汉代部曲主要以战斗为职事，魏晋南北朝时期也不例外。通过对魏晋南北朝时期相关文献的检索，“部曲”一词共出现494次，其中364次指军队，130次指其他依附民，统计数字也说明这些人身依附关系很强的部曲主要以战斗为职能。该时期的史料中有“部曲将”、“部曲督”、“部曲督护”诸官职，进一步证明其主要职能以战斗为主。如在东晋咸康初，“方镇屡革，边戍仍迁，皆拥带部曲，动有万数”（注：《宋书》卷31《五行志》。）。刘裕在起兵时，镇北参军王元德“并率部曲，保据石头”（注：《宋书》卷1《武帝纪》上。）。夏侯夔为豫州刺史，“有部曲万人，马二千匹，并服习精强，为当时之盛”（注：《梁书》卷28《夏侯亶传》。）。萧纪举兵反陈时，柳猛率“部曲三十余人，蒙盾横戈，直登纪舟，瞑目大呼，纪侍卫皆披靡，相枕藉不敢动”（注：《陈书》卷31《柳毅传附弟猛传》。）。济州刺史高季式，多次平息内乱，“自领部曲千余人，马八百匹，戈甲器仗皆备”（注：《北齐书》卷21《高乾传附弟季式传》。）。这些部曲显然都是以战斗为职事的军队。
    部曲的另一种职能是从事生产劳动，即使在动乱时期，部曲中的一部分兵士也在战争间隙从事生产劳动。如侯景之乱时，“百姓皆弃本业，群聚为盗”，唯临川周迪所部，“独不侵扰，并分给田畴，督其耕作，民下肆业，各有赢储”（注：《陈书》卷35《周迪传》。）。鲁悉达“纠合乡人，保新蔡，力田蓄谷”（注：《陈书》卷13《鲁悉达传》。），这些是且战且耕的部曲。但当部曲完全以劳动为职事时，则主要是指依附民。该方面资料虽不多见，但仍有线索可寻。前述田畴率部曲在徐无山中，躬耕以养父母；张孝秀辞去建安王别驾一职后，去职归山，居于东林寺，“有田数十顷，部曲数百人，率以力田，尽供山众”就是如此。值得注意的是，永定二年陈南豫州刺史沈泰叛陈归齐，陈霸先在诏书中指斥沈泰“良田有逾于四百，食客不止于三千”。但在处置沈泰的家属食客时却规定“其部曲妻儿各令复业，所在及军人若有恐胁侵掠者，皆以劫论。若有男女口为人所藏，并许诣台申诉。若乐随临川王及节将立效者，悉皆听许”（注：《陈书》卷2《高祖纪》下。）。根据上下文的意思推测这里的“部曲”应是为沈泰从事生产的劳动者，食客和部曲在此是同义语。再如前文所述高欢赐给崔 “广宗部曲三百、清河部曲千人”，杨坚赏赐窦荣定“部曲八十户”等部曲则是纯粹的劳动者。我们从“天子姊乃作田舍儿妻”一语中也可以清楚看出这些部曲已完全变成生产者了，但这种职能和其军事职能相较仍居于次要地位。
    部曲在统治阶级的内部争斗中起着重要作用。萧衍起兵时，曹景宗“聚众并率五服内子弟三百人从军”（注：《南史》卷55《曹景宗传》。），全力支持萧衍。尤其在政权更迭过程中，部曲的作用更不可小觑。梁雍州刺史萧察“蓄聚货财，折节下士，招募勇敢，左右至数千人”，准备“图大功”（注：《资治通鉴》卷159《梁纪》15，梁武帝中大同元年条。），夺取政权。就是帝王有时为达到某种目的也要私置部曲。北魏孝武帝为摆脱高欢挟持，采纳斛斯椿建议，“置阁内都督部曲”，“皆选天下轻剽者以充之”（注：《魏书》卷80《斛斯椿传》。）。元脩“置部曲”（注：《北齐书》卷21《高乾传》。）之事虽然无果而终，但也反映着部曲在统治阶级内部争斗中所起的作用。
