抗日战争时期，周恩来主持中共在南方的工作和国民党统治区的统一战线工作，对于华南敌后抗日武装斗争，以及如何在华南地区开展统战工作，作了大量的指示，给以了正确的指导。
    一指导华南敌后抗日游击战争，保护中共组织，壮大抗战力量
    在八年抗战过程中，中共广东组织及其领导的敌后抗日武装，从小到大，由弱变强，开辟了华南敌后抗日根据地，展开了抗日游击战争，为民族解放事业做出了重要的贡献。这是与周恩来的精心指导分不开的。
    （一）帮助中共广东组织确立在华南地区开展敌后抗日游击战争，建立抗日根据地的战略方针。
    1938年10月12日，日军从惠阳大亚湾登陆，大举向广东等地进攻。周恩来即派巡视员黄文杰到广东，主持召开省委紧急会议，决定开展前线和沦陷区的抗日战争；省委领导人分赴各地加强领导。翌年1月以周恩来为书记的中共中央南方局一成立，他即派组织部长博古到广东出席省委第四次执委扩大会议，传达党的六届六中全会精神，并确定了广东党工作的基本方针，即在战争的过程中积极积蓄力量，准备在抗战最后阶段起决定作用；广东党组织的四大任务为：1.广泛发展敌后抗日游击战争，配合正规军打击敌人；2.扩大动员组织人民群众；3.建立统一战线精诚团结的范例；4.建立强大的党的基础；工作中心放在东江、琼崖两地区，作为支持长期抗战的重要根据地。（注：《广东工作报告摘录及谈话记录》，1940年6月11日，见中央档案馆、广东省档案馆编印：《广东革命历史文件汇集》第37册，第270页。）
    广州沦陷和日军进犯琼崖后，广东的东江、珠江三角洲和琼崖人民抗日武装在国民党军队节节溃退时，相继在敌后展开抗日游击战争，扩大了中国共产党的影响。当时有人担心这样会影响统一战线。周恩来在南方局会议上，批驳了在敌后方独立开展抗日游击战争会“影响统一战线”的错误观点，肯定了广东敌后游击战争的方针和做法。
    在1940年4月29日的中共中央书记处会议上，周恩来听取中共广东省委书记张文彬报告省委的工作后指出：从广东的环境看，“我们党与群众工作有发展的极大可能，也有更坏转的可能”。今后的中心工作要放到武装斗争上，要到敌后去活动，否则不能发展。要建立政权，领导机关要隐蔽起来，干部要职业化，隐蔽在群众中。省委的工作中心，第一是在敌后建立政权和武装，第二是国民党统治区的工作，第三是香港、广州等敌人中心城市工作。（注：中共中央文献研究室编：《周恩来年谱》，中央文献出版社1989年版，第454页。）1940年夏，周恩来向将去海南参加领导抗日斗争的庄田和林李明指出：1.琼崖是一个具有重要战略意义的地方，但条件十分艰苦，为取得斗争的胜利，要准备付出很大的代价；2.冯白驹是海南人民的一面旗帜，中央意见要冯当特委书记兼琼崖抗日游击队的政委，你们可当其助手；3.在民族统一战线旗帜下，发展进步力量，争取中间势力，孤立顽固势力；4.要坚持统一战线中的独立自主原则，尽可能扩大军队，建立政权；5.开办各种学校，培养干部；6.大力加强部队的政治思想工作；7.逐步把五指山根据地建立起来。（注：庄田：《我从延安返海南时中央领导同志和我谈话的要点》，载《广东党史资料》第5辑，广东人民出版社1985年版。）张文彬回到广东后认真传达贯彻了周恩来和中共中央的指示。中共琼崖特委召开了执委会议，传达贯彻周恩来和中共中央的指示，统一了认识，调整了领导班子，由冯白驹担任琼崖特委书记，更加明确了坚持琼崖抗战的战略方针。
    同年春，国民党顽军3000多人围攻东江抗日前线的曾生、王作尧领导的人民抗日武装。曾、王部的领导机关对形势作了错误的分析和估计，决定部队向东转移到海丰、陆丰，结果沿途遭顽军拦截追击，部队损失严重，处境困难。为此，周恩来于5月8日向中共中央书记处提议发出指示，指出：1.目前国民党当局尚保持抗日面目，同时进行反共，准备对日投降，但也不易整个投降分裂，地方突变随时可能发生。因此必须大胆坚持敌后抗日游击战，不怕摩擦，才能生存发展。2.曾、王部应回到东莞、宝安、惠阳地区，决不可在我后方停留。不向日寇进攻，而向我后方行动，在政治上是绝对错误的，军事上也必归失败。（注：《中共中央关于曾生、王作尧两部应回防东莞、宝安、惠阳等地区及行前应注意事项的指示》，1940年5月8日。见《南方局党史资料》第4册，重庆出版社1990年版，第46页。）周恩来还指示广东省委加强对敌后游击战争的领导，动员地方党组织发动群众支援人民抗日游击队。省委随即派东江特委书记尹林平担任曾、王两部政治委员，后又任东江军政委员会主任。曾、王部接到指示后，返回惠、东、宝地区，坚持开展抗日游击战争，获得了生存和发展，并开辟了东江抗日游击根据地。
    （二）部署防范措施，保护中共华南组织，为在华南地区展开抗战积蓄了骨干力量。
    中共广东组织在土地革命战争时期遭到严重破坏，1936年开始恢复重建。抗日战争时期，周恩来和中共中央长江局、南方局指导广东党组织建立健全各级组织，大力发展党员。至1939年10月，广东地区共有党员1.8万多人（此外还有潮梅地区12个县约4000多党员），成为国民党统治区共产党员最多的省份之一。他们创建了广东各地的抗日游击队，坚持了长期抗战。
    1939年之后，国民党顽固派掀起了3次反共高潮，广东共产党组织也面临着遭受巨大破坏的危险。周恩来及时地发出一系列指示，部署防范措施，保证了党组织和党员的安全，为广东抗战保存和输送了骨干力量。