4月18日，周恩来在第二届全国人民代表大会第一次会议上作的《政府工作报告》中，提出要“建立一支成千万人的工人阶级知识分子队伍”的历史任务，同时指出：“这支队伍要依靠培养新知识分子和改造旧知识分子而产生。”对于旧知识分子的改造工作，周恩来说：“近来出现了一个可喜的现象，就是在他们中间有不少人不但真诚地愿意接受党的领导，为建设社会主义服务，而且开始深入群众，定期下厂下乡，参加劳动，取得了同劳动人民在一起生活和劳动的新经验，提高了自己的思想觉悟。有些资产阶级知识分子在长期地认真地进行自我改造以后，已经开始转变为工人阶级知识分子，他们中间的一些先进分子陆续地加入了中国共产党。”“我们应当妥善地安排他们的工作，重视他们在工作中的积极性，帮助他们在工作中作出更多的成绩来。”[8]根据这个精神，5月上旬，在各省、市委统战部长座谈会上，中央统战部提出当前统战部门的工作是：充分调动资产阶级分子、从旧社会来的知识分子和民主党派成员的积极性，为社会主义建设服务，在服务中进行改造。对他们的思想政治工作应当是更加和风细雨地进行正面教育，一般地不进行群众性的批判和斗争。会议还认为，应该让资产阶级分子、从旧社会来的知识分子同职工一道参加评选先进生产（工作）者，符合条件的，应和职工一样出席全国先进生产者代表大会。[7]（P,306）1959年9月15日，毛泽东邀集各民主党派、各人民团体负责人和著名的无党派民主人士座谈。他明确指出：现在不是1957年那样的形势，知识分子大有进步，民主党派大有进步，工商界也大有进步。并正式宣布，在党外人士中不搞“反右倾”运动。11月21日，中共中央批转了统战部的《关于在民主党派、资产阶级分子和资产阶级知识分子中不进行反右倾斗争的整风意见》，及时纠正了“左”的做法，受到党外人士、知识分子热烈拥护。
    1960年夏，国民党革命委员会、民主同盟、民主促进会、农工民主党、九三学社和致公党等民主党派分别召开中央会议。参加这些党派会议的共有1800多人，绝大部分是知识分子。所以，实际上这是一次全国性的知识分子的会议。[9]中国共产党建议和帮助各民主党派采用“神仙会”的方法，解决政治思想方面存在的问题。“神仙会”的基本特征就是在共产党领导下实行“三自”和“三不”：自己提出问题，自己分析问题，自己解决问题；不打棍子，不戴帽子，不抓辫子。用“三不”来保证“三自”，用“三自”来让大家敞开思想，用和风细雨的办法，实事求是、以理服人地分析问题、解决问题，达到提高认识，改造思想的目的。
    各党派会议结束的时候，毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、邓小平等中央领导人接见了参加会议的人员，同他们照了相。毛泽东在同民主党派见面的谈话中，肯定和称赞了“神仙会”这种形式，使大家受到极大鼓舞。
    对知识分子政策的调整
    1958年秋冬至1960年这一阶段党对知识分子政策的反思和重新认识，为1961年开始的知识分子政策调整，准备了条件，打下了基础。这次调整主要从以下几个方面进行：
    一、制定科研、教育、文艺的工作条例
    科研、教育、文艺系统是知识分子集中的地方。知识分子政策的调整首先在这些领域进行。制定工作条例是其中一个关键性措施。
    1960年冬，中共中央开始转变农村政策，立即在广大科技工作者中引起强烈反响。上海和北京地区的领导，先后召开了科学家的座谈会。科学家们以严肃认真的态度，列举事实，批评了几年来的错误思想和做法，强烈呼吁科学研究工作应该有一个类似《关于农村人民公社当前政策问题的紧急指示信》（即“十二条”）的文件，使以后的工作有所遵循。国家科委、中国科学院领导十分重视这个意见。一方面，组织领导干部深入到北京、上海等地的一些研究机构进行典型调查，征求许多科学家和干部的意见；另一方面，搜集和研究美、苏、英以及联合国教科文组织的有关资料。