旧中国经济落后，发展极不平衡，工商业重心偏集于东部沿海沿江地区。自卢沟桥事变，日军全面侵华，大片国土沦陷，北平、天津、上海等沿海城市相继落入敌手，使中国经济遭受重创。以上海为例，战前是中国经济的中心，年工业产值可达全国的1/3。遭日军炮火轰炸，工业建筑大都被毁，“无数店铺工厂，仅剩灰烬”。据统计，被毁商店有十余万家，工商业损失总额超过30亿元（注：延安时事问题研究会编：《日本帝国主义在中国沦陷区》，中国现代史资料编辑委员会1957年6月翻印，第91～93页。）。由于国民政府对全面爆发战争准备不足，以致原有的经济体制不能适应战时之需，财政税收骤减而战费猛增，后方经济负担加重，军需和民用物资普遍匮缺。因此，战争伊始便出现了严重困难的经济局面。
    国民政府为扭转不利的形势，争取主动，在战争初期逐步实现抗战的同时，采取一系列措施，对原有经济体制和政策进行了大规模的调整。
    一、改组有关行政管理机构，确立战时经济体制
    战前，国民政府金融与经济行政管理机构除财政部统管全国金融外，还有实业部、全国经济委员会和全国建设委员会。实业部主管全国经济行政，辖林垦、农业、渔业、工业、劳工、矿业、商业、合作各署司以及中央农业实验所等附属机关；全国经济委员会主管国家经济建设或发展计划之设计、审核与督导，特定经济事业或发展计划之实施，尤重公路、水利、公共卫生和农村建设事业；建设委员会主管国家基本建设，如电气和一部分矿业、铁路建设。同时，国民政府军事委员会第3部、第4部和资源委员会还分别主管重工业、轻工业、农业和贸易之动员，以及人才和物质资源的调查、统计与计划，并组织工业建设。以上机构建制重叠，政出多门，职责不清，很难适应战时的需要。抗战爆发后，国民政府在战争紧迫的情况下，加强了中央尤其是军事委员会对经济的干预，对金融和经济行政机构进行了一系列调整。
    1937年7月27日，财政部授权中央、中国、交通、农民四大银行组成联合贴放委员会，负责办理战时贴现和放款等业务，以救济银行和工商各业。“八一三”事变后，四大银行又奉令在上海成立四行联合办事处，在各重要城市筹设分处，以加强国家银行的联系与协调，集中资力帮助政府应付危局。为了适应战争的发展，国民党中央决定调整党政决策和管理系统，同时改组经济决策机构。8月11日，中执会通过《国防最高会议条例》，将原中政会所属财政、经济、交通等专门委员会统由国防最高会议节制，从而使国防最高会议成为抗战期间最高的经济决策组织。在这种情况下，军事委员会干预经济的能力明显加强。原隶属军委会的资源委员会不仅承担了战略物资的统制，也组织工厂向大后方迁移，还负责代行原第3部的管理国防工业的职能。10月，军委会设立农产、工矿、贸易3个调整委员会和1个水陆运输联合办事处，以周作民、翁文灏、陈光甫、卢作孚分别为主任委员，负责“调剂农村经济”、“保育实业生产”、“保持国际市场”和运输等事务，并在一些重要地点分设办事处，以增强对各地专项经济的统制。
    军委会新设立的经济管理机构，对稳定抗战初期的战争危局发挥了一定作用。但是，由于原有经济行政机构也在运行，因而出现了权限交叠和政出多门的现象，增加了经济管理的混乱。1938年1月，国民政府为加强经济工作的统一领导，颁布《调整中央行政机构令》，规定凡因战事影响不能继续进行工作之机关，暂行停办或裁撤；凡某一机关之工作与另一机关工作性质重复者合并之；凡工作有继续进行之必要之机关加强之；凡工作有进行之必要，而尚无机关办理者创设之。根据上述规定，国民政府令行政院下属之原实业部改组为经济部，成为掌握全国经济行政事务的最高机关。军委会所属第3部、第4部、资源委员会、工矿调整委员会、农产调整委员会以及国民政府所属之建设委员会、全国经济委员会所属之水利部分均并入该部。部长翁文灏，次长是原全国经济委员会秘书长秦汾，下辖总务、管制、农林、水利、矿业、工业、商业、渔业、国际贸易、电业10个司，农本、物资、采金、商标、度量衡、商品检验等9个局，资源委员会、燃料委员会等7个委员会，会计、统计、工矿调整、燃料管理、平价购销等7个处，参事、技术等3个厅以及林垦署，形成比较集中的经济领导体制。
    同月，铁道部撤销，其经管之铁路事业划入交通部。同时划归交通部的还有全国经济委员会所辖之公路处和军委会所辖水陆运输联合办事处。该部负责全面规划、建设、管理和经营全国国有铁路、公路、电信、邮政、航政事业，对公有及民营交通事业有监督之责。
    2月16日，原军事委员会贸易调整委员会改组为贸易委员会，划归财政部。其主要职责是管制进出口贸易，推动国营、民营对外贸易的发展并考核其效绩，管理外汇、借款和易货偿债，向国外购货，对敌封锁以及抢购敌占区物资等。
    3月，资源委员会脱离军事委员会辖制，正式改隶经济部，职能进一步扩大，掌理创办、管理及经营基本工业和动力事业，开发、管理及经营重要矿产事项。以后，它陆续建立了二百多个工矿电器企业，成为国民政府属下专门掌管重工业建设的主要机构。
    这时，原军委会工矿调整委员会也划入经济部，改称工矿调整处。其基本任务是掌理工矿业的行政，也负责办理和监督各地工厂内迁，并筹建新工业区，督促内迁工厂复工；协助和指导厂矿建设，调剂其产品之运销分配；筹措必要的资金，进行工矿贷款，辅助设计规划以及材料、动力之供需调节和技术员工之调整与训练等。
    对基层经济职能机构，国民政府本着便于统一和发挥实效的原则也做了归并和调整。如将全国稻麦改进所、中央模范林区管理局、蚕丝改良委员会、中央棉产改进所、中央种畜场、西北种畜场并入中央农业实验所，将有关工业实验和研究机构并入中央工业实验所等，尽可能避免机构重叠、臃肿，以适应战时的需要。
    抗战初期，国民政府对经济行政管理机构的一系列调整，对促进战时社会经济的运行，发挥了重要作用。调整后，中央经济行政机构编制由战前3684人减至1561人，精减率达58%。经济行政职能从军事机构中划分出来，减轻了军事机构的非军事负担，也加强了战时经济管理的集中与统一。此后，国民政府先后在行政院下设立中国航空建设协会总会、液体燃料管理委员会、水陆运输联合委员会，成立农林部、粮食部等。1942年2月，行政院设立“经济会议”，蒋介石自任主席。翌年该会改为“国家总动员会议”，成为战时最高统制机构。