直到康熙帝死后，此事才由雍正帝接手完成。雍正元年九月，下发据称是康熙帝未曾颁发过的遗留谕旨：
    明太祖崛起布衣，统一方夏，经文纬武，为汉唐宋诸君之所未及，其后嗣亦未有如前代荒淫暴虐亡国之迹，欲大廓成例，访其支派一人，量授官职，以奉春秋陈荐，仍令世袭。朕伏读之下，仰见我圣祖仁皇帝海涵天覆，大度深仁，远迈百王，超轶万古。朕思史载东楼，诗歌白马，商周以来，无不推恩前代。后世类多疑忌，以致历代之君，宗祀殄绝。朕仰体圣祖如天之心，远法隆古盛德之事，谨将圣祖所贻谕旨颁发，访求明太祖支派子姓一人，量授职衔，俾之承袭，以奉春秋祭享。但恐有明迄今，年代久远，或有奸徒假冒，致生事端，尔内阁大学士，即会同廷臣，详明妥议，以副圣祖仁皇帝宽仁矜恤之至意。(15)
    比较一下康熙帝的表述可以发现，雍正帝虽然延续了乃父对儒家文化的亲和姿态，摆出一幅熟知古史的样子，但他更加在意的还是藉此凸显乃父超迈历代帝王的形象。
    清朝当局最后找来一个据称是明太祖第十三子代王之后裔、清初即已归顺清廷、隶于镶白旗下的朱文元，将其后人、时任直隶正定府知府的朱之琏册封为世袭一等侯，专门负责每年春、秋二季奉派前往昌平十三陵和江宁明孝陵祭祀。(16)对于朱之琏是否确为明太祖后裔，现代学者提出了有力的质疑(17)，尽管如此，康熙帝却由此留下了“隆礼前代，恩泽有加”(18)的美名，去世之后，雍正帝就可以为其神功圣德碑刻下“致敬前代，礼逾常典”(19)之类的赞语；雍正帝自己死后，儿子乾隆帝也可以为其神功圣德碑添加这样一条功劳：“访明太祖本支裔孙，袭封侯爵，以承其宗祀。”(20)从康熙到乾隆，祖孙三人接续完成了一件高姿态的政治工程，为“朱明”历史记忆在清朝统治秩序内的安顿问题，作出了既能显示自己的宽仁盛德形象、又毫不危及自己的现实统治的安排。
    在这种“历史化”和“再符号化”的策略下，明朝其他陵寝也受到了清朝统治者的礼遇。乾隆五十年的一道上谕，首先回顾了顺治、康熙年间对昌平明朝诸陵的保护：
    直隶昌平州，为前明陵寝之地。本朝定鼎后，我世祖章皇帝，即命以帝礼改葬思陵，并敕工部修葺诸陵，亲临奠酹，并禁止樵采，添设陵户。我皇祖圣祖仁皇帝，亦曾亲临致奠，并饬地方官加意防护，所以加礼前代者，最驎优渥。
    然后，上谕中再次强调了将前明皇陵作为历史文物加以保护的态度：
    今国家一统，已历百数十年，胜朝陵寝，自应一体修复……春秋祀事如故。……我国家受天眷命，世德显承，于前代陵寝，缮完保护，礼从其厚。此次修复诸明陵殿宇等工，节费至百万帑金，亦所不靳。……务期完固。工成后，饬该地方官，随时稽察，小心防护，严禁樵苏，用副朕隆礼胜朝之至意。(21)
    这份上谕中交替使用的“加”、“隆”、“优”、“渥”、“厚”等含义相近的词汇，以及不吝金钱的口吻，都是为了表达一种高高在上的政治姿态。显然，乾隆帝的真正用意，乃是通过优礼前朝来凸显本朝在德行方面的优势。这份上谕中还提到：
    明代中叶以后，国事废弛，全不以祖宗为念，于陵寝并未修葺，至末年复经流寇扰乱，亦无人守卫，以致日就倾圮。若其后代之君，果能岁加缮治，整齐完固，逮今不过百有余年，亦何致颓剥若此!(22)
    乾隆帝在显示高姿态的同时，也不忘映衬乃至直接指责前朝统治者的无德无能。
    “治乱”与“兴废”：“镜鉴”模式下的记忆转向
    到了康熙帝那里，明孝陵的境遇与清初相比有所变化，不是被当做普通的“历代帝王庙”得到常规祭祀，而是受到了特殊的礼遇。康熙帝六次南巡途中，五次前往明孝陵谒陵，并且每次都是先派遣官员致祭之后，又亲自前往拜谒。康熙帝的五次谒陵，是对清初“隆礼胜朝”这一原则(23)的延续，同时又突出体现了两个主题：一是切实吸取历代兴衰的经验教训，二是伟大君主之间的惺惺相惜。(24)这两个主题均与“镜鉴”模式(Mirroring Paradigm)相连。在这一模式之下，一方面，与明孝陵相关的话语被改变了方向，独特的征服记忆和族群情感逐渐隐退，关于王朝治乱与兴衰的一般性历史记忆和反思逐渐凸显；另一方面，康熙帝本人也尝试着超越满汉征服的记忆，不是将自己和明太祖定位为征服者与被征服者，而是将两人定位为不同时代的胸怀大志的君主，甚至希望两人能够一同汇入儒家文化所推崇的历代圣君英主的谱系。
    1.王朝兴衰的前车之鉴
    二十三年(1684)十一月，康熙帝第一次南巡归途中，先是派内阁学士席尔达前往明孝陵致祭，后又亲自率领内大臣、侍卫和部院官员前往明孝陵拜祭，在孝陵殿前行三跪九叩之大礼。康熙帝以超常的礼节表示对前朝太祖的特殊礼遇，这让一些汉人知识分子深受触动。当时人记载，围观的有好几万人，一些人感动得流下了眼泪。(25)
    尤其值得注意的是，首次亲谒明孝陵，康熙帝就体现了清醒的“以史为鉴”意识。有感于明朝后期统治的腐朽、孝陵故迹的满目疮痍，康熙帝“慨然久之”。此次谒陵后，康熙帝御制《过金陵论》。当然，康熙的所谓“御制”、“亲撰”，未必尽属亲力亲为，很可能是由汉人词臣根据皇帝确定的基调和思路撰拟初稿，然后呈请皇帝修改审定，某种意义上，可以说是满人皇帝权威与汉人士大夫群体及汉文化传统的汇流。这是一篇模仿贾谊名作《过秦论》的历史评论文章，全文的主旨是总结明朝灭亡的教训及对本朝的镜鉴。文章先讲述了康熙帝所看到的衰败景象：
    岁在甲子，冬十一月，朕省方南来，驻跸江宁，将登钟山，酹酒于明太祖之陵。道出故宫，荆榛满目。昔者凤阙之嵬峨，今则颓垣断壁矣。昔者玉河之湾环，今则荒沟废岸矣。路旁老民，跪而进曰：若为建极殿，若为乾清宫。阶磌陛级，犹得想见其华构焉。