三、地域社会重建问题
    学界一般认为，清政府通过编丁、保甲等措施，“将实行了改土归流的地区与中国内地一视同仁，通过调查人口，实行保甲制度来重新构筑地域社会”，乃至改土归流成为边疆民族地区的“内地化”、“汉化”手段。(42)但是，改土归流不仅是政治层面上的制度变迁，也具有社会、经济、文化等变迁的文化移入涵义；特别是对于地域生态而言，土司制度废除后，地域生态能否构建起实现社会、经济和文化的转变组织和机制，甚至它们又如何实现“内地化”？都应是改土归流历史过程研究的重要组成，然而以往对此的研究着力不多。
    清廷改流运动实为“除患”，消除对民族地区进行直接、有效统治的障碍。故在消除土司势力后，在原土司地区要“皆置营汛，形联势控”，在继续防范土司残余势力起事外，加强对少数民族的控制。(43)雍正、乾隆时期贵州“苗疆”是政府着力改归的重点区域之一，因受到地方强有力的抵抗，战事多，时间长，营、汛等军事布防格外重要，(44)在八寨、丹江、清江、古州等地安兵近万名，(45)目乾隆元年削平叛逆之后(按：指雍正十三年包利、红银为首的苗民反抗)，各处设屯安堡，分营制汛，防范周密”，(46)这在清代改土归流活动中是比较突出的。
    广布汛塘关哨等军事防务带来了两个后果：一是在加强对改流地区的控制时，因屯田和招垦等活动在山区形成移民潮，对少数民族地区和山区的开发产生影响，这多为史学界所认识；二是多少弥补了民族地方因保甲推行难的不足(见下文)。但是军事布防在清中叶以后随着绿营兵制的衰败，汛塘体系名存实亡，在缺乏地方保甲支持或支持不力的情形下，改流地区社会控制和管理便出现“空壳化”，为流入之“奸民”同地方上层勾结成乱制造了条件。
    出于盘清民情和削弱土司势力等政治目的，改流后政府开展了清理人口、田地等活动，如云南丽江府在雍正二年(1724年)设流后清出二千三百四十四丁，均来自土司庄奴。(47)其他各地亦有查办人丁的情况，但尚有许多仍未编丁入籍，这在保甲推行资料中有反映。在改流地区推行的保甲，“保甲之法旧以十户为一率，云贵土苗杂处，户多畸零，保甲之不行多主此识不知”，鄂尔泰建议“除生苗外，无论民彝，凡自三户起皆可编为一甲；其不及三户者，令迁附近地方，毋许独住。则逐村清理，逐户稽查……”。(48)在“苗疆”地区所推行“各寨编立烟户册，每十人为一甲，择以老成者为甲长，给以委牌；每十甲为一保，择以强干者为保长。”(49)需要注意的是，所见保甲之法大多是官员奏议，是否有效贯彻需要仔细考证。由于“生苗”等“难驯”，以及少数民族为避战乱而躲进深山，保甲实际上并未在地域社会得以广泛实施。仔细判读史料可以见得，实行了保甲的地方多是客民聚居区、汉民和部分少数民族错杂聚居区而已。乾隆二十三年(1758年)有称，“令夷人与民错处者，一体编入保甲”。(50)《清史稿》所载内容更为详细，亦言：
    及乾隆二十二年，更定十五条：……一，苗人寄籍内地，久经编入民甲者，照民人一例编查。其余各处苗、瑶，千百户及头人、峒长等稽查约束。一，云南有夷、民错处者，一体编入保甲。其依山傍水自成村落者，令管事头目造册稽查。一川省客民，同土著一例编查。一甘肃番子土民，责成土地查察。系地方官管辖者，令所管头目编查，地方官给牌册报。其四川改土归流各番寨，令乡约甲长等稽查，均听抚夷掌堡管束。(51)
    虽然保甲编丁和户口清查不是一个体系，但少数民族户口的缺编入册，也反映了保甲推行的实际困难，因为保甲编丁是以户口登记为基础的。(52)在改土归流地区，清代方志中保甲主要是针对汉民和部分“归化”了的“夷民”，不同于民国时期调查资料和方志中对少数民族保甲编丁记载较多的情况。实际上道光年间人们已经注意到了此类情况，“昭通府俱系夷户，并未编丁，岂在当时仅联乡里而人丁数未报耶？”(53)这已不仅仅是户口缺编的问题。而地方官向朝廷奏请中，保甲之法主要还是针对客民，“黔省汉、苗杂处，近来客民渐多，非土司所能约束，自应编入保甲以便稽察；除生苗多之处仍照旧例停止外，其现居寨内客民，无论户口、田土多寡，俱著一律详细编查。”(54)
    即便到清中后期，云贵地区土目、小领主等仍有较多存在，这些土司制度残余对地方仍有强大的影响力。赵翼《簷曝杂记》卷4《黔中倮俗》称：
    凡土官之于土民，其主仆之分最严，盖自祖宗千百年以来，官常为主，民常为仆，故其视土官，休戚相关，直如几乎天性而无可解免者。……。贵州之水西倮人更甚，本朝初年已改流矣，而其四十八支子孙为头目如故。凡有征徭，必使头目签派，辄顷刻集事。流官号令，不如头目之传呼也。
    水西地区改土归流后并没有实现领主制向地主制的完全转变，束缚社会生产力发展的旧有制度仍大量存在于彝族社会。(55)水西地区改流后，“四十八目”影响力依然很大，流官管理体系的实施不尽顺畅，正所谓“土司改流官，土目仍世业”。(56)在土地和社会关系上，受地主经济影响，原土司地区孕育了“土目田”等特殊形态，土目是“土目田”的所有者，一般分给其子民“苗人”佃种，这一关系实际上更多的是维持或保留了原土司制度下“领主”经济生产关系，“苗人”身份仍带有明显的农奴或佃仆性质。