洪武十八年对品秩有所调整：“定朵甘思宣慰使秩正三品，朵甘万户府、朵甘招讨司、朵甘东道万户府、乌思藏必力工瓦万户府秩皆正四品，朵甘塔尔千户所、乌思藏葛剌汤千户所秩皆正五品”。这是洪武年间，对官职相应品级的新规定。洪武二十七年，皇帝以旧的礼仪烦琐，命更定“蕃国朝贡仪”，规定朝见的服装与行礼，对宴会排次，“蕃王班次居侯伯之下”，其蕃国使臣及土官朝贺，“皆如常朝仪”。朝见活动作为法定的制度，与官爵品级是相适应的③。
    这样，明朝洪武年间对藏族地区上自都指挥使，下至万户、千户、寨官等各级地方军政官员，都按有关都司卫所的建制进行了直接任免、升降和更替。
    第二阶段，从永乐开始，明朝的多封众建和以教固政的政策进入了新的时期。如果说第一阶段以承袭元朝建置为主，只在设置军事行政建制上有部分变动的话，那么第二阶段则主要转向建立僧王为首的僧官制度。这就突破了元朝在藏族地区只封帝师和本勤，不封王的格局。
    永乐年间，明廷建立了藏区的僧官制度。僧官分法王（实际有教区的教王）、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、剌麻各等级。永乐、宣德年间封授藏族地区不同教派首领以不同爵号、职位和品级，先后封授了阐化王（永乐四年封）、大宝法王、护教王、赞善王（以上永乐五年封）、辅教王、阐教王、大乘法王（以上永乐十一年封）、大慈法王（宣德九年封）等八个重要法王和教王。在藏族地区大批封王的决策和实施，是明朝对藏族地区治理上的一大变化，同时也表明明廷在包括乌思藏在内的广大藏区握有有效的治理权力。
    元朝对西藏的喇嘛教，以依靠和扶持萨迦派为中心，压制其他教派。明朝从建国之初即摒弃了元朝支持一派、压制他派的做法，对各教派采取了一视同仁、不偏不倚的态度。永乐皇帝执政后，开始曾拟依靠和突出噶玛噶举。在与得银协巴（噶玛派黑系第五世活佛）会见时，据称他提出“务将一切宗派并入卿之宗内”，但得银协巴以“这不合世尊之心”为由，建议“按各宗各派之传统方式行事”④。永乐遂改为承认当时藏区的现实，承认各教派的原有辖区，依靠各派首领“化导其民”，因而连续封了许多番僧为王。明朝对册封僧王事，一开始就视为大事。《明实录》称：“旧例番僧封王者，赐诰敕并锦绮衣诸物甚备，又遣官护送至彼给授。”派官护送总有士兵陪同入藏，坚持就地封授，虽路途远险，费日持久，也在所不顾，足见事之隆重。藏区所封僧王，对西藏领主制有巨大影响，说明西藏领主在永乐年间，并未完全统一于帕竹属下，有若干相互平行的领主制系统（如仅乌思藏内即有直贡、萨迦和帕竹）存在，但是它们皆统一于明朝治下。
    第三阶段，坚持原有僧王体制。自宣德九年封格鲁派的释迦也失为大慈法王后，明廷在藏族地区就没有再封僧王一级的高级僧官。对于藏区本土内的法王、教王、西天佛子、大国师、国师等，坚持在承袭时按明朝规定，需要明廷重新册封的，需审核，即使在父子、叔侄、兄弟、师徒间承袭，也从严掌握。
    明朝在宣德以后，在册封僧王上曾有若干起落。开始封了不少住寺番僧为法王，如大善、大智、大通、大悟、大德等。但他们属京都等地大寺范围（如大慈恩寺、大能仁寺等），虽系番僧，但与乌思藏本土无关系。同时这些封赐已不具归效之政治内容，往往与皇帝对佛教信仰，即“与上诵习番经，崇尚其教”有关。皇帝随兴之所至，有时连封两名法王，最多时连封五位法王和许多其他高级僧侣。因此造成国库支付困难，只得“授供一律减半”。由于引起朝野非议，成化二十三年，又命从法王起，各降封号一二等。这类封授上的起落，与对乌思藏所封僧王无涉。对于宣德九年以前所封藏地高层僧官，皆无微词题及，甚至提出“一惟祖宗成宪是式”而加以遵从，直至明终。
    总之，明朝中央对藏族地区治理权的恢复极为迅速顺利，在运用和行使上呈现出某些阶段性的特点。明朝一面沿用元代土司制度和以宗教化导其民，一面在具体建制上又加以变革，有所突破创新。如实行卫所制和僧王制就是突出例证。元朝长期派兵驻藏，明朝只在必要时才派少数官兵入藏，但政令仍能得到执行和贯彻；藏族僧俗上层入京朝贡，行旅如潮，这足以表明明朝对乌思藏的政策和治理是成功的，明朝对西藏的主权关系是牢固的。
    二、明朝在西藏土地最高所有权的表现形式
    关于东方封建时代主权与土地所有权的关系问题，马克思曾指出：“在这里，国家就是最高的地主。在这里，主权就是在全国范围内集中的土地所有权”⑤。随着明朝在藏族地区主权关系的建立，土地国有制及其在法律上的表现形式，即土地最高所有权也相应地建立起来。这种土地最高所有权的表现形式或包含内容，有以下方面：
    1.大小官员和各派各部首领的原有官职和地位，必须在交回印信，表示归顺效忠的条件下，才能给以承认，准予承袭并封以明朝官职名号。明廷对册封加委的僧俗官员，从高级到低级，都要求按规定期限朝贡述职，要求“务遵朝廷之法”，在辖区代表明廷“绥镇一方，安辑众庶。”否则要受谴责和追究查办。如洪武六年诏谕：“近者摄帝师喃加巴藏卜以所举马思藏、朵甘思地面故元国公、司徒、各宣慰司、招讨司、元帅府、万户、千户等官，自远来朝，陈请职名，以安各族。朕嘉其诚达天命，慕义来廷，不劳师旅之征，俱效职方之贡，宜从其请，以绥远人。”要求“自今为官者，务遵朝廷之法，抚安一方。为僧者，务敦化导之诚，率民为善，以共享太平”。又如洪武七年给赏竺监藏诰书：“曩者西番效顺，为置乌思藏行都指挥使司，以官其长，使绥镇一方，安辑众庶。今复遣使修贡请官。朕如其请，特以赏竺监藏等为某官。尔其恪修厥职毋怠。”可见明廷对归顺者是有严格条件和要求的。
    明朝中央不但对新封官员，而且对世袭再封官员也十分严格，对继承人要求上报，经审议后封委。帕木竹巴派从绛曲坚赞第一代始，在乌思藏腹心地区掌政，共计历经十一代（一说为十二代）⑥。除第一代绛曲坚赞纯由元廷册封外，从第二代到第四代，由明廷封为灌顶国师，从第五代扎巴坚赞至第十一代卓尾贡波止皆封为阐化王。明史资料既有各代册封的完备记载，又有帕竹首领派出使者对封赐谢恩或入贡述职的大量记述。其他各派各部首领，也都有受封和谢恩入贡的记录。这些记载都是反映归顺效忠于明廷的政治表态，具有重要含义。