龚自珍认为即使疆悬远难守，也不宜放弃，他说：
    然而用帑数千万，不可谓费；然而积两朝西顾之焦劳，军书百尺，不可谓劳；八旗子弟，绿旗疏贱，感遇而捐躯，不可谓折。然而微夫天章圣训之示不得已，浅见愚儒，下里鄙生，几几以耗中事边，疑上之智；翦人之国，灭人之嗣，赤地千里，疑上之仁。否否。有天下之道，则贵乎因之而已矣。假如鄙儒言，劳者不可复息，费者不可复史收，灭者不可复续，绝者不可复苏，则亦莫如以因之以为功，况乎断非如鄙儒言。因功而加续之，所凭者益厚，所籍者益大，所加者益密。〔22〕自珍反对“弃地，或退保九边”，甚至对“羁縻”、“控制”等“安边之略”也不满意。他主张因乾隆之功，进一步“疆其土，子其民”。〔23〕他相信只要在新疆建立完整的管政体系，开垦屯田，改善吏治，绥辑得宜，过去、目前的劳费在将来肯定会换回无穷的利益。关于这点，他的看法跟当时的魏源、沈垚和后来的左宗棠是一致的。 〔24〕
    3.鼓吹移民垦屯
    乾隆平定准、回后，除令原先驻防的满洲、绿营官兵开垦屯田，更陆续由内地增调屯田兵，同时徙民到哈密、乌鲁木齐、伊犁等处；嘉庆间松筠在伊犁将军任内，也令驻防旗兵引水辟田。但规模都不大，而且意在嘉惠八旗兵，〔25〕对于舒缓内地对新疆的供给没有多大帮助。自珍提出的移民开发新疆计划，规模宏大得多。他拟订了一个七年移民计划，建议委任大臣负责有关边政，先期在新疆移垦区开辟道路，兴修水利。移徙对象分为强迫性和鼓励性两类。鼓励移徙的对象为：
    一、京师游食非土著之民；
    二、直隶、山东、河南、陕西、甘肃之民；
    三、山西愿徙之土著；
    四、江南省凤、颖、淮、徐之民，及山西大同、朔平性情强武、敢于行路之民。
    强迫移徙的对象为：
    一、江西、福建种芋草之奸民；
    二、各省生齿日繁之旗人，大省、小省各按配额遣行若干丁。 〔26〕
    凡移徙丁、户，官给盘费，旗人加厚；经安插后，再给蒙古帐房一间及牛、犁、种籽。〔27〕至于垦地分配，自珍在嘉庆二十五年写《西域置行省议》时，主张大户、中户、下户各有定额，“不得自占”。〔28〕但在道光九年撰写的《御试安边绥远疏》中，他却主张“许上农自占地，以万人耕者授万夫长，以千人耕者授千夫长，回人之贫者役之为佃。”〔29〕我们不能根据这种表面上的矛盾说自珍立论疏漏，或前后不符。他在嘉庆二十一年写《平均篇》时，认为“浮不足之数相去愈远，则亡愈速，去稍近，治亦稍速”，〔30〕因而主张限田。到了道光三年他写作《农宗》的时候，又反对限田，主张有其力者有其地。〔31〕把《西域置行省议》、《御试安边绥远疏》和《平均篇》、《农宗》两组文字互相参照，可以发现自珍在道光以前，基本上主张限田，但取晚从道光三年起，他开始否定前说，反对限田。前后立说虽异，自珍本人也明白，但他特别申明要两说并存，这是因为他的“均田”主张意在解决一般农民的生计，而反对限田主张则另寓有以宗权抑制君权的政治目的。〔32〕即以移民实边一事来说，自珍在《御试安边绥远疏》中主张上农多占地，役贫穷回人为佃，其意在“夺伯克之权”，“转其信服伯克之心”，〔33〕是一种加强对新疆管治的策略。
    自珍提出移民开垦计划，高瞻远瞩，兼具政治和经济作用。从政治角度来看，移民可以增加中国在新疆的基层力量，为建省建立基础。从经济角度来看，效益更为显著，不单可以释除内地供给新疆的压力，还可以舒缓内地人口急剧膨胀的压力，〔34〕及解决“生齿日繁”而不事生产的旗丁〔35〕和“不士、不农、不工、不商”，“不肯治一寸之丝、一粒之饭以益人”的浮民问题。〔36〕
    4.所拟新疆政区组织特点
    乾隆平定准、回后，只在乌鲁木齐、巴里坤、吐鲁番等处设置州、县，在行政上受甘肃节制。其余天山南北各地，则实行军事管治，设总统伊犁将军，驻伊犁，负责新疆南北路军政事务，其下设参赞大臣赞理军务，设办事、领队大臣分驻各城。民政细务的管理，仍沿旧制，南路回部由各级伯克负责，北路由札萨克负责。〔37〕这个安排，至少造成两个难题：一、要维持庞大的驻军，加重了内地，尤其是甘肃省的负担；二、以军统政，吏治难以兴办，吏治腐败，容易引起变乱。〔38〕这样新辟的疆土不但无利，反而有害。有鉴于此，自嘉、道以还，不少有识之士如龚自珍、魏源、左宗棠、刘锦棠等都建议在新疆设省。光绪十年（1884），朝廷终于正式宣布成立新疆省。命刘锦棠（1812-1885）为首任巡抚，魏光焘（1844-1894）为首任布政使。新疆设省初期，地方行政建置还未完备，要到光绪末年，才有一定的规模。〔39〕
    追本溯源，龚自珍不单是清朝第一个建议在新疆建省的人，也是第一个提出具体新疆省行政建置方案的人。把龚自珍提出的方案（附表一）〔40〕跟乾隆年间管治新疆的行政规划（附表二），〔41〕光绪年间左宗棠、刘锦棠等设省计划（附表三、四），〔42〕和宣统《新疆图志》所载光绪时期最后议定的新疆政区情况（附表五）〔43〕作一比较（附表六）〔44〕。便可以发现自珍所提出的方案谋划甚精，具有如下几项特点：
    一、龚自珍议建的基层政区有五十县三州，比左宗棠、刘锦棠所议设和光绪建省后所实设的州、县、直隶厅总数都要多三分之一到二分之一。这可能因为经过道光和同治、光绪回乱后，户口丧失不少，故光绪时期无须多置州、县，也可能因为自珍的建省计划以大量移民为前提，故拟设州、县数目较多。
    二、自珍十分重视新疆的战略地位，他建议把临近北边俄罗斯境的塔州（塔尔巴噶台）和临近西边浩罕、布鲁特的吐蕃（乌什）、砖房（喀什噶尔）建为宜隶州，塔州、吐蕃两直州更有总兵官驻守。西北的伊犁，是自珍心目中的军政要地，他建议将该处划分为东、西两府，合设八县，伊东府为总督驻所。这比左宗棠、刘锦棠的规划更加积极。自珍也没有忽略西南叶尔羌、和阗一带的防务，他建议在那里特别设立总统西边办事大臣，领满洲、索伦、锡伯、绿营兵2240名，掌西边布鲁特、哈萨克、爱乌罕等国朝贡事务，地位仅次于总督。〔45〕有学者把自珍拟设的总统西边办事大臣视为理藩院一类机构，〔46〕其实自珍重视西边办事大臣的镇边作用，多过其外交作用。我们把自珍在北起塔州，南至羌州没边一带的规划作整体战略性考虑，便会明白他在规划新疆政区的时候，对该处存在的军事危机丝毫没有松懈。