守、巡、兵备道与副总兵地位相当，但由于重文轻武，道的实际地位更高些。兵备道等之下，厅官与参将平级，事实上可以节制参将。（注：《卢象升疏牍》卷七，《塘报夷情疏》；同书卷九，《鼓励人才大破积习疏》。）
    在比较典型的九边诸镇，还有管粮官系统。在宣、大等镇，“主、客钱粮，总以部官（户部督饷郎中）、巡、守，分以五路通判”（注：赵炳然：《题为条陈边务以俾安攘事》，《明经世文编》卷二五三。）。管粮郎中要听总督约束，但与巡抚互不统属，称“同事”（注：王崇古：《条覆理盐法疏》，《明经世文编》卷三一七。）。
    各地或各镇的第四大系统为监军。监军分两大类，一类是朝廷耳目之监军，包括巡按御史和镇守内臣（宦官）等；另一类是替总督服务的监军道，主要任务是随军纪功。（注：《卢象升疏牍》卷九，《覆奏监军道敕书条款疏》等。）
    上述四大系统中，文武指挥系统及监军系统各省、镇均设，粮饷系统为九边所独有。
    由上可知，明代武装力量的调动与指挥制度经历了前后两个时期，前一时期实行卫所制，军队的调动与指挥主要由中央操纵；后一时期镇戍制居主导地位，采用中央集权、督抚分寄的方式指挥天下军队。
    边兵与外卫的管理
    （一）兵员的补充。提起兵员的补充，会让人们想起《明史·兵志》所载军户的四种来源，即从征、归附、谪发和垛集。其实，从征、归附主要指开国以前的情况，谪发的数量毕竟有限，而垛集也主要行于明初。从总体上说，明代补充兵员的主要途径不是以上四种，明中叶佥都御史赵伸曾说：“正军不足，必欲抽选，抽选不足，必欲招募。”（注：赵伸：《筹边疏》，《明经世文编》卷二三四。）嘉靖时大学士杨一清总结道，“兹欲充实军伍，不过清勾、抽选、招募三者而已”（注：杨一清：《关中奏议》卷十七，《为整理边务以备敌患事》。）。下面分别介绍一下后三种。
    清勾。也叫勾清，是勾军与清军的简称。勾军是针对个别在卫军士逃亡而进行的追捕行动，宣德间一度听卫所官旗自行追捕，后来改由地方官派人解送。勾军之前，各卫所将名单上报兵部，兵部据册核实“乡贯居止”，然后内府批示，传令地方官执行。清军是指普遍清理军户或大规模补充军伍。清军由兵部武库司负责（勾军也是一样），朝廷往往特遣御史、尚书、给事中等到各省主持有关事宜。据《明史·刑法志一》载，“朝廷岁遣御史清军，有缺必补”。到了万历二年（1574）“罢岁遣清军御史，并于巡按”。有时因军情需要，督抚也过问清军。嘉靖时期倭患大作，浙江总督赵炳然曾“督行二司（布、按二司）清军及都司操捕官”共同清军，兵员日增。崇祯时期陕西巡抚孙传庭也从卫所清出了大量士兵。其实勾军与清军在宣德以后有合一的趋势。在河间府，起初士兵“凡老疾逃亡”，各卫差“旗军勾取”，宣德间“敕差御史一员责委各府州县官专行清理，各卫每年造册送部，类发御史，下之府州县清解，自是遂免勾军之扰”（注：（嘉靖）《河间府志》，天一阁明代方志选刊本，卷十一，武备志。）。至少在个别地区勾军已并入清军之中。
    抽选。指抽选舍余。明代士兵的妻子不在老家而在卫所，形成了这样的局面：“军士以卫所为家，父母兄弟在焉，州县为老家，族姓在焉。”（注：杨博：《奉旨会议勾补军丁责成抚臣管理疏》，《明经世文编》卷二七七。）卫所官兵都有子弟，军官子弟为舍人，士兵子弟叫余丁，合称舍余。在正军不足的情况下，明朝常抽选舍余参加九边等地的防守和操练。（注：魏焕：《皇明九边考》各卷“兵马考”。）此外舍余也有招募的。
    招募。明代中后期募兵的比例逐渐增加，隆庆时山西巡抚靳学颜认为，诸项兵源中惟以“召募、见伍为实”（注：靳学颜：《讲求财用疏》，《明经世文编》卷二九九。）。招募成了补充兵员的重要途径。在大同，从嘉靖十五年至四十五年间一共募兵44812名（注：王士琦：《三云筹俎考》北平图书馆善本丛书第一集本，卷四，军实考。）；在延绥，自嘉靖二十五年后短短几年间就招募了11788名。（注：潘潢：《查核边镇主兵钱粮实数疏》，《明经世文编》卷一九九。）
    以上便是明代补充兵员的几种主要途径，它们行于明代大部分时期。
    （二）军官考选。明代武官分为六品，有世官，有流官。世官分为九等：指挥使及同知、佥事，卫、所镇抚，正、副千户，百户、实授试百户。流官分八等：都督及同知、佥事，都指挥使、同知、佥事，正、副留守。世官的来源有袭职（死亡）和替职（老疾）两种；流官多以世官升授，“后以武举兼用……”（注：《明会典》卷一一八，《兵部·铨选·升除》。）不许世袭。除袭替、武举外，明代武官入仕途径还有传奉、恩荫、纳级等。其中袭替所占比例较大。
    上述流官与世官属都司卫所体系，一般称武职官。此外明代边兵与外卫中还有总、副、参、游、守等镇戍将领系统，该系统盛行于明代中后期。卫所武职与镇戍将领之间是有联系的，《天下郡国利病书·陕西上》引《巩郡志》云：“国家既分置卫所矣，又设参将、守备以统之。”笔者曾就嘉靖朝九边地区镇戍将领的武官职次，对《明世宗实录》作了粗略统计，为省略管幅仅列简表于下：
    从表中可以看出，明代镇戍将领虽然号称“无品级”，但大体有一个相应的武职作为支撑。一般来说，高级将领以高级武职充之，低级将领以低级武职充之。
    明代武将之除授由兵部武选司掌管。高级将领须经会推产生。总兵、副总兵有缺，会推二人，皇帝从中选定一人。（注：《明史·选举志三》。）其下参、游、守等官的最终任用权都在皇帝手中，如各边守备、提调等官的产生俱要经过“钦依”（注：王崇古：《陕西四镇军务事宜疏》，《明经世文编》卷三一九。）。地位低于守备的操守有时由巡抚、总兵从卫所官员中选委。对于防守千总，分守参政也有权任命，山东某参政就曾“札委”一武官“任管千总事务”（注：《明代辽东档案汇编》上，《黄骨岛海防千总为守堡黄云龙呈奸巨滑掣肘团练事给山东布政使的呈文》。）。把总的任命与千总差不多，在明中叶，各镇把总等官的任命“听于兵备”（注：焦竑：《玉堂丛语》卷四，献替。）。