在会议名目问题上，段祺瑞坚持冠以“善后会议”之称。依其设想，善后会议可兼顾直奉战争的军事及财政的后续事项处理和国民会议的组织筹备两方面，其职能范围应较单纯的国民会议预备会议宽泛。然而国民党方面认为，既然段氏主张以国民会议“治本”，那么召开“国民会议预备会议”为之作准备即可，没有召开善后会议的必要。在会议的人员构成上，段祺瑞政府偏重于实力派的参与。《善后会议条例》对会员资格作了如下规定：“一、有大勋劳于国家者；二、此次讨伐贿选制止内乱各军最高首领；三、各省区及蒙藏青海军民长官；四、有特殊之资望学术经验，由临时执政聘请或派充者，但不得逾三十人。”（注：中国第二历史档案馆编：《中华民国档案资料丛刊·善后会议》，档案出版社1985年版，第4-5页。）而国民党方面则偏重于“人民团体”代表，主张国民会议预备会议由现代实业团体、商会、教育会、大学、各省学生联合会、工会、农会、共同反曹吴各军及政党九方面的代表组成。
    尽管双方的主张存在一定差异，但由于尚未看到《善后会议条例》草案，不清楚段祺瑞究竟将如何筹划善后会议，国民党方面最初只是正面阐述自己的国民会议主张，未对善后会议提出批评意见。
    12月10日，段祺瑞派人将《善后会议条例》草案送交孙中山参酌，孙未表态。18日，许世英、叶恭绰等谒见孙中山，征询其意见，孙仅仅对段政府“外崇国信，尊重条约”的外交保证表示不满，亦未对善后会议提出异议。（注：《与叶恭绰许世英的谈话》，《孙中山全集》第11卷，第500-501页。）同日阅李烈钧带来的《善后会议条例》草案，做出暂缓入京的决定，但对条例内容也未置可否。（注：1924年12月30日上海《民国日报》，转引自《孙中山年谱长编》。本文所引上海《民国日报》消息均转引自该书。）
    孙中山既已应邀北上“共商国是”，此时却对《善后会议条例》草案三缄其口，且继续留驻天津，引起众多猜疑。国民党方面的解释是孙身体抱恙，痼疾复发。但这只能解释何以孙中山迟迟不入京，却不能解释孙为什么不就《善后会议条例》草案表态，因当时孙的身体状况还未恶化到不能表态的地步。（注：当时北京“革命圈子”内就盛传孙中山在身体抱恙的同时，还患有“政治病”，即称病以表示对段祺瑞“径将一切国是按己意安排”的不满。详见张国焘《我的回忆》第1册， 东方出版社1998年版（内部发行），第374页。）从情势上分析， 孙未就《善后会议条例》及时发表意见，可能是因国民党内部意见分歧，一时难以统一认识所致，也可能是碍于韶关之约而不便公开提出异议。不管其原因如何，后果都一样，它使国民党丧失了表白自己政治立场的最好时机。富于政治经验的段祺瑞敏锐地看到了这一点，于24日公布了《善后会议条例》，随后又通电全国，宣布于次年2月1日正式召集善后会议，争取到了政治上的主动。
    《善后会议条例》公布后，国民党发现自己已经处于被动地位。为改变局面，国民党中央执行委员会发表《敬告国民书》，说明解决国是须以人民团体广泛参与之预备会议为前提，用以决定国民会议之基础条件。随侍孙中山的在津国民党要员汪精卫、邵元冲、戴季陶、张继等11人亦召集会议，做出“一切善后问题应由国民会议解决，无必要另行召集善后会议”之决议。（注：《孙中山年谱长编》下册，第2091页。）12月26（寝）日，国民党通电反对段政府在京召集善后会议，表现出与段祺瑞政府分道扬镳的倾向。
    国民党与段祺瑞政府的分歧引起了社会的广泛关注。当时，社会舆论更多的是站在同情孙中山及国民党的立场上。在段祺瑞筹备善后会议期间，各地成立的国民会议促进会大多支持孙中山的主张，这对段祺瑞政府形成了巨大的压力。但是也有人注意到，国民党的主张虽然在很大程度上迎合了“民众”的心理，也符合“主权在民”的政治理念，但却没有注意辨析两种会议的不同性质，也较少考虑政治操作中的可行性问题。
    北京律师公会会长、法律专家陈炳堃当时就发表通电，认为站在国民会议的立场批评善后会议，系未辨两种会议的性质所致。（注：《陈炳堃解释善后会议之通电》，1925年1月14 日天津《大公报》。）从会议的性质上分析，国民会议主要解决制定宪法等有关国家根本建设的问题，有类美国的费城会议，具有“立法会议”的性质。而善后会议主要解决时局纠纷及直奉战争之后国家所面临的军事、财政等善后问题，具有“行政会议”的性质。借用《大公报》当时一篇评论的话来说，“善后会议从事实上谋收束，国民会议从法制上以图创造”（注：春木：《善后会议与国民会议》，1925年1月10日天津《大公报》。）。两个会议性质互不相同，所欲解决的问题各有侧重，因而并不一定构成对立排斥关系。
    还有人从政治操作的角度对国民党的主张提出不同看法，认为虽然国人已经认识到了国家混乱的现实与军阀政治的关系，但在军阀未被彻底“打倒”之前，欲将其撇开，而以“人民团体”为主召开会议，解决国是，未必现实可行。当时《大公报》一篇署名文章就曾指出，若不屈就现实，先召开以实力派为主的善后会议，使实力派之间达成妥协，“岂国民会议以一纸决议，遂能强某某军阀裁兵若干万乎？遂能令某某各省不得截留中央款项乎？……遂能举军民分治之实乎？……遂能期废督裁兵之效乎？”（注：春木：《善后会议与国民会议》，1925年1月 10日天津《大公报》。）
    段祺瑞政府对善后会议偏重实力派的原因曾做出与上引《大公报》评论类似的解释。当国民党通电反对善后会议之后，段政府方面复以孙中山缄默为由，将双方立场未能协调的原因归咎于国民党。当时，段祺瑞曾紧急召集许世英、林长民、汤漪、章士钊、屈映光、龚心湛、梁鸿志等开会，商量对策。会后汤、梁等召开记者招待会，表示了以下意见：其一，善后会议条例未公布前一旬，段执政曾先后命李烈钧、许世英、叶恭绰赴津征求孙中山的意见，“彼时中山虽无赞成之表示，但亦无反对之表示，可见中山彼时实曾默认善后会议之条例，中山彼时既默认之，则此时实无提议修改条例之余地”；其二，国民党称段祺瑞派人送呈《善后会议条例》供斟酌时，孙中山因病不能考虑，故未发表意见，“然中山彼时对于李烈钧回赣一事，既能有所主张，则可见中山彼时尚能考虑，且确已加以考虑者”；其三，善后会议筹备多日，“已成将熟之饭”，断难另起炉灶，修改条例，将国民党所主张的九法团代表同时纳为组织成员。因此，段政府方面认为，若中山不能谅解，对善后会议固然是一种遗憾，“而责任固不全在政府也”。（注：《北京通信·善后会议与孙中山》，1925年1月28日《申报》。）段政府方面的强硬态度， 当然无助于分歧的化解，争论很快陷入僵局。