汤寿潜倡议设立临时会议机关，筹建临时政府的目的主要有三。第一，为了统一内外政策，结束独立各省的纷乱局面。这已在前引电文中说得很清楚。在致云南及各省电中，他又说：“海内苦专制久矣，自武汉义旗一麾，不一月全国响应，应天顺民，具有明证。侧闻各省之主旨，多以后此政体，专采共和，一洗苟且补苴之陋。”但今独立各省“虽同激于义愤，而起事各不相谋，容或多立名目，头绪纷繁，此一都督，彼一司令。今虽势力较厚，后则观听将淆。为久远计，不能不虑。”（注：《汤寿潜等致滇省及各省函》，《史料专辑》，第595页。）所以必须组织统一政府。如果说这类公开电文不免有些冠冕堂皇的话，那么他给他人的私人信件当是他真实思想的表白。11月13日，即他与程德全联电发出的第3天，他在给袁世凯的信中说：“东南人士，咸以政体不可不立，外交不可无主，谓宜亟设共和政府，以收统一之效。”（注：汤寿潜：《致袁世凯函》，《史料专辑》，第709—710页。）稍后，他在给黎元洪的信中也表露出对“省自为制，纷絮错乱”（注：汤寿潜：《致黎元洪》，《史料专辑》，第693页。）局面的忧虑，表示应急速成立中央政府，统一内外政策。第二，为了统一军事行动，彻底推翻清政府，肃清封建势力。汤寿潜在给一位故友的信中说：“援鄂伐燕，俱不容缓。但得临时政府早日成立，庶可望谋定后战，以靖余孽耳！”（注：汤寿潜：《复绍兴议事会金腾》，《史料专辑》，第696页。）第三，为了避免列强的干涉、瓜分。汤寿潜担心革命由于帝国主义的干涉而遭致像太平天国那样的失败，更担心帝国主义乘此旧政府将倾、新政府未立之际瓜分中国，当时也确实存在这种危险。他认为避免列强干涉、瓜分的根本方法就是迅速成立共和政府，并设法使列强承认，而要求外人承认，就必须统一外交政策，维护社会秩序，保护外人生命财产安全。11月17日，他在致友人的信中说：“惟是新国初造，来日大难，东西强邻，眈眈虎视”，“必先保治安，始可不生交涉。”（注：《汤寿潜史料专辑》，第695页。）在另一封信中他又说：“今旧者推翻，新未承认，吾曹遂为无国之民，……临时政府能早承认，则无国亦有国，否则，千万进行皆水泡。”（注：汤寿潜：《致子川》，《史料专辑），第688页。）
    从上述情况看，说汤寿潜倡议设立临时会议机关是为了操纵临时政府的筹建权是有失公允的。
    总统人选和建都地点是组建中央政府最为重要的两个问题。学术界认为，汤寿潜是主张举黄（兴）的（注：金冲及等《辛亥革命史稿》第3册第488页及章开沅等《辛亥革命史》下册第292页均持此说。），在建都地点上他主张都鄂，反对都宁。（注：刘坚等：《首任浙江都督汤寿潜》，《杭州师范学院学报》1989年第1期。）这并不符合事实。关于中央政府首脑人选，汤寿潜经历了举黎（元洪）到举孙（中山）的转变，反对举黄；在建都地点上，他又经历了由都鄂到都宁的变化。
    如前所述，汤寿潜在11月11日的通电中主张在沪召集临时会议机关，但他并没有提临时政府设于何处，且当他得悉武昌方面黎元洪已于11月9日发出通电，要求独立各省派全权委员赴鄂组织临时政府后，即改变了原来的设想，主张亲赴武昌组织中央政府。11月16日，汤寿潜召集参议员、各部目、敢死团长等特开临时会，并在会上“倡议亲赴武昌，会合各省筹联邦政府之组织，以定国基”，后经全体商议改派张元济赴鄂。（注：《中报》1911年11月20日。）所以，他迟迟不派代表参加原由他发起的各省都督府代表联合会。直到11月20日代表联合会议决承认武昌为民国中央军政府，以鄂军都督执行中央政务后，他才派汤尔和等作为浙江代表出席联合会。（注：刘星楠：《辛亥各省代表会议日志》，《辛亥革命回忆录》第6册，第242页。）反映了他的建都地点和中央政府首脑人选意向。
