作为前后相承的两个政权，明、清统治者在治边思想上有着许多相似的地方，其核心理念和基本点是一致的。明、清统治者基本上都继承了汉唐以来传统的“守中治边”、“守在四夷”的治边思想，都放弃了元朝以边疆地区为基地，积极用兵开拓缴外的做法。但由于所处时代以及面临的时代问题不尽相同，明、清统治者在对西南边疆的认识及治理思想上亦存在着较为明显的差异。受治边思想的支配，就使明、清两代在经营西南地区时，在具体做法上既有相似之处即清对明的继承，也有清朝基于时代的发展而具有的一些独到之处。
    一、政治治策
    与元朝相比，明朝在西南地区的政治统治进一步加强，贵州建省即是当时的一件大事。永乐十一年(1413)，设立贵州布政使司，贵州正式独立建省，彻底结束了贵州地区分属于云南、四川、湖广诸地的历史。贵州布政司初领8府、1州、1县，以及1处宣慰司和39处长官司；以后又调整为10府、9州、14县，以及1处宣慰司与76处长官司。贵州建省，重要目的是为了保障交通干线的顺畅。就当时而言，西南地区与内地的交通干线最重要的是元朝时开通的由云南经贵州入湖南，经洞庭湖地区北上的道路，即明代所称的普安入黔旧路。为此，明代贵州省辖府一级政区治所和军队卫所大多沿着这条交通线设置[1]。
    为了加强在西南的统治，明廷还对四川、云南、贵州省级辖区进行了重大调整。洪武十五年，“割云南建昌府所属建安、永宁、泸、礼、里、阔、邛部、苏八州，中、北社、泸沽三县，德昌府所属昌、德、威笼、普济四州，会川府所属武安、黎溪、永昌三县，俱隶四川布政使司。以会川千户所隶建昌卫，卫隶四川都指挥使司”[2] (卷一四九)。洪武十六年，“以云南所属乌撒、乌蒙、芒部三府隶四川布政使司。……以其地近四川，故割隶之”[3] (卷一五一)。第二年，又“割云南东川府隶四川布政使司”[4] (卷一六二)。同时在普安地区设立军卫，初隶云南都司，不久划归贵州都司。永乐十一年(1413)建立贵州布政使司，永乐十三年便将普安正式划归贵州布政司，设普安州[5]。此后，这种形势没有大的变动一直到明朝灭亡。洪武间之所以作如此大的调整，主要是朱元璋认识到了西南地区“夷情”复杂，“诸夷叛服无常”，要确保西南边疆的稳定，必须保持与内地交通的畅通。因此，在迅速攻克云南及平定滇黔各地土官叛乱后，明军沿交通要道设立卫所，屯驻大军；与此同时，为保障进入云南两条交通干线即普安入黔旧路和乌撒入蜀旧路的安全和有效控制，对交通干线所经少数民族聚居区实行分而治之的政策，分散土司势力，以减轻云南的压力。
    此外，根据西南不同区域社会经济发展状况及民族分布情况，明廷确立了对不同地区实行不同统治形式的基本方略，由此全面继承了并发展了元代的土官土司制度。平定西南后，明廷面对“唯西南之夷，地方千里，皆山林幽昧，种类庞杂，性如飞走，易惑而难化”[6] (P555)，“诸夷杂处，威则易以怨，宽则易以纵”的复杂局面，迅速改变原来照搬内地模式、整齐划一政区设置和高度集权统治方式，改为“宽猛适宜”的政策，以不同的社会经济和民族情形为基础，实行有所区别的统治方式。《明史·云南土司传》对此表述得十分清楚：“统而稽之，大理、临安以下，元江、永昌以上，皆府治也。孟艮、孟定等处则为司，新化、北胜等处则为州，或设流官，或仍土司。”[7] (卷三一三)即根据上述地区的不同情况，分别实行内地府县建制、土流参治、土司统治为主等三种方式。这里虽说的是云南的情形，实际上在整个西南地区都基本如此。这就使土司制度在明朝得到全面发展，在管理制度方面也趋于完善和严密，土司被纳入封建国家官吏管理系统。明初期以后，在西南部分地区进行了断断续续的改流。与清代大规模的改土归流相比，明代改流具有一定的被动性和反复性；清代尤其是雍正时期的改土归流，一般事前都确定了改流的计划、目的和步骤，行动果断，而明代的改土归流有一些是被迫采取的应急措施。总的看，明代的改流主要还是作为规范土司行为及控制土司的手段而加以使用。
