四、2000-2011年：继续发展阶段
    进入21世纪，十三行研究显示出继续发展的景象，学术研究深入广泛，学科建设取得成绩，社会及学术活动日益活跃，平面、电波、网络媒体共同介入，文学影视作品频出，博物馆、档案馆配合展览，社会反响日益增加。具体分析如下：
    1.学术著作数量增加。根据统计，截止到2011年12月有关十三行研究著作（包括编著和论文集）共18部，21世纪就出版15部，占80010比例；章文钦《广东十三行与早期中西关系》（广东经济出版社，2009年），黄启臣、梁承邺编著《广东十三行之一：梁经国天宝行史迹》（广东高等教育出版社，2003年），潘刚儿、黄启臣、陈国栋编著《广州十三行之一：潘同文（孚）行》（华南理工大学出版社，2006年），广州历史文化名城研究会、广州市荔湾区地方志编纂委员会编《广州十三行沧桑》（广东省地图出版社，2002年），周湘《广州外洋行商人》（广东人民出版社，2002年），中荔《十三行》（广东人民出版社，2004年），李国荣、林伟森主编《清代广州十三行纪略》（广东人民出版社，2006年），陈国栋《东亚海域一千年？清代中叶广东行商经营不善的原因》（山东画报出版社，2006年），李国荣主编《帝国商行：广州十三行》（九州出版社，2007年），谭元亨主编《十三行新论》（中国评论学术出版社，2009年）、《”广州十三行研究回顾与展望“学术研讨会论文集》（世界图书出版公司，2010年；下文简称《广州十三行论文集》），赵春晨、冷东主编《”十三行与广州城市发展“学术研讨会论文集》（世界图书出版公司，2011年）等，都是这一阶段十三行研究的综合研究或专题研究成果的汇集。
    2.理论研究初现尝试。有关十三行研究论文（包括论文集中所收论文）约250余篇，21 世纪就发表了170余篇，占近70%比例。开始有研究成果对十三行的总体评价、性质定位提出了若干新的认识。如谭元亨提出十三行商人的本质是民商（谭元亨：《十三行商人的民商本质--对关于其性质为官方代表的商榷与讨论》，见《广州十三行论文集》）。还有学者从商业转型的角度来分析十三行的性质与特点，认为十三行是商业转型期的商人集团，在行商身上既含有传统商人的一面，又具有近代商人的品格（叶显恩：《略谈广州十三行研究的意义》，见《广州十三行论文集》）。还如赵春晨《有关广州十三行起始年代的争议》、赵立人《论十三行的起源》、李龙潜《行会--广州十三行的权舆》等，对十三行的起源问题进行了新的探索，以往习惯称呼的”清代广州十三行“，已经面临是否应当改称为”明清广州十三行“才是更加名副其实（均见《广州十三行论文集》）。赵春晨、陈享冬《论清代广州十三行商馆区的作用》（《清史研究》2011年3期）提出，”十三行“名称具有双重含义，既可以是指行商，也可以是指行商从事对外贸易活动的一个特定的地域，即十三行商馆区。了解广州”十三行“名称的双重含义，对于开展十三行的研究、正确认识十三行在历史中的地位与作用以及保护开发十三行文化遗产，都很有必要，使十三行商馆区研究有所突破。
    3.资料建设取得成绩。21世纪在档案资料方面的建设取得了可喜的成绩。以中国第一历史档案馆牵头，与广州市社会科学界联合会、香港中文大学文物馆，以及广州市档案局、广州市荔湾区人民政府、广州市黄埔区人民政府等单位联合进行合作，共同挖掘整理出版与十三行有关历史档案、史料，取得多方面的成果。主要成果有《澳门问题明清珍档荟萃》（澳门基金会，2000年）、《清官广州十三行档案精选》（广东经济出版社，2002年）、《明清皇宫黄埔秘档图鉴》（上、下册，人民出版社，2005年）等。
    许多论文也从不同角度研究介绍并研究了有关十三行的档案资料。如杨国桢《洋商与澳门：广州十三行文书续探》（《中国社会经济史研究》2001年2期），中国第一历史档案馆《清代广州”十三行“档案选编》（《历史档案》2002年2期），范岱克、丁峻《从荷兰和瑞典的档案看十八世纪50年代至70年代的广州帆船贸易》（《广东社会科学》2002年4期），耿异《贡斯当与（中国18世纪广州对外贸易回忆录）》（《暨南史学》第二辑，暨南大学出版社2003年），覃波《清官广州十三行档案的珍贵价值》（《历史档案》2003年4期）、《广州十三行及其清官档案开发》（《中国档案》2004年2期）、《清官所藏十三行潘氏商人档案》（《广州十三行论文集》），黄菊艳译《英国东印度公司--商船货物监管人特别委员会中文档案介绍》（《广州十三行论文集》）等文章，对相关资料进行了介绍或提供了进一步收集研究的线索。
    4.历史地理研究略有新意。有关十三行的历史地理研究方面，主要有曾昭璇、曾新、曾宪珊《广州十三行商馆区的历史地理--我国租界的萌芽》（《岭南文史》1999年1期），提出广州十三行商馆区的建立是外国在我国租界的发端。此外曾昭璇、曾新、曾宪珊《广州十三行商馆区的历史地理》（《广州十三行沧桑》，广东省地图出版社，2001年），薛熙明、朱骇、唐雪琼《城市宗教景观的空间布局及演化--以1842年以来的广州基督教教堂为例》（《人文地理》2009年1期）等文，对十三行历史地理的沿革、主要港口及城市规划影响等方面进行了研究论述。广州黄埔古港在十三行时期中西贸易和中西文化交流上发挥了重要的作用，对其研究主要有广州市文史资料委员会编著的《名城明珠黄埔村》（广州出版社，2001年）和《凤浦古今：古黄埔港寻踪》（广州出版社，2000年）两本书。
    5.军事领域开始涉及。鸦片战争的爆发与十三行有着直接的关系。十三行与鸦片战争关系的研究，早期有梁嘉彬先生《英法联军之役广东十三行商调停战事史料》，20世纪90年代有房德邻《港脚商与鸦片战争》（《北京师范大学学报》1990年6期），吴致谋《”广州体系“与鸦片战争》（《民国档案》1997年1期），黄景听《广州十三行商与林则徐领导的禁烟运动》（《中山大学研究生学刊》1998年3期）。21世纪的成果有所增加，如胡文中《十三行与鸦片战争》（《广州十三行沧桑》），杨幸何《十三行商人对西洋武器的引进》（《广州十三行论文集》），郭华清《十三行制度与鸦片战争初探》（《广州十三行论文集》）等文，使十三行在军事领域中的研究有所深入。