具体论断是否确当，似有可讨论的余地。
    如为唐文宗深恶的朋党，确实在唐后期存在并为害不浅，其《唐代政治史述论稿》中篇，受《资治通鉴》影响，误释为牛李党争，并视为山东士族与科举出身的新兴阶级之争。司马光的论述失实、失当之处，范祖禹的《唐鉴》、胡三省的注和王夫之的《读通鉴论》早有批评。岑仲勉的《隋唐史》等许多论著也努力澄清了所谓牛李党争起于元和之世对策案之误（注：参何灿浩《元和对策案试探》，《南开大学学报》1984年3期；唐长孺《〈旧唐书〉中关于元和三年对策案的矛盾记载》，《唐史学会论文集》，三秦出版社，1986年。），力辨李德裕无党（注：参乌廷玉《唐朝杰出的政治家李德裕》，《唐史研究会论文集》，陕西人民出版社，1983年；田廷柱《李德裕》，《唐史论丛》5辑，三秦出版社，1990年；王炎平：《牛李党争》，西北大学出版社，1996年。）；认为李德裕不是否定科举本身，而是厌恶进士浮薄的流弊（注：参胡如雷《唐代牛李党争研究》，《历史研究》1979年6期；周建国《关于唐代牛李党争的几个问题--兼与胡如雷同志商榷》，《复旦学报》1983年6期；王炎平《辨牛李之争与士庶斗争之关系》，《四川大学学报》1987年2期；李浩《从士族郡望看牛李党争的分野》，《历史研究》1999年4期。）；两党的重要差别在地域之分，李党多系山东士族，而被视为新兴词科代表的牛党应是关陇士族的代表（注：参傅锡壬《牛李党争与唐代文学》，台湾东大图书公司，1984年；渡边孝《中唐“门阀”官僚的动向》，载《柳田节子先生古稀纪念--中国传统社会与家族》，汲古书院，1993年；李浩同上文。）；或者除了某些政见分歧外，基本上是派性之争。牛李党争是学者们对陈寅恪的学术见解商榷最多的问题。诚是“先生之著述，或有时而不章；先生之学说，或有时而可商”（注：《清华大学王观堂先生纪念碑铭》，引自《金明馆丛稿二编》，218页。）。
    又如李唐氏族问题，陈先生曾在1931、1933年和1935年写了三篇文章与朱希祖、金井之忠氏反复讨论辩难，尔后又在《唐代政治史述论稿》中全面论述，说：“隋唐两朝继承宇文氏之遗业，仍旧施行‘关中本位政策’，其统治阶级自不改其歧视山东人之观念。故隋唐皇室亦依旧自称弘农杨震、陇西李暠之嫡裔，伪冒相传，迄于今日，治史者竟无一不为其所欺，诚可叹也。”（16页）结论十分重要，令人信服。惟其坚持李唐出自赵郡李氏，判断称家于武川是附会伪托这两点，难得通解。
    其意见是：“据可信之材料，依常识之判断，李唐先世若非赵郡李氏之‘破落户’，即是赵郡李氏之‘假冒牌’”（注：《李唐氏族之推测后记》，《史语所集刊》3本4分册，引自同上书，299页。）。“前篇李买得既已战死，何能复镇武川，又家于其地？今知李氏父子皆葬广阿，实无家于武川之事，然则李唐之自称来自武川者，或是覩贺拔岳宇文泰皆家世武川，因亦诡托于关西霸主乡邑之旧耶？以李唐世系改易伪托之多端，则此来自武川一事非史实，亦不足为异矣。”（注：《李唐氏族之推测后记》，《史语所集刊》3本4分册，引自同上书，301页。）所论似有几点可以商榷。认定李唐为赵郡李的依据，主要是《唐光业寺碑》，碑文为开元十三年宣义郎前行象城县尉杨晋所撰。