总署反对修筑铁路的理由主要有以下几点：第一是中国与外国情况有所不同，“倘任其安设飞线……开设铁路，洋人可任便往来，较之尽东其亩，于大局更有关系”，（注：宓汝成：《中国近代铁路史资料》第1册19页。）害怕洋人进入中国太深，以致多生枝节，制造隐患； 第二是铁路会使中国险阻尽失；第三是有害民间田地、庐舍，尤其有碍风水；第四是妨碍民间生计，势必会引起纷争。
    其实，抛开总署的书面理由而探索深层的客观原因的话，会发现他们拒绝铁路是其来有自的。我们不应忘记这样一个事实，此一时期国人对铁路所知极为有限，即便是亲身乘坐过火车的官员们尚不能通晓其功用，又何况对铁路连感性知识都没有多少的朝廷大员呢？所以这只是情急之余的借口。不仅在朝中的重臣对铁路所知甚少，各地方大员糊涂观念也不少，最明显的如左宗棠认为：“轮车机器、造铁机器，皆从造船机器生出，如能造船，则由此推广制作，无所不可”。（注：左宗棠奏，《洋务运动》（一），18页。）铁路究竟是怎么回事都不清楚，何谈见识？连李鸿章也认为铁路“有大利于彼，有大害于我”。（注：《筹办夷务始末》（同治朝）卷55，13页。）在这样的一个知识背景下，不可能进一步探询铁路问题。
    另外一个重要原因是出于对洋人的疑虑，这种心理情结导致了对铁路的猜忌，“铜线铁路……皆其处心积虑，志在必遂者，平日屡次饶舌，均经坚持定议，再四折辩，未肯稍涉依违”。（注：《筹办夷务始末》（同治朝）卷50，25-27页。）在地方大员的覆奏中，也充斥着对洋人的怀疑，正与总署意见互为表里。铁路要么是“彼族故神其说，以冀耸听，尚非其最要之务”；（注：崇厚奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷41，27页。）要么“其显而易见者，则垄断牟利也，其隐而难窥者，则包藏祸心也”；（注：官文奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷41，42页。）或者是“益令彼之声息易通，我之隘阻尽失”，（注：刘坤一奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷41，44页。）或者是“轮车铁路者，是欲广通其路于中国也，以中国之中，而皆有该夷之兵，皆有该夷之民，皆为该夷任意往来之路”。（注：马新贻奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷45，46页。）总之，“洋人可任便往来”实是可堪忧虑，且其心内必有所图，将大不利于中国。
    还有一个令总署反对修建铁路的原因，即各省将军督抚的态度。封疆大吏们在覆奏总署时纷纷表示铁路决不可行。首先是铁路需费太大，对中国来说是“徒事虚糜”。持此观点的是李鸿章、毛鸿宾。其次是扰民生计，容易诱发社会变乱。这种意见以曾国藩最具代表性。他说：“创办电线铁路，则车驴任挚旅店脚夫之生路穷矣”，万一“中国亿万小民穷极思变，与彼为仇，”（注：曾国藩奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷54，1-4页。）实在是不堪设想之局面。丁宝桢说：“此事为害过大，使我之国计民生日耗日削于冥冥之中，不堪设想。”（注：丁宝祯奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷52，27页。）刘坤一也认为：“是专吾利以毒吾民，而虑民之群起为难”。（注：刘坤一奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷54，13页。）第三是与民为难，官府不能为之防护。李鸿章说：“百姓必群起抗争拆毁，官不能治其罪。亦不能责令赔偿，致激民变”。（注：李鸿章奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷55，13页。）虽然总署说明洋人曾表示自能派人看守，然而沈葆桢驳道：“彼虽曰自能派人看守防御，设其人为百姓所戕，彼能晏然不问乎？设我百姓为其人所戕，我能晏然不问乎？万事皆可从权，民心必不可失”。（注：沈葆桢奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷53，5页。 ）第四是国家刚从社会动乱中稳定下来，中国此时“寇氛未尽肃清，军务省分，险隘未尽解严”，（注：崇厚奏，《筹办夷务始末》（同治朝）卷54，19页。）且“内地股匪未靖，伏莽滋多，遇此等惊世骇俗之举，乘机煽动，作梗生端，即外国人之在中国者，亦断不能平安无事”。（注：宓汝成：《中国近代铁路史资料》第1册20页。）
    光绪二年十二月（1877年1月）， 福建巡抚丁日昌上奏请办台湾铁路，总理衙门的意见是：“举办轮路为经理全台一大关键，尤属目前当务之急。并请饬下丁日昌，审度地势，妥速筹策，务当力为其难，俾安内攘外，均有裨益”。（注：丁日昌奏，《洋务运动》（二），346 页。）光绪五年（1879），奕又奏称：“电线铁路各事……应由该督等随时酌度情形，奏明办理”。 （注：《洋务运动》（一）， 203页。）这种态度与前面相比，实在令人诧异。 为什么会有这种变化呢？
    十九世纪七十年代中期以后，铁路已为更多的国人所了解，并且认识亦深化。不仅因为中外往来日多，风气日开，更多官员亲自见识了火车铁路，而且当时传入中国的相关知识也更为确切、真实。在传教士和一般西人所办的刊物中，频频出现介绍铁路的文字，且已非简短描述，而是详尽介绍其工程及样式，如《万国公报》、《格致汇编》、《中西闻见录》等刊物中所载。如此，则对朝中大臣了解铁路亦有一定帮助。
    再者是朝中已有人敢于提出修建铁路的意见，而且奕亦表示赞同，此人便是李鸿章。同治十三年（1874）的海防议中，他提出“倘如西国办法……有内地火车铁路，屯兵于旁，闻警驰援，可以一日千数百里，则统帅当不至于误事”。（注：《李文忠公全书》，奏稿卷24，22-23页。）是年冬李鸿章见奕，“极陈铁路利益”，奕“意以为然”。（注：《李文忠公全书》，朋僚函稿卷17，12-13页。）只不过他不愿再成为众矢之的，因而只是暗中采取一些松动策略。这一点在吴淞铁路事件中已经有所流露。光绪二年（1876）三月，总署在奏片中称：“中国于此事无论害多利少，窒碍难行，即欲仿照西法办理，亦当权由自主……如中国将来以铁路为有益，仍听中国自主。”（注：《清季外交史料》卷5，19-20页。 ）吴淞铁路的交涉更多涉及政治意味，尤其是买回铁路后，拆毁铁路更含有一种维护道统和意气用事的意思。（注：柯文说：“在另外一些情况下，中国人反对西方影响带来的革新……由于种种原因在政治上是无法接受的……沈葆桢在1876-1877年收购并拆除外国建造的吴淞铁路一事。这一种行动表面似乎是由于反对西方技术的保守情绪所引起，但最近的研究沈氏的真正动机带有更多的爱国色彩……对他说来，吴淞铁路的问题在于这条铁路是由外国商人未经中国授权制造的”。柯文：《在中国发现历史--中国中心观在美国的兴起》，26-27页。认为沈葆桢意气用事见李国祁：《中国早期的铁路经营》44页。）