彭真同志被撤职后，周总理通知卫戍区照样派警卫部队在他的住地保护。当江青指使红卫兵将彭真同志抓走，不知去向。周总理立即下令寻找，查到下落后，派部队把彭真同志要回，保护起来。同日，被绑架的还有刘仁、万里、林默涵、夏衍、田汉、许力群等同志。周总理指示北京卫戍区和公安部立即把他们找回来，指出：“不能开这个先例，不能随便抓人。”
    对于安全受到威胁的宋庆龄、郭沫若等著名人士，在他们的住地，派卫戍区部队加以保护。有的送解放军总医院加以保护。对不愿离家的，派解放战士或公安人员身着便装，臂戴红袖章，到被保护人家中，劝阻前来抄家的红卫兵。对傅作义、邵力子、蔡廷锴、蒋光鼐、沙千里等同志都采取了这种保护措施。使他们较为安全地度过红卫兵运动的高潮。
    在西藏的阿沛·阿旺晋美同志和新疆的赛福鼎同志的安全受到威胁时，周总理决定派专机把他们接来北京，加以保护。
    “文化大革命”初期，林彪、江青、康生等人制造了所谓“六十一人叛徒集团案件”，诬陷薄一波等同志，周总理得知红卫兵因这件事揪斗中共中央西北局第一书记刘澜涛和吉林省委代理第一书记赵林时，于1966年11月24日，就刘澜涛等同志出狱问题，为中共中央起草给西北局的电报指出：“刘澜涛同志的出狱问题，中央是知道的。如果他们有新的材料，可派代表送中央查处，不要在大会上公布和追查。”在将电报稿送毛主席审批时，又附信说明：此事“七大”、“八大”均已以审查过，“故中央必须承认知道此事”。毛主席当天批示：“照办”。11月30日，中共中央分别给西北局和吉林省委发去电报。
    薄一波同志在这个重大冤案中横遭迫害，周总理积极设法保护。先是借薄一波同志身体不好，要他去广州休养六个月，实际上是让他避开红卫兵的揪斗。康生知道薄一波同志去广州后，策动国家经委造反派到广州去抓。周总理立即指示：“应由广州军区派部队按接送彭德怀的三条，送薄回北京”。薄一波同志被投入北京的一个监狱，倍受折磨。在周总理多次关照下，薄一波同志被安排住进医院治疗。
    1967年上半年，在国务院一些部长遭到轮番揪斗，人身安全受到威胁时，周总理、李富春、李先念同志先后把他们接到中南海休息，少则几天，一般两三个星期，个别的住一两年。据不完全统计，到中南海“避难”的有：王震、陈正人、廖承志、方毅、姚依林、康世恩、刘宁一、周荣鑫、段君毅、吕东、王诤、刘澜涛、钱之光、邱创成、江一真、王磊、孙正、钱信忠、钱正英、周子健、肖望东、林呼加、肖鹏、刘建章、王子纲、徐今强、李人俊、江学斌、饶兴、刘秉彦。余秋里、谷牧协助周总理抓经济工作，常住中南海，不能回家，有时白天挨批斗，晚上回中南海工作。
    原煤炭工业部部长张霖之，1967年1 月被非法关押在北京矿业学院死亡，周总理多次指示有关部门查明死因，迟迟没有结果。1970年责成煤炭部军代表继续追查。7月31日，周总理召集国务院业务组会议， 审查煤炭部军代表给国务院的两次报告，以及住矿业学院工、军宣队的报告。会议结论主要内容是：张霖之同志的历史是清楚的。1967年1 月，张被非法关押在北京矿业学院时，由于戚本禹的威胁和煽动，在武斗和逼供的混乱中死去。兹决定张霖之同志的死亡，应按人民内部矛盾处理，张霖之同志的家属和他的子女不受任何牵连，应按革命干部家属看待。
    在一些大区、省市自治区领导人被夺权，遭到残酷斗争、无情打击，处境十分困难时，周总理在报请毛主席同意后，分别把他们接到北京，有的安置在京西宾馆，有的安置在中直招待所等地方，保护起来，并派专人负责他们的安全和生活。据不完全统计，受到这种保护的有：李井泉、宋任穷、张体学、张平化、叶飞、江华、谭启龙、江渭清、杨尚奎、刘俊秀、欧阳钦、黄火青、黄欧东、曾希圣、廖志高、霍士廉、王鹤寿、杨超、高克林等同志。江青、康生曾数次追问这些人的下落。
    后来，周总理将其中的部分同志分散安排到毛主席亲自抓的“点”，也就是北京的“六厂二校”中的六厂去“接受工人阶级再教育”，实际上是保护起来。这六个厂是毛主席抓的点，造反派不敢到那里去闹事、抓人，实际上是“安全岛”。