    魏晋南北朝时期部曲的地位是颇为重要的问题。由于部曲来自于宗族乡里和招募，部曲和宗主之间有千丝万缕的关系，有时甚至还掩盖在温情脉脉的宗法关系的面纱下，因此，早期部曲与宗主之间的剥削与被剥削关系不明显，甚至宗主还会对他们“遇之如子弟”，格外优容。羊侃因抗击侯景叛乱有功，萧衍赏其金五千两，银万两，绢万匹，“以赐战士”。羊侃坚辞不受，但却对自己的“部曲千余人，并私加赏赉”（注：《梁书》卷39《羊侃传》。）。部曲有时也会借宗主之势为非作歹，颇为骄悍。祖逖北伐期间，其“牙门童建害新蔡内史周密，遣使降于勒”（注：［魏］崔鸿撰，［清］汤球辑补《十六国春秋辑补》卷13《后赵录三》。）。梁郢州刺史曹景宗的“部曲残横，民颇厌之”（注：《梁书》卷9《曹景宗传》。）。陈豫章内史陈方泰，“屡放部曲为劫，又纵火延烧邑居，因行暴掠，驱录富人，征求财贿”（注：《陈书》卷14《南康愍王昙朗传附子方泰传》。）。魏齐州刺史李元护，“多有部曲，时为侵扰，城邑苦之”（注：《魏书》卷71《李元护传》。）。部曲有时也因宗主之势而加官进爵。如孙奂部曲“仕进朝廷者数十人”（注：《三国志》卷51《孙静传附子奂传》。）。苻洪“部曲赐爵关内侯者二千余人”（注：《十六国春秋别本》卷4《前秦录》。）。因此许多部曲颇为骄悍，有时甚至骄悍到杀旧主立新主的地步。孙皓凤凰三年，临海太守奚熙妖言惑众，“熙部曲杀熙，送首建业”（注：《三国志》卷48《孙皓传》。）。沈充与王敦构逆，“为部曲将吴儒所杀”（注：《晋书》卷89《沈劲传》。）。晋冀州刺史邵续被石季龙杀后，“其部曲文武，已共推其息缉为营主”（注：《晋书》卷63《邵续传》。）。侯景之乱时，周续起兵于临川，“续所部渠帅，皆郡中豪族，稍骄横，续颇禁之，渠帅等并怨望，乃相率杀续，推迪为主”（注：《陈书》卷35《周迪传》。）。宗主一旦失势，这些部曲或树倒猢狲散，或另投新主，但更多的还是被作为赏赐品另行赐给新主。陈立国之初，反陈势力颇大。广州刺史萧勃起兵反陈，陈霸先遣周文育平乱，擒获余公飏，“以其部曲分隶众军”（注：《陈书》卷8《周文余传》。）。刘昶投奔北魏时，“部曲皆散”。邓元起死后，也落了个“部曲皆散”的下场（注：《梁书》卷47《庾黔娄传》。）。陈建国初期，起兵围临海，张彪兵败后，“世祖尽收其部曲家累”（注：《陈书》卷3《世祖纪》。）。
    由于部曲在魏晋南北朝时期是豪强将帅的私兵，有较强的人身依附性。一些将帅往往以部曲为政治资本，必要时可以举兵威胁封建统治，吴“名宗大族，皆有部曲，阻兵仗势，足以建命”就是如此（注：《三国志》卷28《邓艾传》。）。当皇权尚不强大时，最高统治者就以罢“质任”的方式笼络部曲拥有者。如司马炎在即位之初为笼络豪强部帅，曾“罢部曲将长吏以下质任”；“降除部曲督以下质任”（注：《晋书》卷3《武帝纪》。）。但这只是最高统治者的权宜之计，当皇权一旦稳固，为加强皇权，削弱宗主势力对皇权的威胁，最高统治者就会严令禁募部曲，“听限人数”，“诏断众募”（注：《南齐书》卷27《李安民传》。）。有的官僚甚至还会因招纳部曲而遭横祸（注：《魏书》卷71《裴叔业传》。）。因此许多权臣为避免君主的猜忌，往往解散部曲以示其心无贰。萧衍为司州刺史时，“领四厢直，出镇石头”，为避免齐明帝猜忌，乃“解遣部曲，常乘折角小牛车。齐明每称帝清俭，勖励朝臣”（注：《南史》卷6《武帝纪》上。）。刘宋末年，前废帝政治昏暗，太尉沈庆之深虑危祸，“闭门不通宾客”（注：《南史》卷29《蔡廓传附子兴宗传》。）。可见部曲虽为臣将的政治资本，但如果招致皇帝的猜忌，就有可能招致杀身之祸。