广州、上海虽同为通商口岸，但在处理与西方国家关系问题上，诸如进城、租地、中外官员会晤方面却有截然不同的政策。就拿外国人“进城”来说，上海的外国人“不问城内外，皆可听其游处，如土著矣”，其它几口也与上海相同，外国人“所至视其城如户闼，独粤城垣门，与夷馆相距仅咫尺间，转不得一入”（注：梁廷枬《夷氛闻记》卷五。）。至于中外官员的会晤机制，广州之外的上海和福州口岸，中外官员不仅会晤频繁，而且会晤地点也大多在当地政府的衙署。两地官员的“夷夏之辨”的观念和排外气氛远不如广州浓烈。上海不到10年的时间就代替广州成为了中西交往的中心。福建办理夷务的大员徐继畬在1848年甚至根据与美国传教士的密切交往完成了《瀛环志略》的撰写。此外，四、五十年代在上海、福州等地发生的重大外交事件，诸如《上海租地章程》的制定、福州神光寺事件的处理，它们的决策过程和解决根本就与五口通商大臣无关；而通商大臣在广州处理外务的政策和原则对其它四口也少有影响。五口通商大臣与通商口岸督抚之间有关外交的来往行文稀少，也已表明二者之间的纵向联系是微弱的。
    正是中国内部外交体制的不一致，甚至是相互抵触，导致西方国家以某一港口的政策来攻击和要挟另一港口的对外政策。耆英外交时代重要人物之一的黄恩彤曾评论：“其尤难者，上海等口开港以来，官民待夷本宽，俱如其意以去，唯粤东因旧制之难改，几致新章之不行。在夷则援各口以为例，而怨粤相待之薄。”（注：《第二次鸦片战争》第一册，上海人民出版社1978年版，第146页。）1850年徐广缙和叶名琛在奏折中也发出了同样的忧虑：“广东向为诸夷麕⑤集之区，而江苏、闽、浙等省，设立夷目，交涉公文，亦为续开通商之地。广东稍有动摇，则各省倍难捍御；倘各省稍涉松动，则广东亦大费支持。”（注：咸丰朝《筹办夷务始末》第一册，中华书局1979年版，第50-51页。）咸丰在即位初也指出了，西方国家在50年代以来舍广州而前往上海等“华夷相恰”的通商口岸与当地的督抚们进行外交谈判，是西方人实施的“反间计”：“至徐广缙、叶名琛连年筹办夷务，一切悉臻周妥。此时该夷忽有反复，欲行反间，未堕其术，亦应多方准备，勿致激怒生变，使有藉口。”（注：咸丰朝《筹办夷务始末》第一册，中华书局1979年版，第24页。）1851年3月15日，苏松太道麟桂就曾建议，为协调各口外交，各通商口岸应皆由广东人来办理，“广东人深悉夷情，素称勇敢，遇事齐心，夷人虽嫉而莫敢如何。即如福建厦门之兴泉永道、浙江宁波之宁绍台道、江苏上海之苏松太道，皆用广东籍贯之员，加以升衔，使之妥办，使五口声气相通，夷人更生畏忌。”（注：咸丰朝《筹办夷务始末》第一册，中华书局1979年版，第127页。）这种企图以统一的广东官吏办理通商事务显然是不现实的：一方面，这种选拔和提升官吏的方法不符合清朝铨选官吏的体制；另一方面，即使得以实行，也难以获得预期的效果，在之后的广东籍的、买办出身的苏松太道吴健彰在上海则执行了一条比前任更加“亲夷”的外交政策。
    何桂清在1859年3月的奏折中，评价了第一次鸦片战争之后中国这种外交体制的弊端：“从前两广总督，名为综理五口通商之钦差大臣，其实只顾广州一口。其余四口督抚咨商广东事件，或置之不复，或于数月之后始行咨复，以至各办各事，钦差大臣竟成虚设。”“自道光年间，英夷犯顺，以致五口通商，一切皆系密奏，甚有同官一处而不知其详者。以致歧途百出，枝节横生，该夷即藉为口实，肇衅要求，实为办理夷务一大弊。”（注：咸丰朝《筹办夷务始末》第四册，中华书局1979年版，第1310页。）
    第二，五口通商大臣体制专业化程度较低。
