清前期在云贵地区实施的地方行政调整，非常强调通过行政和军事资源的合理配置，为在地方实行有效地控制和管理创造条件，这可从康熙年间田雯、高其倬等地方大吏就黎平府与五开卫关系调整的建议中看出：
    国朝康熙中，巡抚田雯以府隶黔，卫隶楚，同城非便，且黎平为苗多民少之地，设有机宜，两地盼悬，呼吸未应，疏请统归一省。后总督高其倬亦疏言：贵州形势，都匀以东，黎平以西，中夹生苗一区，名曰古州八万，地大苗众，正须料理，以五开归黔，则一切措办呼应即灵；若拔黎平归楚，凡有调度，必失事机。(21)
    非常微妙的是，在此之前的贵州、湖广交界区域，府卫各属两省，每每割湖广卫所归黔，则黎平等布政司政区则归楚；当黎平等府归黔，则卫所复归楚。到清代这种现象随着对古州等“苗疆”之地的征讨，以及政府对苗区的控制能力加强后发生改变，府卫统归一省的呼声日高，最终卫所改设归为布政司体系成为主要。
    清代前中期云贵两省地方行政和疆域的新变化，给地区社会经济发展创造了条件，特别是通过改土归流等对地方行政制度作出的重大调整，对民族地区原生态产生深远影响。虽然制度变迁的作用和效果，有着一个逐渐深刻化和具体化过程，而且地域社会的改变非一时之事，但在清前中期云贵地区的行政和疆域变动，端显比以往更为深入、细致的政治谋略。
    二、改土归流
    因稳定边疆的需要，顺治、康熙两朝并未对云贵地区土司制度进行大规模变革，对土司的政策较为灵活，还未上升到动用武力征改的地步，少数的设流活动也仅出于土司绝嗣和平定叛乱缘由。顺治帝在对待云贵土司问题上称：“朕将以文德绥怀，不欲勤兵黩武。”(22)朝廷官员也认为对土司应“暂令各从旧俗，俟地方大定，然后晓以大义，徐令恪遵王制。”(23)即便在平定吴三桂后，康熙也未答应地方官吏要求征剿土司的请求，认为控制“苗蛮”等少数民族“惟在绥以恩德，不宜生事骚扰”。(24)这些思想较为符合中央王朝初涉云贵地区管理复杂民族、社会的实际需要，对于暂时稳定边疆和地方社会有重要意义。此外，维持土司管辖现状也保护了地方民族上层集团的利益，元明以来中央王朝和地方民族上层集团利害关系往往是一致的，彼此存在着依赖性，所以土司制度在清初得以存在和发展。(25)但是，随着国家力量和移民开发的不断深入，土司制度下超经济剥削，繁重的劳、兵、杂役和严厉的人身依附关系，以及土司、土目反复无常地与中央对抗，到康雍时期已开始危及边疆政局稳定和地方经济发展。
    所谓土司，“世其土即世其民”，在其领地内拥有绝对权力，其下土民处境悲惨。(26)乌蒙地区土府“其钱粮不过三百两，而取于下者百倍。一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。土司一取子妇，则土民三载不敢婚。土民有罪被杀，其亲族尚出垫刀数十金，终身无见天日之期。”(27)东川等地受土司势力影响“川民不敢赴远力耕，滇民亦不敢就近播垦。故自改土以来，历今三十余载风俗仍旧，贡赋不增”，(28)“膏腴四百里无人敢垦”。(29)姚安府土司勾结流官，巧立名目，科派钱银，强抢民田，云南丽江木氏和贵州水西安氏有千百户被土司强占耕地而沦做家奴的农民，均破坏了刚刚起步的地主经济。(30)贵州“官取于苗者十之三，土司通事、差役取于苗者十之七，取苗民之精血以供其宴安酖毒之资”，且在黔东南一带尤为严重。(31)雍正初年云南额征钱粮不敷支应，多靠外省调剂，钱粮短缺的重要原因之一就是“土司不识调剂，夷人不知稼穑”等“人事”所致，土司制度已对地主经济在云贵民族地区的发展形成阻碍，并影响到国家和地方赋税收入。(32)更为严重的是，土民反抗土司的斗争、土司之间的仇杀和土司反叛等行为直接影响了中央对地区的控制，激化社会矛盾和危害地方稳定。雍正四年(1726年)，深得雍正帝赏识的鄂尔泰出任云贵总督，与前几任不同的是，鄂尔泰一开始便“著《实政四条》：一戒因循；一严朋比；一重彝情；一正风俗”，(33)作风强硬，并对土司提出了一整套治理方案，认为“云、贵大患无如苗蛮。欲安民必制夷，欲制夷必改土归流。”雍正帝批准了建议，并先将时常反乱的东川、乌蒙、镇雄三土府由四川划归云南，由鄂尔泰节制。(34)不久，又令鄂尔泰署滇、黔、桂三省总督，全权办理改土归流事宜。与前明和顺治、康熙朝不同的是，雍正时认为历代“相沿以夷制夷”法已经不合时宜，改土之法更加强调直接付诸武力，“欲改土归流，非大用兵不可”，(35)以求彻底铲除土司势力，因此雍正朝改土归流的范围和力度均史无前例，对地域社会的冲击也尤为强烈。
    雍正朝大规模改土归流集中在四年至九年间(1726-1731年)，涉及云南、贵州、四川、广西和湖广等省，重点在云贵，而滇东北、滇南和黔西、黔东南、黔南等土司首当其冲。雍正四年，鄂尔泰进军滇东北东川等地，“云南路近，声教易及，凡滇黔两省商民有力能开垦者，广为招徕，以实其地；并将附近营汛斟酌移驻，以资弹压”，(36)连败土军，“乌蒙稍抗，即拟进剿”，十二月设乌蒙府、镇雄府，并设镇安营，驻军控制。到雍正八年(1730年)，平定滇东北地区，完成改土归流。(37)在雍正四年至九年大规模改流阶段，云贵地区共有10余个较大的土司被改流，不少是武力征讨来实现。(38)在黔东南等“苗疆”地区，雍正时期开辟“新疆”，认为“如欲开江路以通黔、粤，非勒兵深入徧加剿抚不可”，清军遂数次开进苗疆地区，对反抗的“苗民”实行血腥镇压。(39)尽管清廷在黔东南等地的军事行动，没有像在滇东北那样明确地指向某一实力强大的土司，但安屯和设流活动也成为雍正时期大规模改土归流运动的重要组成部分。在雍正朝激烈的改流活动完成后，一些实力较弱的土司也纷纷归顺或被肢解、废除，使得18世纪中叶后中央对云贵地区直接行政管理的地域比以往有了极大扩展，这也是云贵两省在清中前期地方行政发生较多变化的重要和直接原因之一。
    由于军事征剿和以武力威胁进行的改流活动占有相当的比例，特别是对实力较强的土司(如滇东北禄氏)付诸武力的军事行动更甚，因此改流最直接的后果便是摧毁了少数民族上层集团对一部分地区的长期统治，如滇东北改流最终“杀掉了敢于顽抗的土官土目上百名”，(40)更多的土司举家被调离原地，“安插”于内地诸省，这为国家直接统治土司地区和筹划重建地方社会创造了条件。但是，对于当地少数民族下层而言，设流并将他们全部纳入国家行政体系(因绝大多数“并未编丁”，这种管理存在着很大的形式意义(41))，使之客观上摆脱了土司制度的束缚，促进了地方社会进步和生产力的发展。具体而言，取消土司制度后，中央和地方提出和实施了一系列善后措施，初步对千百年未受大规模冲击的地域社会进行了改造。