万斯同（1638-1702）字季野，浙江鄞县人，是清代最著名的史学家之一，出于黄宗羲门下。他博通诸史，尤熟明代掌故。推崇私家修史，而反对唐以后史书设局分修的制度。认为官修史书常常仓猝之间成于众人之手，彼此各执己见，分割操裂，是非难分，贤奸混淆。因此，万斯同至京后，“不置衔，不受俸”（注：陈康祺：《万季野父子之狷介》，《郎潜记闻初笔》卷十二。），以布衣身份住进徐氏兄弟的碧山堂宾馆。一方面以此来表明他的遗民身份，另一方面也是为了标榜他的私家修史主张。万斯同的史学才能很受徐氏兄弟的推重，并获得纂修官们的钦敬，虽“不居纂修之名”，而“隐操总裁之柄”（注：黄云眉：《明史编纂考略》，《史学杂稿订存》，齐鲁书社1980年新一版，第125页。）。关于他在幕府修史的情况，全祖望有生动的记述：
    康熙戊午，诏征博学鸿儒，浙江巡道许鸿勳以先生荐，力辞得免。明年，开局修《明史》，崐山徐学士元文延先生往，时史局中征士许以七品俸，称翰林院纂修官，学士欲援其例以授之，先生请以布衣参史局，不署衔，不受俸，总裁许之。诸纂修官以稿至，皆送先生覆审，先生阅毕谓侍者曰：取某书某卷某页有某事，当补人；取某书某卷某页有某事，当参校。侍者如言而至，无爽者。《明史稿》五百卷皆先生手定，虽其后不尽仍先生之旧，而要其底本，足以自为一书者也。（注：全祖望：《万贞文先生传》，《鲒埼亭集》卷二十八。）
    就在万斯同入徐氏兄弟幕府的次年，即康熙十九年（1680），著名的《古文尚书疏证》的作者阎若璩（1636-1704）也应邀来到徐乾学幕府。当时，阎若璩因应上年的博学鸿儒科不第，正滞留京师。在一次与翰林院编修汪琬关于丧礼的辩论中，引起徐乾学的注意，遂被邀至邸第，“延为上客，每诗文成，必属裁定”（注：张穆：《阎潜丘先生年谱》，康熙十九年。）。但大约一年后，阎若璩离开徐幕，客游福建。
    康熙二十二年（1683），阎若璩复应徐乾学之邀至京师。此时，另一位考据学大家--《易图明辨》的作者胡渭（1633-1714）已于上年入徐幕。阎、胡二人第一次在徐乾学幕府会面。在这之前，胡渭馆于大学士冯溥邸第长达五年余，直到冯病卒。（注：夏定域：《德清胡明先生年谱》，康熙十六年至康熙二十一年。）康熙二十三年（1684），著名地理学家黄仪（1636-?）也来到徐乾学幕府。（注：夏定域：《黄仪传略》，《文教资料》1995年第2期。）
    清廷开明史馆的政治意图，主要是拉拢有遗民思想的学人，这一招果然奏效，因为“许多学者，对于故国文献十分爱恋。他们别的事不肯和满洲人合作，这件事到底不是私众之力所能办到”（注：梁启超：《中国近三百年学术史》，上海中华书局1936年版，第16页。）。因此，到康熙二十六年（1687）的时候，刘献庭、王源以及黄宗羲之子黄百家等均来到京师，以徐乾学幕宾身份参与修史工作。（注：李：《王子传》，《怒谷后集》卷六；黄百家：《万季野先生斯同墓志铭》，《碑传集》卷一三一。）当时，徐乾学除了担任明史馆总裁外，还兼任大清一统志馆总裁。阎若璩、胡渭、黄仪、刘献庭等又参与了《大清一统志》的编纂。顾祖禹（1631-1692）在两次拒绝徐乾学的延聘之后，也大约在此时接受邀请，参纂《大清一统志》。（注：夏定域：《顾祖禹年谱》，康熙二十六年。）这样，除了清初诸大师外，当时大多数有名的学者，都聚集到了徐乾学幕府。
    刘献庭（1648-1695）字继庄，号广阳子，直隶大兴人。年十九，亲殁，挈家而南，隐于吴。“继庄之学，主于经世，自象纬、律历以及边塞、关要、财赋、军器之属，旁而岐黄者流，以及释道之言，无不留心，深恶雕虫之技”（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。），是一位知识非常广博而又具有强烈经世精神的著名学者。万斯同“于书无所不读，乃最心折于继庄，引参明史馆事”（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。）。两人在修史过程中，配合得很默契。全祖望说：
    余尝闻之，万先生与继庄共在徐尚书邸中，万先生终朝危坐观书，或瞑目静坐，而继庄好游，每日必出，或兼旬不返，归而以其所历告之万先生，万先生亦以其所读书证之，语毕复出。故都下求见此二人者，得侍万先生为多，而继庄以游，罕所接。（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。）可见，万斯同与刘献庭作了分工，一人出游考查，一人静坐观书，然后以所得互相印证。
    除延聘学者参修《明史》及《大清一统志》外，徐乾学又组织大批学者编修《通志堂经解》。该书卷帙浩繁，汇集了宋元理学家的经学著作。徐氏幕宾顾湄、张云章等为主要校订者。（注：《顾湄》，《国朝耆献类征初编》卷四一七；《张云章》，《国朝耆献类征初编》卷四三二。）徐乾学还请万斯同、阎若璩、胡渭等，排比正史，参考诸书，编纂《资治通鉴后编》。（注：《四库全书总目提要·史部编年类》。）
    康熙二十八年（1689）冬，徐乾学因其一子行为不端，并曾诈取进士功名，为副都御史许三礼所劾。徐上章乞假南归，获得批准，但仍奉旨携书局即家编修。京师时期的徐乾学幕府遂告结束。