一、改革三部曲
    1、戊戌前后--书院兼办学堂
    江苏地处中西文化交汇之前沿，得风气之先，在出现新学化书院的基础上，甲午至戊戌前后，一些书院开始率先开办学堂。
    1897年，高邮知州创建珠湖致用书院，内设学堂，教授英文、算学。1898年金陵文正书院创办了西学堂，开设汉文、英文、翻译、算学等课程。吴江金松岑于1896年就同川学院立讲社，曰自治学社，又创设理化传习所。1898年，常熟丁芝孙、徐念慈、张隐南等在学爱精庐设立蒙养学堂，后来改称中西学堂。
    戊戌变法中，清政府发布上谕，命将各地大小书院，一律改为兼习中学、西学的学堂。不久，两江总督上奏，称欲将储材学堂改为江南学堂，并将钟山、尊经、文正、凤池、奎光等书院改为府县各学堂。江阴南菁书院改办高等学堂，并试办农科。州县书院亦有改办者，例如赣榆县怀仁书院。但因变法以流血而告终，书院改办学堂很快夭折。仅有个别民间所办学堂幸免。
    这一阶段所办学堂，不仅数量有限，而且大多与书院未真正分离，也无本质区别。首先，教学和管理方法因袭书院旧制。金陵文正书院西学堂，所收资格仍以举贡生监为准，沿用书院甄别方式定班次，并备有日记册、功过簿。[1]（P.5）南菁高等学堂仍然专重日记，课程亦允许学生自行选择，既无一定教授时间，亦无一定教授范围。其次，课程仍以中学为主，西学课程多流于形式。文正书院西学堂虽开设西学课程，但明确规定“中学为立身始基”，从学者不得“扬西抑中，弃本逐末”。[1]（P.5）南菁高等学堂课程稍多，但规定政科为中学，分经学、掌故等门，为必修课，专重日记；艺科为西学分算学、理化、测量、东文四门，为随意科，习否听便。[2]（P.421）
    2、新政之初--书院学堂并行
    庚子国难以后，清政府统治摇摇欲坠，不得不改弦更张推行新政，兴学为其中一项重要内容。1901年9月14日，下诏兴学，此后至1905年废科举前，书院改革在政府的推动之下，进入了大批改办学堂的阶段。各地书院陆续改办学堂，逐步建立起省城高校、府中学、县小学的教育体系；但仍大多保留一二书院，改名校士馆继续存在。
    从各地情况来看，苏南及苏中进展较快，从府城到州县均迅速实现了由书院到学堂的转变。“南京钟山书院改为江南高等学堂，文正书院改为府学堂，惜阴书院改为县学堂，保留尊经书院为校士馆”。[3]“扬州梅花、安定书院常款提出一半充学堂经费”，[4]开办仪董中学堂、储材小学堂，书院改名校士馆仍存。苏州正谊书院改为苏州府中学堂，平江书院改为长元吴三县小学堂，留紫阳书院为校士馆。镇江“南k3n605.jpg学舍改为府中学堂，以宝晋书院为校士馆课士如故”。[5]江阴南菁书院改为高等学堂，留礼延书院为校士馆。苏北徐州府、淮安府及海州直隶州进展则较为缓慢，1905年以前只有少量书院改为学堂。
    由于校士馆的存在，学堂的发展受到很大干扰。虽然少数校士馆改订旧章，如尊经书院，废除八股试帖，“上旬课中外史事政治学，中旬课格致、天算等学，下旬课四书五经义”。[3]扬州梅花、安定两校士馆则“一律改试经义策论”。[6]但大部分仍专重八股试帖，与旧日书院无异。由于科举制度尚未废止，校士馆对广大读书人仍有很大吸引力。扬州梅花安定校士馆在十多年不行送院礼后重行此典礼，“校士子衣冠诣院者约二、三百人，闻高等学堂学生亦有与共列者”。”[7]而镇江宝晋校亡馆的甄别试，“到者多至数百人”。[8]直到1905年科举制废止前夕，仍有大批生童视校士馆为衣食之所，试图阻止校士馆改办学堂。当时两江总督周馥拟改南京尊经、风池两校士馆为师范传习所。招考当日，聚集生童两三千人，“数十童首先鼓噪，于是一倡百和。有人曰：周某欲绝我辈生路，是千余众之公敌也。……今日誓诛此破坏校士馆之奸贼。有不与表同情者先合群力以扑杀之”。[9]周馥无奈落荒而逃。
    这一时期的学堂与书院已实现分离，形式上初具新式学堂规模。学堂均仿西方实行分年课程和班级授课制度，校舍不再沿用书院旧有房屋，而改造书院集中于一处的讲堂为新式教学楼，并陆续兴建实验楼、自修室、操场等配套设施。由于壬寅癸卯学制的颁布，学堂课程也由单一的外文、翻译、算学等专门教育，发展为包括各种普通学科的完整的普通教育课程，添设了格致、历史、地理、音乐、图画、体操等。虽然办学仍以“端正趋向，造就通才为宗旨”，强调“忠孝为本，以中国经史之学为基”，[10]（P.195-197）因而读经讲经钟点过多，其他课程难免流于点缀。但毕竟有众多学堂将以上科目列入办学章程，并努力付诸实施。
    然而，不容否认的是学堂的缺点仍很突出。首先，学堂官气太重。省城高等学堂、府中学堂一般由督抚委任观察为监督总理一切，县小学堂则多由教谕出任堂长或监督。学堂不能自行招生，一旦缺额多由官府出示招考，或直接札调书院高才生入学堂学习。学生考试合格后，仍须由地方官验看，合格后方能入学。其次，教习中新学人士不多。总教习不少仍由原书院山长担任，教习亦多聘请当地积学之士担任。因而虽不乏饱读诗书之人，但多因不懂教学方法而不能胜任新式教学。如苏州中学堂教习曹元弼，丝毫不懂教学法，每月讲经五六次，每次“居中昂坐，闭目讲论其说”。[11]仪董学堂总教习王鹏运“博学能文，惟于教育素未研究，故生徒多轻易之”[12]。有些教习甚至根本不解讲课为何事，“以为每日在课堂安坐四点钟即为毕事”。[13]