    韦伯在论述西方近代文明时，把行政“科层化”作为近代官僚政治的重要表征之一。它是指把各种行政事务详细分工，每种事务都由专门机构和专门人员来管理。中国历来官僚制度发达，官阶设置也几乎达到“专业化”，中国的文官选举制度也一度影响过近代西方国家的官制改革。至于中国传统的朝贡外交制度，在明清时代就已达到了几乎完备的水平：礼部主客司、理藩院（清代新设）、鸿胪寺等相关机构设置和包括一系列礼仪、规则的一整套程序，构成了中国与周边国家和地区交往的完整的朝贡体系。鸦片战争后，清政府在保留传统外交体系的同时，在设置对西方国家的最新外交体制时，一些制度构建明显具有“因时”而设和“因地”而设的权宜和临时的特色，对西外交的决策程序、制度和实践远未达到“专业化”、“职业化”的水平。这一制度特点导致了地方大吏、外交大员和钦差大臣三位一体于两广总督。在两广总督的本兼各职中，总督为其本职，处理通商外务为其兼职。总督这一本职在承平时期管辖的范围就已经非常广泛，“掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆”（注：《清史稿》卷116，职官志三。）。在变乱时期，这种管辖范围会更加扩大。地方事务已占去了总督的绝大部分精力，这必然影响处理与西方国家有关事务的效率，甚至会导致外务处理陷于瘫痪。这种弊端在闽浙总督刘韵珂在1847年2月给道光皇帝的奏折中充分体现了出来：“臣自莅闽以来，时深顾虑，幸得……徐继畬熟悉八闽利弊，洞晓各夷情伪……故虽英夷或间有背约要求，或夷商因纳税狡狯，或华夷因语言不通，口角争斗，均可设法，随时了结，相安无事。”但因“徐继畬新承宠命，擢抚粤西，交卸闽藩，自必迎折北上。臣阅伍未毕，旋省尚需时日，设有应议之夷务，接办竟无其人。臣昼夜焦灼，匪言可喻。况浙江、台湾各伍，均尚未阅，试垦水沙连番地，如蒙允准，亦需臣东渡查勘。彼时赴台浙，则恐误夷务，顾夷务，则恐误台浙，臣实有分身乏术，兼顾为难之忌。”（注：《第二次鸦片战争》第一册，上海人民出版社1978年版，第378页。）
    在办理福建“夷务”颇有手段的徐继畬调离福建后，就已经使刘韵珂在处理“夷务”和地方事务之间“分身乏术”了。但闽浙总督处理的外交事务如与五口通商大臣在广州面临的外务相比，其难度和数量不可同日而语。广州作为两次鸦片战争之间中西冲突的风暴中心，主要历经了耆英、徐广缙和叶名琛三任两广总督主政时期。在耆英办理广东“夷务”时期，“耆英把钦差大臣的职务看得比两广总督重要，而徐则与之相反，这种变化与当时国内危机越来越严重相适应”（注：黄宇和《两广总督叶名琛》，中华书局1984年版，第19页。）。耆英曾临时创设过由“委员”办理外交的体制，这应该算作是外交专业化的雏形。不过这种“委员制”由于委员们都由总督手下的大小官员兼任而仅具有“半”专业化的特征。随着耆英在1848年的离任，“委员制”在徐广缙和叶名琛时期虽未消失，但基本上弃而不用。此外，至徐广缙和叶名琛时代，中国进入了国内变乱频仍时期，而两广恰是这种变乱的发源地和中心。在40年代末，广东各地开始爆发零星起义；在50年代后，太平天国又从两广兴起；1854年红巾军围攻广州。两广总督此时已经承担着镇压起义、恢复国内和平的重任。这一局面加重了本已繁重、早已超出负荷的两广总督职位，本职和兼职顾此失彼。在徐广缙任总督时期，就已减少了与外国公使和领事交往的次数。在叶名琛时期，对西方国家递交的照会，“或答数语，或竟不答”，这也许不完全出于叶名琛的傲慢。此一时期，两广总督戎马倥偬，国内战事更加频繁，在叶名琛的本兼各职中，处理地方事务和关系到清朝生死攸关的军事问题这一两广总督的本职任务已挤占了行使通商大臣这一兼职任务。但通商大臣相关的职责又没有其它专门化的机构和人员来代行。到叶名琛时代，设在广州的外交“通商大臣”一职已形同虚设了。这种制度缺陷严重制约了中国和西方关系的正常发展。