在上述各项工作的基础上，1961年6月，在聂荣臻主持下，国家科委党组和中国科学院党组制定了《关于自然科学研究机构当前工作的十四条意见（草案）》（简称《科研14条（草案）》）。聂荣臻亲自把草案带到上海、杭州等地征求科学界的意见。文件修改定稿后，由国家科委党组与中国科学院党组共同署名于6月20日上报中央。鉴于几年来的政治运动搞乱了科学和知识分子政策，聂荣臻还专门写了《关于当前自然科学工作若干政策问题的请示报告》。《请示报告》首先提出，当前比较突出的一个问题便是：对知识分子政治上的进步和他们在社会主义建设中的作用估计不足，执行党的知识分子政策和科学工作政策不够全面，有些政策界限划得不够清楚，影响了一部分人的积极性。谈过存在的三个突出问题以后，对红与专、“双百”方针、理论联系实际等七个问题的政策界线进行了全面阐述。这个《请示报告》与《科研14条（草案）》同时上报，请中央批转有关部门，以利纠正偏差。
    1961年7月6日，中央政治局讨论了《科研14条（草案）》和聂荣臻的《请示报告》。7月19日批示同意聂荣臻的《请示报告》和《科研14条（草案）》。中央认为，《请示报告》中提出的各项政策规定和具体措施是正确的，在自然科学工作中必须贯彻执行。应该把报告中的主要精神，由领导人结合本单位的具体情况，向党外讲清楚。同时，这个文件的精神，对于一切有知识分子工作的部门和单位，也都是适用的。各高等学校、大中厂矿、医院、报社、杂志社、出版社等单位的党委，都应当认真地讨论，结合自己的情况，参照执行。指示中还特别指出：做好知识分子工作，很关紧要。近几年来，有不少同志，在对待知识、对待知识分子的问题上，有一些片面的认识，简单粗暴的现象也有所滋长，必须引起严重的注意，以端正方向，正确地贯彻执行党的政策。目前有必要强调对知识分子的团结和使用问题，以争取一切可以争取的知识分子，使用一切有用的力量，为社会主义事业服务。更好地使用他们，才更有利于帮助他们进一步自我改造。应该改进对知识分子进行教育改造的工作方法，坚持团结--批评--团结的原则，运用民主的、和风细雨的、自我教育的方法，决不允许用处理敌我矛盾的方法来处理人民内部矛盾。在反右派斗争以后，各单位对一些知识分子进行的批判，要加以清理。凡是批判错了，或者有一部分错了的，都要甄别事实，分清是非，纠正错误，由党的负责干部采取适当方式向他们讲清楚，戴错了帽子的要摘掉，以利解除思想疙瘩，发扬民主，增强团结。一定要使知识分子敢于讲真话，畅所欲言，言者无罪，闻者足戒。在学术工作中，一定要百花齐放、百家争鸣，不戴帽子、不打棍子、不抓辫子。这样才能造成一种又有集中，又有民主，又有纪律，又有自由，又有统一意志、又有个人心情舒畅、生动活泼的政治局面，充分调动起广大知识分子的积极性，使他们能够放心、负责地去做工作。要切实保证他们的工作时间，要求和帮助他们踏踏实实做出成果。[10]《科研14条》公布试行后，深受科学界欢迎，被誉之为“科学的宪法”。
    1961年初，教育部在邓小平的直接领导下，从调查研究入手，由中宣部、教育部党组开始草拟《教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》（简称《高教60条》）、《全日制中学暂行工作条例（草案）》（简称《中学50条》）、《全日制小学暂行工作条例（草案）》（简称《小学40条》）。9月14日，中共中央书记处讨论通过了《高教60条》，并得到毛泽东的核准。毛泽东说：总算有了自己的东西。中共中央在批转这个工作条例时，特别指出了目前在高等学校工作中应该着重解决的几个主要问题，首先是：“高等学校必须以教学为主，努力提高教学质量。生产劳动、科学研究、社会活动的时间，应当安排得当，以利教学。”其次就是“正确执行党的知识分子政策，团结一切可以团结的知识分子，为社会主义高等教育服务。正确执行百花齐放、百家争鸣的方针，提高学术水平。”