单一化的趋势也在作物品种上也得到反映。以江西地区的水稻品种为例，据《天工开物》（1637）记载：“凡稻种最多。不粘者，禾曰秔，米曰粳。粘者，禾曰稌，米曰糯。南方无粘黍，酒皆糯米所为。质本粳而晚收，带粘，俗名婺源光之类，不可为酒，只可为粥者，又一种性也。凡稻谷形有长芒短芒，江南名长芒者曰刘阳早，短芒者曰吉安早，长粒尖粒圆顶扁面不一。其中米色有雪白牙黄大赤半紫杂黑不一，湿种之期，最早者春分以前，名为社种，遇天寒有冻死不生者，最迟者后于清明。”可见古代水稻品种丰富多彩，花样繁多。
    进入近代，特别是现代以后，受市场经济的影响，水稻品种的类型和数量急剧减少。比如，赤米，这类品种原来在水稻栽培中占有相当的比重，尤其是晚稻和山区丘陵栽培的水稻品种。但由于其食用品质不及白米，市场价格也不及白米，所以赤米品种的栽培面积越来越小。据对同治《新建县志》（1871）的统计，注明为白米的有28个，为红米的18个；《抚郡农产考略》（1903）所记红米37个；红米8个；据民国二十五年（1936）江西《宜春县志》的记载，原来当地的早占（稻）纯白而无红，晚稻则红白参半。由于红米销路不畅，多有易白种者。从中可以看出，红米让位于白米系源于市场的因素。在红米品种减少的同时，有芒的品种（或者长芒的品种），也因为市场等因素在减少。至今有芒的品种已不多见。
    品种单一化趋势在二十世纪五十年代以后加速。1950 年代，中国各级农业科学研究机构组织调查收集整理农家传统品种，进行农家品种的比较试验，从中选择出优良高产的品种，进行大力推广，淘汰当地原有的低产农家品种，这项工作取得显著的成效，一些高产的农家品种得到迅速推广，粮食获得明显的增产。但农家品种数以万计，被淘汰的品种中不少其他优良性狀如抗病、耐旱、耐瘠、优质等基因也随之遭到汰除。[81]二十世纪六、七十年代，利用遗传学原理，培育出一批批以矮杆高产为主要特征的品种，取代了原有的农家高产品种。七十年代以后，杂交育种的成功和大面积推广，加速了品种单一栽培进程，农业收成过分依赖于少数高产品种，地方品种资源遭到淘汰。
    单一化的趋势也影响到农家动物的饲养。传统农家一般都有一定数量的动物养殖，如孟子所谓“五母鸡，二母彘”的说法，这是对普通农户家庭动物饲养的最低要求，实际上早期农民所饲养的动物远不止此数。如唐陆龟蒙在甫里隐居时家中“有牛不减四十蹄”（不少于十头）。除了马、牛、羊、鸡、狗、猪等六畜之外，农家豢养的动物鹅、鸭、鱼等，近人曾国藩所提出的治家八字就有所谓“书、蔬、鱼、猪”，养鱼和养猪是农家生计之本。但从一个长时段来看，中国农家养畜的种类和数量总的来看是越来越少。最先消失的是牛等大型牲畜。明末江南吴郡一带的农家已很少养牛。[82]不过从江南一些地方来看，耕牛从大多数农家消失是最近二、三十年的事情。以我有限的经验而言，在人民公社时代，南方农村一些地区，在二十世纪八十年代以前的人民公社时代，生产队依靠集体力量养有十多头耕牛，农户家庭每年也养有2至3头不等的猪，但在七十年代末八十年代初农村改革之后，普通农户只有数量有限的鸡还在散养，其他动物则很少饲养。
    （2）单一栽培所引发的问题
    应当承认，以杂交水稻为代表的高产品种，对于粮食增产做出了巨大的贡献，但是杂交育种并不是万能的，杂交品种的高产对于自然条件的依存度依旧很高。[83]也就是说，杂交稻仍然面临着传统稻作同样的问题，诸如病虫害、风寒、旱涝、肥瘠等，不仅如此，单一栽培使上述问题变得更加严重，由于品种缺乏多样性，容易孳生传染病和害虫，使作物蒙受巨大的危害。比如，长期大面积种植单一水稻品种，导致优势稻瘟病菌菌群大量繁殖，而使病害流行。[84]
    传统农业通常是通过不同生物的组合来应对各种灾害，甚至变害为利，但在单一栽培的情况之下，只能通过使用农药、化肥和灌溉等来确保收成，而农药、化肥和灌溉的大量使用，在增加农民负担的同时，又会对环境和生态造成破坏，农产品的品质下降，最终危害人类的健康。这就是现代农业的通病。“现代农业危机四伏，都是单一栽培惹的祸”。
