1938年10月12日，日军大举进犯广东。周恩来连夜起草致国民党军事当局意见书《对日寇进攻华南的初步分析及建议》。意见书全面分析战争的起因和特点，提出对日作战的方针为“坚持华南抗战，以击退日寇冒险的进攻，以坚定英国对我的援助，以击退日寇的一切阴谋”。并提出9条具体建议。（注：《周恩来年谱》，第422页。）意见书受到国民党军事当局的高度重视。当时任军事委员会第一作战组组长兼军令部第一厅厅长的刘为章，详细看了周恩来的意见书，并根据周恩来的具体建议，为军令部起草了关于在华南补充军队和发动民众的签呈报军事委员会。
    （二）在文化界中建立和维护抗日民族统一战线。抗日战争时期，周恩来坚持政治上积极引导，生活上无微不至关怀的方针，团结、教育、保护了广大的进步知识分子和爱国民主人士。周恩来曾在中共中央南方局会议上说过，我们的任务是争取可能争取的力量，扩大统一战线，要开展和发展文化、青年、妇女各部门的统一战线工作。为发展抗日文化运动，周恩来还亲自负责南方局文委工作。
    早在抗战初期，周恩来要夏衍以进步文化人士的身份留在国民党统治区开展统一战线工作，强调指出工作方式可以多样，但一定要争取公开合法。还谈到要在国民党统治区办一张党报。1937年8月中旬，周恩来指示夏衍协助从日本回国的郭沫若筹办《救亡日报》，提出要把该报办成文化界抗日民族统一战线性质的报纸。《救亡日报》先后在上海、广州、桂林等地出版发行。1941年1月中旬，当周恩来得知夏衍在桂林主编的《救亡日报》因拒登国民党中央社诬陷新四军的消息而被扣，并获悉白崇禧下令逮捕夏衍时，当即通过八路军桂林办事处通知夏衍、范长江立即离开桂林去香港，同从重庆撤去的文化工作者合作，建立对外宣传据点。
    国民党顽固派发动第二次反共高潮后，周恩来和南方局将大批文化人士和爱国民主人士疏散到香港。1941年2月10日，八路军驻香港办事处主任廖承志致电中共中央和周恩来，请求在香港办一份报纸。（注：《廖承志1941年2月10日给中共中央和周恩来的电报》，见《廖承志文集》上卷，人民出版社1990年版，第87页。）周恩来即复示同意，并指出：这张报，不用共产党出面办，不要办得太红了，要灰一点……不仅在香港发行，还要发行到东南亚菲律宾等地去。（注：张友渔：《我与华商报》，载《白发记者话华商--〈华商报〉创刊四十周年纪念文集》。）据此，廖承志建议定名为《华商报》，意思是华侨商人的报纸，可以体现报纸的统一战线作用。1941年4月8日，《华商报》创刊号面世。
    随后，为解决当时文化人到香港甚多带来的矛盾和争论，做好团结、争取文化人的工作，周恩来于1941年5月7日又致电廖承志：三个月来文化人到香港者甚多，建议他学习列宁、斯大林对待高尔基的态度，团结和帮助文化人前进。（注：《周恩来关于领导文化工作者的态度给廖承志的指示》，1941年5月7日，原件存中央档案馆。）同月，为了加强对香港进步文化工作的领导，推动香港抗战文化的发展，建立中共对外宣传工作的基础，周恩来批准成立香港文化工作委员会。由廖承志等5人组成。文委成立后，扩大和巩固了香港文化界统一战线，使香港抗战文化出现了空前繁荣的景象。对此，周恩来曾于1942年6月21日就南方局领导香港文化运动的情况报告中共中央宣传部、中央文委。报告谈到：皖南事变前“香港文化运动只限很小的下层活动，自渝大批文化人到港，才有新的展开”。
    1941年12月，当日军侵占香港、九龙时，数百名文化界知名人士和爱国民主人士被困在香港，周恩来亲自部署在广东、港九地区开展的抢救文化人士和爱国民主人士的活动，对获救文化人周密安排，多次发出指示，使困留在香港的800多名抗日爱国民主人士、文化界人士及其他们的家属全部脱险。1942年3月12日，周恩来又致函郭沫若，请郭约老舍一起，会面共商对到达广西的香港文化界朋友的救济办法。17日，周恩来电示方方、张文彬并报中共中央书记处：去上海的人数应减少到最低限度。邹韬奋夫人及子女可暂住桂林，我们按月送津贴，邹本人去苏北转华北。（注：《周恩来年谱》，第534页。）4月9日，周恩来在听取夏衍关于香港沦陷时文化界人士分批安全撤离情况的汇报时，特别关注柳亚子、邹韬奋、茅盾等人的安全和健康。要夏衍在重庆争取公开合法，以进步文化人的面貌做统一战线工作，争取复办《救亡日报》，争取公开合法的地位。6月14日，周恩来写信给柳亚子，关心他的安全和生活，希望“重整南社旧业”。（注：《共商救济文化界朋友》，1942年3月12日。见《周恩来书信选集》，中央文献出版社1988年版，第218页。）
    周恩来曾经从各方面关心邹韬奋，当周恩来在4月得悉国民党下令通缉邹韬奋后，立即电告八路军香港办事处负责人连贯，一定要让邹韬奋就地隐蔽，并保证他的安全。以后，通过中共地方组织的帮助，邹韬奋暂时避居于广东梅县江头村。7、8月间，周恩来派人转告邹韬奋：为了保证他的安全，并使他能为革命继续发挥作用，建议他前往苏北抗日根据地，还可以转赴延安。不久，邹韬奋被护送到上海，转赴苏北。（注：《周恩来年谱》，第528页。）
    （三）促进华南抗日民主运动。抗日战争期间，周恩来为促进华南地区的抗日民主运动做了大量的工作。李济深是广西地方实力派领袖之一，抗日战争爆发后，他支持中共一致抗日的主张，反对蒋介石的独裁政策。周恩来通过八路军桂林办事处与国民政府军事委员会桂林办公厅主任李济深等人建立了良好的关系。1939年4月底，周恩来到桂林，会见了文化界人士和爱国民主人士，并为国民政府军事委员会政治部在桂林举办的日语人员训练班全体学员演讲《如何粉碎敌人的阴谋》。1940年5月，李济深被任命为军事委员会桂林办公厅主任成为桂林名义上的最高军事长官。太平洋战争爆发后，一大批文化人从香港等地辗转来到桂林，中共中央南方局派人与李济深联系，通过李济深的关系保护了这批文化人。