    11月20日，黎元洪通电各省，建议“先由各省电举各部政务长，择其得多数票者，聘请来鄂，以政府成立照会各国领事，转各国公使各请本国承认，庶国基可以初定”，并拟定了临时政府暂分内务、外交、教育、财政、交通、军政、司法7部的组织机构方案，提出除外交首长推伍廷芳外，“财政首长敝省拟举张謇。”（注：《黎副总统政书》卷一，第6页）汤寿潜复电对此表示赞同，并电举了各部首长，除外交推伍廷芳外，“内务程德全、教育章炳麟、财政张謇、交通詹天佑、军政黄兴、司法汪兆铭。”（注：《申报》1911年12月1日。）从这一复电可以看出：（一）当时汤寿潜是主张都鄂的，这与各省都督府代表联合会议决的以“武昌为民国中央军政府”一致。（二）汤寿潜在电文中虽没有明确提出临时政府总统人选，但黎元洪当时是以中央政府首脑的姿态电告各省的，汤寿潜既赞同黎电主张，并推举了各部首长，其总统人选意向是明确的。这也与各省代表联合会议决的“以鄂军都督执行中央政务”相吻合。（三）在汤电所举的各部长人选中，除外交、财政属附和鄂方建议外，其它内务、教育、交通、军政、司法五部中至少有3个部的人选是革命党人，看不出有使立宪派人控制中央政府权力的企图。
    南京光复后，汤寿潜的建都地点主张发生了变化。南京光复的次日，即12月3日，他即与程德全、陈其美、赵凤昌及留沪各省代表决以南京为临时政府所在地，12月5日的《申报》、《时报》也说汤寿潜赞成都宁。（注：转见毛注青：《黄兴年谱长编》，中华书局1991年版，第243页注②。）以前对汤寿潜等的这一都宁决议曾有指责，认为是背着赴鄂代表和鄂军政的一幕“滑稽戏”（注：刘星楠：《辛亥各省代表会议日志》，《辛亥革命回忆录》第6册，第242页。），似乎又有企图控制临时政府筹建权之嫌。其实这一决定适应了客观形势的变化。武昌是首义之区，革命党人云集之地，且起义爆发后一度成为全国革命政治军事中心，本是理想的建都之地点，但11月27日汉阳陷落后，武昌一直处于严重的军事威胁之下，显然已不宜再作都城。南京为六朝古都，东南第一重镇，南京光复，东南底定，自然成为最适当的建都处所。事实上，就在汤等与留沪代表作出都宁决议的当天，赴鄂各省代表也作出了“临时政府设南京，各省代表开临时大总统选举会于南京”的决议。这种不谋而合，只能说是“英雄所见略同”。
    12月4日，程德全、陈其美又与留沪代表选举黄兴为暂定大元帅，黎元洪为副元帅。次日复议决，以大元帅主持临时政府。学术界有认为汤寿潜是这一行动的策动者之一（注：金冲及、胡绳武：《辛亥革命史稿》第三卷，上海人民版1991年版，第490页。），并据此得出汤主张举黄的结论，这不符合历史事实。如前所述，汤寿潜鉴于武昌的军事压力确实同意以南京为临时政府所在地，但他并不同意由留沪代表选举大元帅，更不同意举黄。所以，在12月4日的会上他先是反对选举，继则拂袖而回杭州。12月10日，他在给武昌军政府临时代表何海鸣的信中解释道：“若沪会之举，合席惟闽代表林（即林长民，引者注）与弟反对，因托快车，不终议先散，盖恐负黎，且自负去鄂之代表，期期以为不可，第少数无如何耳。”（注：汤寿潜：《复何海鸣》，《史料专辑》，第702页。）同日，他在给浙江赴鄂代表陈时夏、汤尔和等的信中也说当时他反对举黄，但江苏、上海的代表“全持之尤力”，他“乃拂袖不终议先散”。（注：汤寿潜：《去组织临时政府代表函》，《史料专辑》，第694页。）章太炎在其自订年谱中也说12月4日沪会讨论大元帅人选时，“诸代表未有言，蛰仙称浙江有事，遂引去。”（注：《近代史资料》，1957年第1期，第124页。蔡元培在20多年后写的回忆录《辛亥那一年》中说汤当时主张举黄，显然有误。蔡的回忆录见《辛亥革命浙江史料续集》，第426页。）
    汤寿潜为什么反对由留沪代表选举正副元帅，反对举黄？其中缘由是：（一）汤寿潜认为，既然各省代表联合会早已议决认武昌为中央军政府，以鄂军都督执行中央政务，那么再举黄兴为大元帅，则“与推黎之宗旨顿悖”（注：汤寿潜：《去组织临时政府代表函》，《史料专辑》，第694页。）“盖恐负黎”，将失信于黎，失信于民。（二）汤寿潜又认为，既有前约，以赴鄂之各省代表议组临时政府事，留沪的各省代表只作为联络通信机关，为鄂会后援，那么由留沪代表选举正副元帅，虽情有可原，即为“急求统一起见”，但“终似不正当之行为”（注：汤寿潜：《致黎元洪》，《史料专辑》，第713页。）“且自负去鄂之代表”。（三）汤寿潜还认为，作为首义之区的黎元洪督师武汉，抗击清军，苦支危局，使东南各省得以“暂安枕席”，其功业“于廿世纪亚洲光复史中首屈一指”（注：汤寿潜：《致黎都督》，《史料专辑》，第693页。），而且事实上已在起着执行中央政务的作用，自然是比较合适的大元帅人选。