    先说农民负担。传统农业中，作物品种一般都采用自家繁殖方式来取得，有时甚至是种粮不分，而现代农业中，高产品种由于技术含量很高，大部分需要从市场上购买，且价格很高。据调查，在湖南西部161个农户，从市场上购买稻作的为153户，95%，而只有8户采用自家繁殖种子的方式，只占5%。[85]新品种结出的种子不能留种使用，必须每年再从种子公司高价购买。换种的频率越高，农民的负担越大。高产品种必须要有农药、化肥与灌溉的配合，才能获得高产，所以现代农业又称之为“肥水农业”。农业生产的成本越来越高，产量却没有相应的提高，甚至渐走下坡。这是一个全球性的趋势。2006年后，种子和肥料的价格已经翻番。结果，FAO说谷物产量在发展中国家今年（2009）也许可能只有百分之一的增长。过渡抽取地下水，使地下水位下降，干旱趋于严重，也使灌溉费用提高。另外，农民从市场上购买种子、化肥和农药等，还存在假冒伪劣农资坑农害农的问题。此类事件时有报道。
    次说环境。单一作物种植会引起土壤中某些重要营养要素的极端消耗，而与该作物的生长几乎无关紧要的要素则日渐积累，从而引起土壤肥力下降，甚至会引起土地的退化、砂化和盐碱化。“多年连作”易引起多种病虫害积累于土壤中，甚至造成“重茬地”现象。化肥施用量增加，土壤微生物日益衰竭，这都直接影响到土地营养的平衡和土地肥力的再生产。滥用杀虫剂，能为花授粉的蜜蜂和蝴蝶都死了，果树也不结果了。破坏了野生动植物资源，鱼类、蛙类灭绝，这些也曾是食物的来源之一。害虫天敌的减少，也加大的农药的依赖。化学肥料和农药的使用量增加，导致土壤环境和作物体内的污染也增加，最后富集到人体内，直接威胁着人们的健康。
    过度开采地下水最直接的后果就是地下水的水位迅速下降，使干旱趋于严重，也使得提高谷物产量的效果不可持续。由于工农业用水增加，中国北方平原区含水层自1960年代以来，已经下降了10到50米。一份世界银行的研究报告预测，如果中国不改变目前农业生产的用水方式，北方平原的地下水储量仅能维持20到40年。[86]2009年年初的华北大干旱已经向人们敲响了警钟。所幸这次旱灾没有酿成大的粮食减产。
    单一栽培导致农作物秸秆等副产品的利用率低，成为严重的公害（特别是在城市郊区）问题。过去农村中许多生产和生活用器都是以农产品为原料加工制作的，甚至有些农作物及品种是专门为此而存在的，比如高粱秸秆，是扫帚和各种器物的主要材料，水稻中的麻经糯是专门为搓绳准备的。有些则是因为燃烧价值高而受到重视。饲养动物的饲料和垫栏也主要来自秸秆等。一句话，稻草也看得像金条一样宝贵。但随着单一栽培的盛行，此类农作物秸秆等的作用随之消失，原来制作各种器物的农作物为塑料所取代，燃料也被煤炭和天然气所取代，农民因更少地饲养畜禽从而减少了对农作物秸秆的生物转化，秸秆变得一钱不值。于是，在农作物收获季节，农民将大量的秸秆堆放燃烧，成为污染源。专业化、规模化的养殖业也存在同样的问题。传统农业中，动物粪便是肥料最重要的来源。专业化之后，由于养殖相对集中，粪便等得不到合理的利用，还污染了环境。处理粪便成为一项负担。
    再说农产品的品质。现代农业在提高粮食产量，满足人们日益增长的口粮需求方面的确功不可没，但也存在一些潜在的风险。在商品经济的主导之下，过分追求产量，使得高产以外的一些功用被忽视。由于产量和品质常常呈负相关，结果是大量品质优异的品种资源被排除在种植之外，日趋减少。随着多样性的消失，丰富的营养来源也消失了。目前一般高产水稻品种的蛋白质含量是不高的，这对原本就缺乏蛋白质的亚洲人民来说是非常不利的。杂交水稻就一度被贬为“米不养人，糠不养猪，草不养牛”的“三不稻”。由此引发的健康问题也引起了人们的关注。从多样性的角度计算单位面积土地的营养含量，产业化栽培中的所谓“高产土地”并不一定意味着多样的粮食种类和营养。
    单一经营易受自然灾害和经济变动的影响。农业经营受自然条件的影响大，单一的农业经营受自然灾害的影响更大。单一栽培的作物是最脆弱的生命，尤其是粮食作物，一刻也离不开人的照应关怀。另外，农产品供求和价格等经济环境的变化对单一的农业经营来讲是个严峻的考验，因为“单一经营体内部没有分散风险、减少灾害影响的机能”。原本指望靠单一栽培，扩大规模来取得更高效益的农民，在进入市场之后，发现农资产品在涨价，农产品价格却不见长，甚至种什么，什么不赚钱；养什么，什么不赚钱。长此以往，势必挫伤农民的生产积极性，影响到粮食安全。另外，单一栽培由于季节性利用劳动力、机械和设施而引起农业闲置时间增多，农产品的利用率降低。单一性在导致人类赖以生存的生物多样性逐渐消失的同时，也导致了传统文化的消失。由原有多样性农业生物为基础所构筑的本地食物体系，也正在被替换成产业化、全球化食物体系。由此引发食品安全也引人关注。