    为确保无西南之忧，明朝在西南还派驻了大量军队，并派沐英及其后裔世镇云南。洪武年间云南地区设有15卫、2个千户所，约86000余人。据《明实录》，洪武年中后期明朝调兵入滇有10次，人数达20余万人，其中一部分实际未能到达云南，一部分后来离开了云南，留下的连同原来驻守的约有15万余人。以每位军户4口人计，驻守云南的军人及其家属约有60余万人。自洪武十四年明军进入贵州，以后明朝在贵州地区设置13卫和1个千户所，共驻军74，000余人。据成化年间的记载，在贵州地区共置20卫，有军士145，400余人，连同军户的家眷，驻守贵州的军人及其家属约有60万人[8] (卷一九七；卷八二)。明初在广西地区设有6卫和1个千户所，驻守的军人及其家属约有10万余人，以后广西的卫陆续有所增加；但总的来看，镇守广西地区的军队，人数比云南和贵州两省要少得多。为解决军粮供应，确保军心稳定，驻守西南地区的军队及其家属，被组织起来进行了大规模的屯田。这一举措为后来汉民的移入，西南地区的开发，以及西南边疆形势的稳定，确保西南与内地的统一发展，起到了重要而积极的作用，产生了深刻的影响。
    清朝在继承明朝政治经营成果的基础上，对西南边疆的统治进一步深入。
    为加强在西南地区的统治，清廷对各省辖区亦作了较大调整。清代贵州省的范围较明代有较大改变，主要是将原属四川的播州地区(今遵义一带)划归贵州，以后辖境与今贵州省大致相同。清代广西省的范围大体上同于明代，仅北部地区的罗甸、望谟、册亨、贞丰数县并入贵州。雍正四年，因“四川东川府与云南寻甸州接壤，应改隶云南，就近管辖”[9] (卷四三)。五年，以四川乌蒙、镇雄二府隶云南。清朝把东川、乌蒙、镇雄等地划归云南管辖，主要是由于上述地区处滇川交界处，历来管理不力；为便利鄂尔泰行事，更好地改土归流，遂将以上地区划给云南，将其地土府纳入改土归流的范围。目的是为了分割这一区域强大的土司势力。总的看，清朝在西南地区的统治在明朝的基础上更为深入，设治明显加密；尤其是对山区和边疆地区的统治，较之前代有较大的进步。如在云南，雍正七年置普洱府，八年置开化府。并在山区和边疆修建了不少城镇，雍正八年，筑普洱府城、攸乐城、思茅城，又筑维西、中甸、阿敦子、浪沧江、其宗、喇普、奔子栏格等城，又于旧维摩州筑邱北城；九年，建东川府、镇雄州、大关、鲁甸诸城；十年建昭通府城[10] (卷一二)。这是前代所不曾有的。为加强对边疆的控制，清朝在云南等边陲地区实行富有特色的基层驻军制度即汛塘制度，在边远地带以及与邻邦接界的地区，大量驻守绿营兵和各种土军。这一做法有效地巩固了边疆地区，保证了对边疆地区的有效管辖，对加强国防具有重要的意义。
    雍正年间在西南地区进行了大规模的改土归流。这次大规模改流的原因，主要是为了满足在这些地区安置流民、开垦荒地和征收赋税，以及在这些地区拓建交通线的需要。如东川等府因地处云南、四川交界处，朝廷长期鞭长莫及，土民“终身无见天日之期”，其地“膏腴四百里无人敢垦”；分隶南宁等地的广西诸土司，由于“黔、粤以牁牂江为界”，有事“文武动辄推诿”；云南澜沧江内外诸土司，因“无事近患腹心，有事远通外国。自元迄明，代为边害”；至于以古州为中心的贵州苗疆地区，则长期“为顽苗盘踞，梗隔三省，遂成化外”，“如欲开江路通黔、粤，非勒兵深入遍加剿抚不可”[11]。而上述地区恰恰是雍正年间改流的重点地区。此外，推行改流还因为清统治者已具有较强的边疆内地一体化观念，一定程度上感到对边疆的巩固和开发负有历史责任。这是一个时代的进步。乾隆帝曾说：“夫开边黩武，朕所不为；而祖宗所有疆宇，不敢少亏尺寸。”[12] (卷三七七)与明代的改土归流相比，雍正时期的改流是有计划、有步骤、有组织大规模进行的，重点突出，取得了较大的效果。对加强在西南边疆地区的统治，具有重要的意义。
    进入晚清以后，由于帝国主义的入侵，边疆危机严重，传统的边疆统治手段已不合时宜，清政府被迫实施内地与边疆一体化政策。光绪二十六年，清廷颁布上谕：“各就现在情弊，参酌中西政要，举凡朝章国政，吏政民主，学校科举，军制财政，当因当革……切实施行。”[13] (P4602)试图通过新政，建立起具有现代化色彩的国家政治体制以取代传统的国家形态。这就意味着国家需要进一步整合，“因俗而治”、“分而治之”的传统治边模式自然不能适应形势需要。改土归流和设立行省，就成为清末在近代民族国家和领土完整的概念上，重新构建边疆与中央政府关系基本框架的重要步骤。因此，清朝政府被迫放弃传统的“因俗而治”的思想方针，加快实施边疆与内地一体化的政策。但由于诸多原因，在各边疆地区取得的效果不一样，新疆、台湾地区建立了行省，在蒙古地区和西藏地区进行了一些改革，在西南地区则仍然维持着土司制度。直到民国时期依然如此。