二镇压义和团
    临时政府成立后，镇压义和团成为首要的任务。当时，仅明确记录在案，经过审判公开处决的义和团就达数十人，各区巡捕抓获并就地处决的义和团还不算在内。各国联军从外地抓获的义和团，有的也交给临时政府处死。杀害义和团民的刑场大都设在义和团活动比较活跃的西门外，而且都是处以斩首的极刑，其至还将砍下的头颅悬挂示众。一度支持义和团的候补道台谭文焕，在被德国军队从保定擒获后也解到天津，交由都统衙门处决于北门外并悬首北门示众（注：第78次会议（1900年12月5日）；“附录一：天津都统衙门告谕汇编”，第26号。）。都统衙门还与各国占领军配合，到各村庄清剿义和团。联军清剿义和团的根据地--静海独流镇时，都统衙门还专门发布告谕，威胁其他村庄如果“蹈此复辙，亦照此法办理”（注：《八国联军占领实录--天津临时政府会议纪要》，“附录一：天津都统衙门告谕汇编”，第5、11、23、37、58号。）。
    然而，对联军俘获的女义和团民，临时政府则采取不同的对待办法。有两名义和团女首领被八国联军俘获后关押在都统衙门（注：《俄国人在远东》，第180页；《到北京去》，阿英《庚子事变文学集》下册，第1097页。）。临时政府委员会经过专门讨论后，决定将她们押往上海，交由天主教会看管。1901年4月，两名女义和团民被送往上海，交给圣约瑟教会的神父，安置在徐家汇孤儿院看管（注：第133次会议（1901年4月17日）。）。此后1年多的时间里，临时政府一直向上海天主教会提供她们的抚养费。在天津政权归还之前，临时政府委员会提出由上海天主教会将两名女义和团民交给上海清政府地方当局。
    按照其他记载，红灯照首领林黑儿和三仙姑被八国联军俘获并一度关押在都统衙门。关于她们的下落有种种传说，有的说被解往国外（注：刘孟扬《天津拳匪变乱纪事》卷下，杨家骆《义和团文献汇编》（二），鼎文书局，第56页。），有的称逃到乡下隐居。尽管还没有确切资料证明这两名女义和团就是林黑儿等红灯照首领，但是上述记载为解开这个历史疑案提供了新的线索。
    为了防范民间的反抗，都统衙门严禁百姓拥有武器。临时政府一成立便发表告谕，要求百姓限期将持有的军械上缴巡捕局。为此，临时政府委员会还专门做出决议，禁止华人拥有武器和弹药。1900年12月27日，临时政府再次发表告谕，限定5日内将军械交到都统衙门，如逾期不交，一经查出，军械没收，私藏者一律斩首（注：《八国联军占领实录--天津临时政府会议纪要》，“附录一：天津都统衙门告谕汇编”，第5、11、23、37、58号。）。此后，凡藏有武器或持械犯罪者，无论轻重一律处以斩刑。在都统衙门统治期间，因此而被处死者不下数十人，有的甚至不问罪行轻重，只要持有武器，即被处死。临时政府还将鞭炮列入武器弹药之列，禁止出售和燃放。
    与此同时，驻扎天津的各国军官和士兵却可以任意到机器局、军械所拿取清政府储存的各种武器装备。他们似乎把获得武器视作征服者的标志，有的用作防身武器，有的作为纪念品。都统衙门的餐厅也摆放着来自清政府军械库中的武器，作为所谓的战利品。直至1901年6月，临时政府才对此加以控制。
    三城墙及其他军事设施的拆除
    八国联军占领期间，天津直至沿海的军事设施一律被摧毁，天津的城墙也被拆毁。都统衙门是这些行动的主要执行者。
    八国联军占领北京后，提出摧毁华北沿海一带尤其是天津地区的各种军事设施。1901年4月6日，在瓦德西主持下召开的各国联军司令官会议列出了要摧毁的军事设施清单，其中多数位于天津地区（注：刘心显、刘海岩译《1901年美国对华外交档案》，齐鲁书社1983年版，第167-168页。）。在7月的联军司令官会议上，决定由临时政府负责摧毁天津地区的军事设施（注：刘心显、刘海岩译《1901年美国对华外交档案》，齐鲁书社1983年版，第167-168页。）。
    最早拆毁的是天津东、西机器局和西沽武库。19世纪，天津曾是北方规模最大的军火生产基地。建于1867年的西机器局，主要生产枪炮，建于1869年的东机器局主要生产弹药，1873年建成的西沽武库则是大型军火库。1901年1月，德国军队首先摧毁了西沽武库，尽管这时联军司令官会议还没有做出决议。东机器局的机器设备被拆除后，连同储存的弹药，一部分被卖给开平矿务局和外国洋行，其余全部被销毁。该地也成为法国占领军的驻防兵营。虽然西机器局没有被列入要摧毁的军事设施清单，但是在联军占领后，机器局中储存的武器以及机器设备、原料和零件等，被分别卖给外国洋行，有的出口到亚洲以外，机器局也成为日本占领军的兵营。从此天津的军火工业不复存在。
    在海河两岸，从大沽口到天津城，分布着多处炮台，是清政府军事防御的主要设施，自然也成为八国联军摧毁的对象。由临时政府实施拆毁的炮台，除了黑炮台以外，还有中营、大围子、前营和后营等炮台和兵营，此外还有大沽海河口、北塘、新城等处的炮台和兵营等。
    按照列强的要求，天津地区以外的炮台等军事设施要由清政府负责拆除。但是，1901年10月，联军司令官会议又决定将拆除芦台、山海关等处炮台也交由天津临时政府负责。临时政府为拆除这些军事设施投入了17万元。