明代义庄管理机构，在此基础上有所发展，组织更庞大，分工更细密。
    义庄管理机构的领导被称为庄正，掌管收存族田田契、户口簿，负责审核族人受恤资格，收租发米，处理义庄重大事件等等。下设会计两人，催租一至四人。义庄管理机构的庄正必须由族中公举产生，具备"子姓之殷实者"、"诚实有才者"[26]，方可担当此任。义庄对具体办事人员的要求也十分严格，一旦发现经手公堂钱产之人有了亏空侵蚀等类情况，要按惩罚规则处罚。
    宗祠统管是与义庄专管相对而言的，是一种在明代也颇为普遍的管理形式。宗祠统管不设专门管理机构，它不象义庄专管那样有庞大而严密的管理体制，而是宗祠统一管理。金坛王氏说："古立宗子以统一族之人。今大宗之法久已不行，变而通之，其唯立贤立长乎？盖族长即宗子也，其职匪轻，必推分尊年高有德者为之。吾宗凡三大分，每分推一人以主一分之奉"；"三分之下各有小分，各有分长"，"凭众举其善持家，有才干而秉公心，重廉耻者二人或三人掌钱粮"，称为宗相，以辅助族长；另"举其知礼而晓事、安祥恭敬者一人或二人掌礼仪"为宗礼，"推众所服者，决是非曲直"为宗直[27]。至于立簿敛金，置买族田，以其租息"务祭物、兴家学、周贫乏"等都是上述人等共同办理的。
    族人轮管也是明代族田管理的一种主要形式。它效法前代，族人按房、按人轮流管理族田。族人轮管可细分为族长族尊轮管、"殷户房"轮管、绅衿轮管、捐产各房轮管和在里族众轮管。轮管之房或轮管之人，被时人称之为"值年"。其中，"殷户房"轮管是由殷户大富者招佃、换佃，"收租或粜或留、听其自便"[28]；绅衿轮管、捐产各房轮管都与此大同小异。在里族众轮管，其"值年"族人必须把自己的田产作抵押，不能自专，必须在族长的严密控制之下。
    除此之外，也有族中人以房或户为单位受田分管和地主自管。受田分管是按亲疏远近的血缘关系来决定分给贫族土地的多少，土地的所有权归宗族所有。据嘉靖四十一年《宋贤碑》记载：宋氏宗祠有313亩族田，受田族人42人[29]。地主自管，是指建置族田的地主自行经营，不过将租息用在宗族事务上罢了。前者，允许"传之子孙"；后者，纵有"族田"之名，实则为地主的私田专产专用，所以较少为宗族采用。
    纵观有明一代族田的管理不论采用何种形式，管理权都为族长、宗长、建置族田的地主所有，只有他们才有审核批准庄正的任职、族田收支、参与重大决策和监察的作用。
    族田经营基本采取封建租佃的方式，但"族人不得租佃义田，诈立名字者同"，选择佃户比一般的租佃制更为严格。在地租定额方面地主阶级又挖空心思，想出投标招佃的办法，谁出的地租多，谁就得以佃种族田。所以，族田田租在明中叶以后高达百分之五十。高产的三吴之地，"一亩之收，不能至三石，少者不过一石有余。而租之重者，至一石二三斗，少亦八九斗。"[30]
    族田经营也采取佃仆制，较租佃制不同之点在于，佃仆制是一种隶属关系十分严格的租佃制，"主仆之严，虽数十世不改"。佃仆不仅要向宗族缴纳地租，而且要向宗族提供无偿的劳役。佃仆隶属于某姓某族，是某姓某族的公共之仆。佃仆必须听从指定的族房役使，不能随便脱籍。
    用族田租入进行高利贷活动在明朝也是极为普遍的，这是族田生息的一个主要办法。因为明朝工商业繁荣，商品经济的发展使地主经营陷于矛盾之中，有识的地主"出资举贷，大获倍偿之。三十年遂致巨万"。[31]所以，以息买田成了族田增殖的重要手段，这在族田的规条中都有明文规定。
    经营工商业也是明代族田租入经营的主要方式。宗族组织将族田租入发放给殷实商贾生息，如将庄房租给商人作店铺、货栈，或把持墟场、市肆码头、任意抽分，更有宗族将租田租入交"子姓之精贸易者"营运，或资助族人经营工商业。
    经营族田与经营私田，对建置族田的地主来说实质上是一样的，只不过在表面上把"私"字换成了"族"字。因为族田的经营不仅给他们带来了好处，而且这些好处都是他们经营私田不曾得到的。国家对族田例免差徭和杂派，只纳正赋。经营族田还能够确保地租收入，因为"义田与寻常家产不同，家产只供一家之用，租缺尚可别图，若义田缺租，其漕粮赡族以及一切公用，何以挪补？"[32]建置族田的地主，可用族田名义，并施家规、官法，催租要粮。
    建置族田也有利于封建地主占有和扩充土地。关于这一点，可以援引曹雪芹《红楼梦》中的一段话，就再清楚不过了："己物可以入官，这祭祀产业连官也不入的"[33]。祭田做为族田的一个重要组成部分，就是在建置族田的地主或者他的后代触犯封建法律尚且不被查抄，不能不说从长远上保证了建置族田的地主对土地的占有，而这恰恰是经营私田的地主所无法比拟的。
    族田经营使地主占尽好处，而贫苦的族众虽然能得到一点点维持生计的生活资料，却无法从根本上改变被剥削被奴役的地位。