有鉴于此，清初的统治者在对明代财政制度斟酌损益的基础上，为完善国家的财政制度作出了极大的努力。在确定征收额数和科则、征收方式、钱粮奏销、官员考成等方面逐渐制度化。
    （一）编订《赋役全书》，作为国家征收赋税的依据
    经过明末长期战乱，赋役册籍散佚，而清初又属于万事草创，如何确定赋税的征收依据便成了创制财政制度的基础性工作。顺治三年，谕户部，“国计民生，首重财富，明季私征滥派，民不聊生，朕救民水火，蠲者蠲，革者革，庶几轻徭薄赋，与民休息。而兵火之余，多籍口方策无存，增减任意。此皆贪官猾吏，恶害去籍，将朝廷德意何时下究，而明季严蠹何时清厘。”因此，国家应编订赋役全书，以期“积弊已清，民生永存。”[5] 派遣大学士冯铨与户部公英俄尔岱查核赋税征收情况，了解在京各衙门钱粮款项及其收支销算和在外各直省的田土数目和赋役征收及其存留起运状况，并责成在京各主管衙门及各省督抚严加稽核。同时，命王弘祚编订赋役全书，顺治十四年十一月，《赋役全书》成。其主要包括如下内容：赋役征收额度俱照明万历年间旧例，明季辽饷、剿饷、练饷、召买等项加派，尽行蠲免；清核全国地丁数目及其变化情况；征收赋粮以土地肥瘠和丁人贫富为标准作为征收的依据；赋皆征银，粮则有米、豆、麦、草等名目，各视所产以为制；划分中央和地方收入，即存留和起运比例。
    《赋役全书》对赋役征收额度以及中央地方财政收入分成的厘定，有利于国家获得稳定的收入来源以保持政权的顺利运行；同时在制度设计上防止经征官员上下其手，中饱私囊，以达到上益国政，下利民瘼之效。但是，也存在着两个问题：首先，在程序上是一种本末倒置的做法。按照常理，清廷应先清丈土地和编审人丁，然后依此为基础来确定赋役额度。但清廷绕开这个环节，而是把以万历年间旧例为准，这实际是一种本末倒置的做法。同时，在清初经济凋敝，人口和土地减少的情况之下，以万历年间旧例为准实际上意味着民众负担的增加。何平通过对浙江赋役全书编纂情况的分析，认为以万历年间旧例为准的应征额主要有两大部分组成，一是万历年间为加派辽饷前的原额，一是清初新增赋额。清初新增赋额部分，主要是对辽饷加派的沿袭、部分新增加派和因折价提高导致的赋额加增。[6] 所以清初的赋税并未降低，轻徭薄赋实际上只是一种假象。清廷之所以这么做，实际上体现了对财政的亟需孔殷，从这个层面上而言，随后清廷对经征管员和士绅的打击应该说有其内在逻辑性。
    （二）征收方式的完善
    首先是完善基层组织，以保证钱粮的如期征收。清初仍沿用明代的里甲之制，负责基层的钱粮征收。里甲制即一地域相邻接的一百一十户为一里，一里之中，推丁及资产最多者十户为长，名曰里长，其余一百户分为十甲，每甲十户，每十户之内，各有长一名，名曰甲首，每年由里长一名，甲首一名负责督催各自辖区的钱粮，十年一轮流。同时从户科给事中董笃行建议，颁发征收钱粮易知由单，通行直省，以杜滥派。易知由单是一种政府用来催促纳税人纳税的通知书。单内开载田地的种类、科则、应纳的款项及缴纳期限事宜，以上一般通则，皆以一定的格式刊印。至于各花户应纳的钱粮细数，则用毛笔随各栏下填注。此单应于开征以前发给纳税人，使得其一起交纳给政府，从而达到“使民易知，而吏不得多取而已”[7]。
    （三）改进预算程序
    为了改进政府预算程序，提高官府税收的效率，1651年八月，刑科给事中魏象枢奏：请自八年起各省布政司于岁终将通省钱粮分别款项造册，经督抚按查核后缮成黄册上报京师，使钱粮清，国用足。又奏：请敕该督抚按速檄各州县，照本年易知单备造格眼清册，详注某户某人某项钱粮及蠲免开除征收数目，送督抚按复核无误即盖印发证。魏象枢注意到，中央政府对各直省官员所征集的赋额并未作精确的统计，而对地方经费开支，也没有详细的清单。因此，他呼吁由各省布政使对征集的钱物以及每一项主要的行政费用开支，每年作一完整的统计，然后上报中央予以审核。这种措施既便于中央政府掌握各省的钱粮征收及其使用情况，又可使其洞悉各省财政的赢绌状况，从而使中央政府可以在全国范围内调度财政用度。
    （四）严格经征官员的考成
    地丁钱粮征收完毕，政府考其成绩，赏罚经征官员，是为考成。清政府为了督责经征官员勤于职责，多次颁布钱粮征收考成条例，以保证执行环节上的顺畅。顺治二年正月规定：布政使、知府、直隶州知州，俱应统计所属钱粮完欠，照州县一体参罚，十分完全者优升，欠一分者罚俸六个月，照常升转，欠二分者住俸，欠三分者降俸一级，欠四分者降俸二级，欠五分者降职一级，欠六分者降职二级，俱戴罪督催，停其升转，俟完日开复。欠七分者降职一级调用，欠八分者降职二级调用，欠九分者革职。[8] 1658年1月7日，复定户部钱粮考成则例：州县官欠七分者降职四级，欠八分者降职五级；布政司、知府、直隶州知州欠八分者降职四级，欠九分者降职五级；俱戴罪督催，完日开复。[9] 但这些考成政策出台后，效果仍不太明显。“近览章奏，见直隶各省钱粮拖欠甚多，完解甚少。”清朝的统治者认识到：“向来拖欠钱粮有司则参罚停升。知府以上虽有拖欠钱粮未完，仍得升转，以至上官不肯尽力督催。有司怠于征比，支吾推诿，完解衍期。”因此，“今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其转升，必待钱粮完结无欠，方许题请开复升转。尔等即会同各部寺酌立年限，勒令完解，如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分，却议具奏。如将经管钱粮未完之官升转者，拖欠官并该部俱治以作弊之罪。”[10] 同时，一些大臣们开始认识到，地主与官吏之间互相勾结也是造成钱粮逋欠的重要原因，因此，除严厉制裁不恪尽职守的经征官员之外，把打击的矛头也指向了抗粮绅衿。“征比难完，率由衿绅藐法抗粮不纳也，地方官循瞻情面，不尽法征比。”[11] 从此以后，所有的督抚都授命对逃避赋税者，不问其社会地位如何，从重治罪。清初统治者试图以这些制度为依托，建立一个严格的钱粮征收链，以保证钱粮的按时足额征收。从清前期财政制度演进的路径看，奏销案的发生有其合理的内在逻辑。