在东晋政权偏安江南，北方十六国征杀不已的情况下，南北双方在各自的历史背景下，其乡里组织亦出现了明显的差异，东晋政权继续实行两汉、西晋以来的官方乡里体系，而北方十六国除在个别地区有官方乡里体系的影子，绝大多数的乡里组织已为坞壁所取代。这种影响延及以后南朝、北朝时期的乡里组织体系，南朝宋、齐、梁、陈诸政权因袭了西晋的乡、里、什、伍体系，而北朝则在当时动乱、坞壁丛生、“宗主督护”制盛行的基础上试图重新恢复官方对乡村社会的统治，这种努力的结果便是北魏三长制的推行。应该说，东晋南朝的乡里体系与北朝的三长制乡村管理组织是形态、内容迥异的两套乡村组织。值得注意的是：无论在南朝还是北朝，作为乡村民众聚居地的“村”，逐渐具有了乡村组织的职能，特别是在南朝，这种情况更为明显，这是南北朝乡村组织差异之中一个较为相同的地方。
    一、承袭西晋的东晋南朝乡村组织系统
    《晋书·职官志》载曰：
    县五百以上皆置乡，三千以上置二乡，五千以上置三乡，万以上置四乡，乡置啬夫一人。乡户不满千以下，置治书史一人；千以上置史、佐一人，正一人；五千五百以上，置史一人，佐二人。县率百户置里吏一人，其土广人稀，所随宜置里吏，限不得减五十户。
    东晋时期，大批北方汉人涌入南方，刚刚在江南喘息未定的东晋统治者是不可能及时有效地恢复、建立一套严整的乡里组织体系的。对于此时情况，有些记载作了反映：
    自中原丧乱，民离本域，江左造创，豪强并兼，或客寓流离，民籍不立。（《世说新语·政事篇》注引檀道鸾《续晋阳秋》）
    时晋纲宽弛，威禁不行，豪族盛右，负势凌纵，小民穷蹙，自立无所。（《宋书·刘穆之传》）
    晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。（《宋书·武帝纪》）
    晋元帝过江，……时百姓遭难，流移止境，流民多庇大姓以为客，元帝太兴四年，诏以流民失籍，使条名上有司，为给客制度，而江北荒残，不可检实。（《南齐书·州郡志》）
    基于上述情况，因此我们看到的东晋包括其后的南朝诸代，一个颇引人注意的现象便是统治者的屡次土断、括户及检籍，关于此时土断、括户、检籍的情况，先贤多有论及，此不赘述。
    本来行土断、括户、检籍之事，应有一套完整的乡里组织系统作为基础，而在史籍中，对于东晋时之乡里组织却缺乏记载，我们可以参照的只是《晋书·职官志》中所记载的乡里组织系统，其他记载此时乡里组织特别是乡级政权、乡吏情况的只有零星几例：东晋末，谢方明为南郡相，所辖江陵县犯人不论罪行轻重，年终“悉散听归家，使过正三日还到”，至期有重罪二人未还，其中一人因酒醉迟还二日，余一囚十日不还，“乡村责让之，率领将送，随竟无逃亡者。”[1]东晋末，武陵人龚祈为“乡党举为州迎西曹，不行。”[2]东晋时，隐士翟汤“悉推仆使委之乡吏”。[2]等等。由上述几例可见，东晋时确实有乡吏的存在，但在大多数地区，“流民多庇大姓以为客”，恐怕乡级组织不会那么普遍及严整。对此，周一良先生批评道：“晋时乡党组织本不严密，渡江后当已破坏无余。朝廷为侨人计，不加整顿，以求恢复。其后虽屡行土断，而不先从建立基本之乡党制度入手，欲土断之普遍彻底，庸可得乎？”[3]而日本学者宫川尚志先生则干脆否认东晋南朝乡级政权的存在，他以《晋书·刘超传》所载作为根据：“寻出补句容令，推诚于物，为百姓所怀。常年赋税，主者常自四出，结评百姓家赀。至超但作大函，村别付之，使各自书家产，投函中，讫送还县。百姓依实投上，课输所入，有逾常年”。这是村中户主各自向县里申告家赀的记载，另外宫川先生还以《法苑珠林》记载刘宋阮稚宗元嘉十六年随钟离太守阮巡视诸村之事说明郡太守带属吏直接巡村，因而他认为“六朝时代的村是由县直接管辖”；《晋书·职官志》“虽然其中有斟酌户数置乡的意图，但实际上是一个十分不适时的规定，而且里不属于乡。”[4]对于二位先生的认识，笔者认为周一良先生的批评较为中肯，反映了当时的大致情况，不过，如果说东晋时是“不加整顿，以求恢复”，则似乎有一笔抹杀之嫌，《世说新语》注引《续晋阳秋》在指出当时百姓“名籍不立”之后又说：“太元中，外御强氐，搜简民实，三吴颇加澄检，正其里伍。其中时有山湖遁逸，往来都邑者。”虽然没有明确提及乡级政权情况，但“正其里伍”已说明太元年间东晋政权是有整顿里伍组织意图的，但可惜此时的整顿效果并不十分理想。另外前述东晋时有些地区确实也有乡吏的活动，可见乡里政权在某些地方还是存在的。而宫川先生否认此时乡级政权存在则似乎不十分确当，而且他引用的两条材料也不足以说明整个东晋时期的情况，至于宫川先生所言晋之“斟酌户数置乡的意图，”是“一个十分不适时的规定”则令人费解，难道此时没有设乡的必要吗？至于说“里不属于乡”则显然不确，葛洪《抱朴子·微旨篇》说“天下有生地，一郡有生地，一县有生地，一乡有生地，一里有生地，一宅有生地，一房有生地”。县、乡、里系统明白可见。
    东晋以后，乡里组织的情况在沈约《宋书·百官志》中有较为明晰的记载：
    五家为伍，伍长主之；二伍为什，什长主之；十什为里，里魁主之；十里为亭，亭长主之；十亭为乡，乡有乡佐、三老、有秩、啬夫、游徼各一人。乡佐、有秩主赋税，三老主教化，啬夫主争讼，游徼主奸非。