但如果较之于现代区域经济，孙中山的区域经济还存在着缺陷。现代区域经济，实质是一种生产结构型经济组织形式。经济活动所具有的较强的资源依赖性，决定了经济区域注重的是资源、行业的合理配置和调控，决定了它应该有主导产业、相关产业及辅助产业的协调发展。现代产业的显著标志，即是这种产业结构、部门的合理化。概而言之，经济活动的客观、自然联系与区域经济的制定、运作紧密相联。相反，《实业计划》注重的只是主导产业的发展，忽视了相关及辅助产业的同步发展。孙中山把矿业作为主导产业时，虽然提到矿业机械制造业，不过在主观上并没有把它作为矿业的相关产业，而是从纯商业利益角度考虑的。他认为，矿业日益发达，机械需要越多，“制造矿业器具机械之利益，已无可限量”〔8〕。他把冶金作为主导产业时，对选矿、 炼焦及化工业都缺乏必要的认识。产业结构失衡（只注重主导产业），势必造成重复投资（只投资于主导产业）所带来的生产结构的畸形发育和人力、财力、物力的浪费，难以形成以主导产业为核心的产业群，导致经济的低度发展和后劲不足，使产业自身丧失再生机能，不可能形成产业发展的良性循环，故而，区域的整体优势也就根本不可能充分发挥出来。与之相应，区域间的交流与合作，也就不可能形成产业群之间的多层面的密集交叉，而仅局限于主导产业之间单一层面的沟通，实质上，这就把区域间的合作人为地限制在最低程度，以至于不利于经济发展的长远战略。
    孙中山区域经济思想留给后人的最大遗产是：制定经济发展规划，不能仅在一定程度上，而且应该纯然以经济活动的客观、自然联系为准绳，换言之，应该注重产业结构的合理配置。经济决策与实践决不能疏忽这一点。但勿庸置疑，孙中山的区域经济思想毕竟揭示出，发展区域经济是中国现代化的出路。70年后，经过专家学者的充分讨论，中国的高层领导决定将区域经济作为“国家社会经济组织与规划的一个层次”付诸实施。为此，制定了区域经济规划的总方针和重点，并且“以经济的自然联系与资源区位优势互补”为尺度，将中国划分为七个经济区：一是以上海浦东为龙头的长江沿岸地区；二是珠江三角洲地区；三是环渤海地区，包括北京、天津、河北、山东、辽宁；四是西南和华南部分省区；五是西北地区；六是中原地区；七是东北地区〔9〕。 从中可以鲜明地折射出，孙中山区域经济思想的科学性和前瞻性。
    二
    孙中山经济现代化发展战略的又一个显著特点是全国“一体化”〔10〕的均衡发展观。
    从发展经济学的角度来看，近代中国是典型的“二元”经济结构：传统与现代经济因素同时并存，主要表现为：近代性的工业部门与传统的手工业并存；超自然性“繁荣”的城市与衰败的乡村并存；经济较发达地区与落后地区并存。其中，如何消除地区间日益增长的经济差距，实现全国经济的同步发展，是近代以来一直拟以解决而又未能解决的一个重要课题。
    追求高回报、高效益是投资的一个永恒的规则，也是经济发展的自然法则。落后地区的相对恶劣投资环境，难以吸纳资金，不可能引发随之而来的经济增长，以致于较发达地区与落后地区之间的差距不仅未能弥合，反而不断拉大。在控制理论中，这一富者益富、贫者益贫的现象被称为“马太效应”。更为复杂的是，落后地区又是少数民族的聚集地，民族关系举足轻重，关涉国家的长治久安。因此，在逻辑推断上，就很自然得出这样的结论：以必要的政策干预为手段，加快落后地区的发展，实现全国各地经济的平衡发展，才是寻求改变贫富悬殊、消除民族隔阂的唯一途径。我们称此为均衡发展观。
    在孙中山的区域经济思想中，无论是规模宏大的交通网，还是地缘性的产业政策，都内在地包含和渗透着大规模开发落后地区、消除贫富地区差距的均衡发展观。落后地区经济上的贫困并不等于自然资源的匮乏，它恰恰是矿产蕴藏的集中带。为了与其所制定的优先发展重工业的产业政策相配套，在孙中山的规划中也就必然加大落后地区的投资力度；他在谈到北方大港的建设时，十分强调对内地省份、贫困省份直隶、山西及黄河流域、西北、蒙古的开发〔11〕；在谈到铁路建设时，十分强调西南铁路系统“非特为发展广州所必要，抑亦于西南各省全部之繁荣为最有用者也”〔12〕。在论及西北铁路系统对蒙古、新疆开发的重要性时，特别指出“此两铁路系统，于中国人民为最必要”〔13〕。与此相关，孙中山还借鉴美国、加拿大、澳洲、阿根廷等国的经验，提出向蒙古、新疆等地移民，以此安置军队裁员，“消纳长江及沿海充盈之人口”〔14〕，同时又可以使移民成为“筑港、建路及开发长城以外沿线地方之先驱者”〔15〕。