然而，钱著从学术上对晚清今文经学所论者多，从政治上对晚清今文经学派的批评却嫌不足。而晚清今文经学派恰恰是著眼于学术为政治服务的基本信条，以学术干政的。即是说，若仅仅或主要从学术本体出发，对晚清今文经学进行评论，而忽略了晚清今文经学的社会政治效果，那是有失全面的。在这一点上，梁启超似乎比钱穆看得要准。梁著论龚自珍谓：
    “晚清思想之解放，自珍确与有功焉。光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。初读定庵文集，若受电然。稍进，乃厌其浅薄。然今文学派之开拓，实自龚氏。”这就是完全从政治宣传而非学术的角度对龚氏进行的评论。而龚氏之价值，亦恰恰是在或曰主要是在政治宣传而非学术的一边。又如梁氏论康有为《新学伪经考》的影响有二：“第一，清学正统派之立脚点根本动摇；第二，一切古书，皆须重新检查估价，此实思想界之一大飓风也。”这也是主要从政治而非学术对康氏所作的评价。而当时反对康有为《新学伪经考》的人，无论是最早提出毁禁《新学伪经考》奏劾的余联沅（1894年），还是王先谦、叶德辉，（注：见《翼教丛编》卷四、卷六王先谦、叶德辉文。）他们也主要是著眼于《新学伪经考》的政治效果而非学术优劣立论的。这就从反面证明了康有为《新学伪经考》的主要价值确实是在政治而非学术的一边。从政治效果来看，康氏借《新学伪经考》和《孔子改制考》，找到了宣传其变法维新的政治主张在经学上的根据，维新变法运动亦缘此而起，对此当然应给予足够的重视和公允、全面的评价。钱著在这一方面所论甚少，表现了钱穆对晚清今文经学认识的不足。
    如所周知，钱穆对“疑古”思潮报着否定的态度。因为他看到了“打倒孔家店”口号的提出，否定中国传统文化思潮的兴起，实与疑古思潮有着密切的联系。事实上，以顾颉刚为代表的“古史辨派”疑古健将，亦确实都对晚清今文经学派，都对康有为报有相当的好感。他们的理论根据，也多从晚清今文经学而来，多从康有为而来。因此，钱著主要著眼于学术的价值而非政治的意义，揭示晚清今文经学派治学的武断难据，此亦“拔本塞源”之举。然而钱穆虽然著眼于“学术”论晚清今文经学，而其底蕴实乃亦仍然由“政治”而起，此与晚清今文经学之以学术论政干政，非貌异而神同者耶？