由于武昌当地政府的军事力量已被税使控制，因此陈奉在躲入楚王府后，暗中派遣参随三百人，带领赶来的官兵追杀起事的士民。聚众的士民虽然被杀散，整个事态并没有因为镇压而平息下来，事实上军事镇压成了整个骚乱走向扩大化持久化的一个转折点。
    武昌民变的消息传开后，整个湖广地区的主要府、州和县都发生了类似的抗税骚乱，全省的行政和交通陷于瘫痪。具有讽刺意味的是，正是由于被捕的湖广佥事冯应京在囚车中一再呼吁士民不要和朝廷对抗，才稍稍平息了武昌的局势。但是，其他湖广地区的骚乱依然在延续着。陈奉躲在楚王府中，一个多月都不敢外出。
    至此，当地政府完全丧失了自主平息民变的能力，不得不求助于中央政府的干预。而京城的党争连同皇帝和科道官员的意气之争却给民变的妥善处理带来了极大的干扰。湖广巡抚支可大见局势已经失控，遂请求万历皇帝将陈奉调回。陈本人也表达了这个意愿，但万历却拒绝回应这些请求，并荒唐地扣押了这两份十万火急的报告。从万历皇帝接到支可大要求撤回陈奉的报告开始，到大学士沈一贯第一次上奏请求撤换陈奉和支可大为止，整整间隔了19天。而又经过了8天后，皇帝才给内阁作出了正式的答复。(23)但此时万历仍认为群臣是在借助武昌事件来挑战他的新政。
    万历此时可信任的只有太监了，他于是决定派江西税监李道前去调查情况。李道于四月发回的报告中证实了陈奉贪赃枉法的行为并提到陈奉“征多解少，欺匿国课”。至此万历才传谕内阁讨论平息湖广局势的事宜。然而，万历又不能容忍群臣以此为借口，在开矿收税的问题上质疑他的所作所为。(24)于是，在传谕内阁的同时，万历同时指责了中央及地方各级官僚不能及时处理此次民变来替他分忧。(25)
    万历皇帝对巡抚紧急报告“留中不发”的做法固然是导致武昌民变加剧的一个主要因素，但是，在京高官因为害怕卷入这一政治风波而不愿挺身而出陈请皇帝，这也肯定延缓了民变的处理。从沈一贯的第一次上奏中可以发现，他对湖广局势的了解程度比起支可大此前透露给皇帝的信息要深入得多。那么，他为什么不马上将这些信息传递给皇帝呢？沈是京城官员中的“实利派”，(26)这也许就是为什么他不愿去催促皇帝撤换税使的原因。因为这不仅会得罪万历，而且也不利于自己在实利派阵营中的领袖地位。所以，直到形势发展急转直下后，沈一贯才递交了这封语气颇为无奈的奏疏，反复强调撤换陈奉并不影响新任税使征收同等的税额，并希望万历能够理解他“不得不奏”的苦衷。
    沈一贯的第一次上奏在8天后才得到万历的回应。与苏州的例子相比较，这种迟缓也许和万历与保守主义派官员之间的紧张关系有关。据史料记载，直到湖口税监李道发回了一份弹劾陈奉的奏疏后，万历才要求内阁针对沈一贯的奏章提交详细的应对措施。(27)但万历在措辞中似乎更在乎惩处当地平乱不力的官员而非税使本人。
    在把握了万历的心理后，沈一贯在前后两次连续的奏疏中提出了一个折衷方案。(28)他避谈“新政”，只是建议革除湖广巡抚支可大的职务，并派遣工部左侍郎赵可怀接替他。考虑到新任巡抚的资历威望对平息民变的作用，沈一贯力主派文职官员前往，以免引起当地百姓“再生他变”。沈建议新任巡抚应该以安抚为主，其次才是暗中查访民变的组织者以及民愤极大的税收人员。等局面得到控制后，再将他们逮捕治罪。另外一个有意思的地方是，沈在奏章中强调了推选赵可怀是经过内阁、六部及都察院的高级官员秘密讨论后决定的，这样就避免了公开廷推这一关。在当时的情况下，公开廷推势必造成科道官员趁机挑战“新政”从而惹恼万历的糟糕后果。一旦万历被惹恼，新任湖广巡抚的人选问题就可能被再一次搁置，这会使局势变得愈发不可收拾。
    接到沈一贯的奏疏后，万历马上发布了一道上谕给吏部，批准了赵可怀的任命，限五日之内启程赴任。赵可怀到任后便发回报告描述当地局势的发展情况。根据赵的描述，当他进入荆州的时候，数万名士民包围住他的车队，哭诉陈奉的罪行，在他反复告知陈奉已经“取回治罪”后仍不散去。惶恐中，新任巡抚只好拿出随身携带的吏部咨文交给士民传阅。众人看到了上面的确写有处罚陈奉和支可大的字样，方才满意并逐渐散去。这时距离中央政府接到最初的警报已经过去了75天，而从万历二十七年的民变初发算起，湖广地区民变竟前后断断续续两年才最终得以平息。(29)
    四、总结
    苏州民变之所以能在短时间内得到有效解决，关键在于税使进驻后地方政府仍保留了处理当地事务的自主性，这使民变能够在地方科层的主导下得到处理。在民变发生前，苏州的地方科层并没有鼓动当地士民反对税使，这就避免了地方政府在税使问题上过早与万历形成正面冲突从而被击垮。在民变发生后，苏州地方科层因握有基本的行政和军事资源而有能力独立制定应对措施，无需受制于税使（及其代表的皇权）。苏州地方官员拒绝了税使孙隆派兵镇压的要求，从而避免了大规模的流血冲突，使得地方政府能够在民变过后有足够的权威去恢复社会秩序。在对待抗议民众方面，苏州政府审时度势采取了合理的介入，从而控制了事态的发展。苏州知府下令逮捕了几位到官府寻求庇护的税官，并进入街市向士民宣布了这一消息。在当时的情况下，这一做法无疑是明智的：它既向民众做出了一种支持的姿态，又含蓄地警告了闹事者--政府依然拥有执法的能力，抗税行动应该适可而止。这一逮捕行动还缩小了民变的打击范围，提高了地方政府的威信，为重新恢复地方秩序打下了基础。
    苏州地方政府的自主性还削弱了中央政府内部派系斗争对解决民变的负面作用。没有证据显示京城的党争和科道官员激进的道德保守主义立场在苏州民变的处理上显示出很大的影响。中央官员对此次民变的惟一一条评论是：户部尚书赵世卿提醒皇帝注意近期系列民变对地方治安带来的不良影响（参见文秉，1976:366）。万历皇帝也按照常规的行政程序及时对苏州民变的处理方式给出了意见。他的意见是相对温和的，仅仅要求追查葛成等“为首鼓噪”的人，同时还明确要求地方官员严加追查那些在民变中幸存的税官的贪赃枉法行为。中央政府的及时反应更加强了地方政府在民变后对局势的控制，这和中央政府在武昌民变中扮演的角色形成了强烈反差。