县尉是从九品下的最低级品官，他的撰文中“维王桑梓”一句，是否能作为“其家世居住之地，绝无疑义”（注：《李唐氏族之推测后记》，《史语所集刊》3本4分册，引自同上书，297页。）的证据，似尚不宜遽断。这建初、启运二陵，虽是李唐开国时设定，起先偶有祭祀，以后李唐皇室诸帝并不怎么把此二陵当一回事，唐玄宗时也只有杨晋这样小到不能再小的官员来一下；且建初陵的主人李熙，即李渊的高祖，李世民的五世祖，是死在武川，“终于位”上的（注：《册府元龟》卷1《帝王部·帝系门》，中华书局影印本，1960年，13页。），并不死在昭庆。推测应是在六镇起兵失败后，李虎也被安置往冀、定、瀛州时，将父、祖迁葬附近的赵州昭庆，或仅是设衣冠冢以祭祀，因此二陵所在之地，并不能肯定便是世居的桑梓之地。此其一。
    接着的问题是陈寅恪也有疑问的：“李唐岂真出于赵郡李氏耶？若果为赵郡李氏，是亦华夏名家也，又何必自称出于陇西耶？”（注：《李唐氏族之推测后记》，《金明馆丛稿二编》，297页。）其回答，一是：李唐先世并非赵郡李氏大户，而是“破落户”或“假冒牌”；二是：“盖贺拔岳宇文泰初入关之时，其徒党姓望犹系山东旧郡之名，迨其后东西分立之局既成，内外轻重之见转甚，遂使昔日之远附山东旧望者，皆一变而改称关右名家矣。此李唐所以先称赵郡，后改陇西之故也。”（注：《李唐氏族之推测后记》，《金明馆丛稿二编》，300-301页。）这两点固不失为一种解释，然而却无法解释唐太宗为何一贯敌视山东士人，为何“太宗尝言及山东、关中人，意有同异”（注：《旧唐书·张行成传》，中华书局标点本，1975年，2703页。）？为何要敕撰“专为摧抑中原甲姓之工具”的《氏族志》？为何要讲“我与山东崔、卢、李、郑，旧既无嫌”（注：《旧唐书·高士廉传》，中华书局标点本，1975年，2443页。）这样很生分的话？而且用定为“禁婚家”的办法，惩治包括晋赵郡李楷在内的最高门七姓十家。如果李唐果真出自赵郡李氏，唐太宗敌视山东人的情绪和下诏限制打击“禁婚家”，岂非和自己过不去。这是李唐出自赵郡说不可解之重点。此其二。
    上述两点得不到完满解释，李唐出自赵郡说恐卒难成立。
    李唐只能出自武川，更早的情况说不清楚，李初古拔与李唐即或有渊源关系，但至少从李渊高祖李熙就职武川开始，“遂家焉”。《册府元龟·帝王部·帝系门》和两唐书《高祖本纪》等正史上明确记载的这李唐先世出自武川的定论，没有直接有力的证据是不能推翻的。李虎在西魏时能踞八柱国之高位，为子孙占据关陇军事贵族集团中最高门的显赫位置，奠下日后争夺帝位的资本，和他来自武川，在关陇集团中有身价最尊贵的武川系军人背景有关。与李渊境况十分相像的杨坚，也是仗其父亲杨忠有十二大将军之一的身份才发迹的。杨隋先世家于武川，史有明文。《周书·杨忠传》并有北周武帝保定三年（563年）杨忠由北道攻北齐晋阳时，“出武川，过故宅，祭先人，飨将士”的记载。清清楚楚，居家和祖茔都在武川。李唐先世在武川的境况与杨隋相似，是很自然的。愚以为，关于“李氏武川镇人”，即“李唐先世疑出边荒杂类，必非华夏世家”一事，陈先生三论的第一篇《李唐氏族之推测》一文中本来是那样清楚地说对了的，可参见《金明馆丛稿二编》第287、291页之原文。但在尔后的后记和论李唐氏族的后两篇论文中，或许是失之深刻，反而改错了。