远东-太平洋分会下设秘书处、财务委员会、事实与证据委员会，其工作程序是：分会受理的案件（主要来自中国）首先送交秘书处，然后转事实与证据委员会审查；事实与证据委员会审查后，报分会通过，然后由秘书处编制成战犯名单，送交伦敦总会。据统计，从1944年5月成立到1947年3月解散，该分会共提出战犯名单26批，共计3147名。其中美国提出218名，澳大利亚提出18名，法国提出345名，英国提出43名，中国提出2523名[9]（p.95）[11]（p.72）。除此之外，中国还向东京国际军事法庭提交了两批共33名重要战犯名单，这其中有12名是蒋介石亲自确定的，有15名成为东京审判的被告即被法庭认定为甲级战犯（注：《中华民国重要史料初编-对日抗战时期》第二编：作战经过（四）1981年版，第471页。蒋介石亲自确定的12名战犯是：土肥原贤二、本庄繁、谷寿夫、桥本欣五郎、板垣征四郎、几谷廉介、东条英机、和鹰知二、影佐祯昭、酒井隆、喜多诚一、佃俊六。其中土肥原贤二、板垣征四郎、东条英机被判绞刑。）。
    随着调查审判工作的深入，1945年12月6日，国民政府成立战争罪犯处理委员会，由军令部、军政部、外交部、司法行政部、行政院秘书处、UNWCC组成，是中央专职处理战犯的机构。其主要职责是颁布逮捕战犯的命令，调查、编审、提出战犯名单，审核审判执法情况，引渡战犯，审查战犯名单等。委员会成立初期由军令部次长刘裴负责主持。后为提高工作效率，制定了“组织规程”，并在1947年1月新组领导班子，任命国防部次长秦德纯为主任委员，加强了该委员会的工作。
    对战犯处理委员会来说，最大的困难是对犯罪的调查和调查经费。从1931年“九一八”事变到1945年日本投降，日本所犯罪行时间长、地域广，案件多，尤其是一般的被害者对犯罪者的姓名、部队番号不甚了解，许多犯罪证据因时间太长不复存在或找寻困难，此外调查活动还需要大量经费。为解决这些困难，推进战犯处理工作，战犯处理委员会一方面制定了政府调查与群众检举相结合的工作方针，一方面向政府申请经费支持。为支持战犯处理委员会的工作，行政院在1947年度拨出3亿元专款，用于战犯罪行的调查，使调查工作得以顺利进行[10]（p.445）。
    日本投降后，国民政府采用了多种形式开展日本战犯罪行的调查工作。除以往的做法外，1947年7月，还通过公布重要战犯名单的方式，征求罪证，并指示地方政府进一步开展战犯罪行的调查工作。国民政府公布的战犯名单共261名，附有每人的军衔、职务、主要犯罪事实等[12]（p.41）。
    如上所述，为揭露、惩罚日本侵略中国、残害人民的罪行，严惩战争罪犯，中国政府采取了多种形式，对日本侵华罪行进行了长时期、大规模的调查、取证工作，取得了很大成绩。尤其对重大犯罪案件如南京大屠杀、“九一八”事变、卢沟桥事变等进行了深入广泛的调查，搜集到了许多有力的证人、证言和证据。这些证人、证言和证据为东京国际军事法庭和中国军事法庭证明被控战犯的罪行做出了巨大贡献。当然，从调查工作的整体看，也有许多不尽人意的地方。这主要表现在：一、由于日本侵华时间达十几年之久，时间和空间的变化都很大，许多受害者已死亡或流落他乡，一些人证物证已不复存在，影响了调查取证工作的顺利进行。二、抗战胜利后，国共内战随之爆发，调查工作难以正常和全面进行；三、日本投降时，销毁了一切可以销毁的罪证，给调查取证工作造成了很大困难。四、政府采取对日宽容政策，限定审判结束时间，使一些战犯的罪行尚未查清即被释放（这在下面会谈到）。三、适用法律及审判
    战后中国审判日本战犯是依据《波茨坦公告》和中国的有关法律进行的。远东国际军事法庭审判的对象是甲级战犯，即犯有“破坏和平罪”和“反人道罪”者。而在各盟国进行的军事审判的对象主要是乙级战犯，其所犯罪行主要是“普通战争罪”即违反战争法规和惯例的犯罪行为。
    大规模审判国际战犯在中国的审判史上还是第一次，无先例可循。鉴于包括中国在内的各盟国进行的对日军事审判与东京审判是战后惩处日本战争犯罪的两大组成部分，两者具有有机的联系，中国便最大限度地利用了东京审判的基本原则，制定了相应的战犯审判的特别法令、法规，依此指导战犯审判工作。
    日本投降后，国民政府中央军事委员会先后制定了《战争罪犯处理办法》、《战争罪犯审判办法》、《战争罪犯审判办法施行细则》三项法规，经军事委员会委员长蒋介石核准后，于1946年前后开始实施[12]（pp.397～401）。这是中国战后最初的战犯审判法规。
    《战争罪犯处理办法》共十五条，主要对战犯的逮捕做了如下规定：
    一、战犯的逮捕，在日军受降后，由军令部呈请军事委员会委员长颁令执行。
    二、犯罪事实确凿、或由人民群众告发且罪证属实的战犯，可由战区司令长官部等立即逮捕。
    三、日本政府系统的战犯，由战犯处理委员会转饬日本占领军最高统帅逮捕后交付我国；东北地区战犯，转饬苏联远东红军总部逮捕后交付我国。
    四、在逃战犯，由军令部行令通缉；如逃出国外，由外交部交涉逮捕。
    《战争罪犯审判办法》共十条，主要规定了审判的管辖范围、法庭的组成、审判程序、适用法律等。其主要内容有：
    一、日本战犯，除应由东京特设法庭审判者之外，依本办法审判。
    二、日本战犯由陆军总司令部或战区司令长官部等设置军事法庭进行审判。
    三、军事法庭由所属的军事机关选派军法官三人及所在省区司法官二人组成。
    四、军事法庭的庭长及审判长由司法官担任。