还需要强调，至元二十三年以后虽然陕西和四川各自为行省的体制大体确定下来，但大德三年-七年间仍然再次发生二省合一的变动。这一点，《百官志七》和《题名记》都漏记了，兹略作补述。
    《元史·成宗纪三》大德三年二月丁巳条载：“罢四川、福建等处行中书省……置四川、福建宣慰司都元帅府及陕西汉中道肃政廉访司。”大德七年六月己丑条又载：“罢四川宣慰司，立四川行中书省。”是证至元二十三年以后仍然有大德三年-七年间四年零四个月四川省并入陕西行省的情况⑥。
    四川行省在与陕西合一建省和逐步走向独立建省的过程中，不仅有前述和陕西行省时而合一、时而分立的变动，还有与境内东、西川行枢密院、宣慰司兴替或并存等问题。后者也相当突出，不弄清这个问题，四川行省的沿革似乎仍然会若明若暗。先说东、西川行枢密院。
    东、西川行枢密院是在东、西川都元帅府及统军司的基础上建立起来的。中统四年，西川行枢密院设置于成都，设官二员。阿脱、商挺奉命行枢密院事于成都，“成都、顺庆、潼川都元帅府并听节制”。《商挺传》亦云，商挺曾赐金符，任四川行枢密院事。是年七月，成都经略司奉诏隶属西川行院[20]。这里的四川行枢密院与西川行院，应该是一回事。需要注意两个相关情节：一是西川行院设立翌年，赛典赤首次以平章政事担任陕西四川行省长官；二是据《元史》卷八十六《百官志二》枢密院条，西川行枢密院职司为“管四川军民课税交钞、打捕鹰房人匠、及各投下应管公事，节制官吏诸色人等，并军官迁授征进等事”。不只是统辖管束军队，同时还兼领课税交钞、人匠、投下和“节制官吏诸色人等”。至元元年三月“诏四川行院，命阿脱专掌军政，其刑名钱谷商挺任之”，亦可为证。足见，西川行枢密院自建立起，就是军民兼领的，尽管不久又设赛典赤为首的陕西四川行省，治于京兆。受蒙哥汗病死于钓鱼城下和忽必烈与阿里不哥两阵营在秦陇激战的影响，当时川蜀蒙古军对南宋的作战比较被动，设置西川行院，以军民兼领方式，代表朝廷枢密院，统一负责川蜀境内军政，也是必要的。实际上，西川行院只是分置东川行院后的称呼。设立之初的名称应该为四川行枢密院。在《元史·世祖本纪》至元三年正月“四川行枢密院谋取嘉定，请益兵”和十一月“诏四川行枢密院遣人告谕江、汉、庸、蜀等效顺”以及前揭商挺官称等记述中，一概径称四川行枢密院。此时期的行枢密院官员，除了阿脱、商挺，还有帖赤[21]。要之，在四川、陕西合为一省初期，川蜀境内即有西川行院等军政实体机构与之并存。四川行省的前身或前期形态，不仅是至元二十三年以前的陕西四川行省，似乎还应和与之并存的西川行院等有关联。
    至元三年开始，西川行院不断发生合并、分立等变更。先是当年十二月，“诏改四川行枢密院为行中书省，以赛典赤、也速带儿等佥行省事”[22]，似乎意味着四川行枢密院与赛典赤为首的陕西四川行省合并为统辖川陕全境的行中书省⑦。治所也先后南徙兴元(今汉中)和利州(今广元)。然而，一年半后，又逐步恢复川蜀军政实体机构的设置。至元五年七月赛典赤奉诏“自利州还京兆”，且顺应元廷普遍设立统军司的体制，分别在川陕设置了东、西二川统军司和陕西统军司。西川统军司又名成都统军司，曾迁治眉州。统军司的职司也是“兼领军民钱谷”[23]，与原西川行院如出一辙。此后的五年间，东、西二川统军司分别充当重庆、成都两战区的军事统帅官署。如至元九年西川副统军刘思敬邀击并大败宋军昝万寿部于青城。至元七年十二月安抚张大悦曾将宋重庆制置朱祀孙的诱降“书榜”“并谍者送致东川统军司”；同年，元廷以金州军八百人拨隶东川统军司。至元八年八月，东川统军合剌及杨文安部“攻达州，三战三捷”。九年，东川统军司又命文安兼领刚刚攻克的龙爪城[24]。至元七年五月，陕西四川佥省也速带儿、严忠范又会同东、西川统军司率兵在嘉定、重庆、钓鱼山、马湖江等处和宋兵作战，普遍取得了胜利[25]。后者又是陕西四川行省与东、西川统军司协同的军事行动。
    至元十年元廷下令废罢东、西二川统军司而代之以东、西二川行枢密院，巩昌总帅汪良臣行西川枢密院，东川统军使合剌行东川枢密院，东川副统军王仲仁同签行枢密院事[26]。东川行院置于重庆，设官一员。担任东川行院签事或同签的还有王文干、王昔剌[27]。西川行院又有也速带儿及签事昝顺、同签刘思敬。东、西川行院分立后，各自积极从事对南宋的用兵。至元十一年十一月，元廷敕令西川行枢密院也速带儿攻取嘉定府。而后又收降侧布、确州番官，奏报绍庆府施州南平及诸蛮吕告马蒙阿永等、播州安抚杨邦宪和思州安抚田景贤等归降，奉命移檄重庆宋军“俾内附”⑧。至元十三年东川行院总帅汪惟正则“略地涪州，克山寨溪洞凡二十有三所”[28]。
    至元十三年到至元十六年，东、西川行枢密院又发生一系列省并分合。至元十三年四月，东川行枢密院及成都经略司一度被精简，“以其事入西川行院”。但很快依然恢复东、西川行枢密院的建置[29]。南宋朝廷降元后，东、西川行枢密院继续与在川蜀顽抗的宋军作战。至元十三年十一月，西川行院忽敦奏言“所部军士久围重庆，逃亡者众”，请求朝廷“益军一万”，给予支援，并请求降诏招还在大良平一带的逃民；至元十四年二月，西川行院不花“率众数万”安营于重庆浮屠关，“造梯冲”准备强攻，迫使宋都统赵安以城降。西川行枢密院副使兼安西王相李德辉则留成都，供给军食。迄至元十五年三月，西川行枢密院共招降西蜀重庆等处三府六州一军一监二十县等[30]。至元十六年六月，元廷命令不花行西川枢密院事总兵入川，平定少数未降附的南宋诸城，命令东川行枢密院调兵守钓鱼城[31]。火都赤、速哥、汪清臣等也曾任职于东、西川行枢密院及以后的四川行枢密院[32]。行枢密院首领官也不时见于记载。如畅师文“除东川行枢密院都事，尽心赞画，多所裨益”；吕“授四川行枢密院都事”；王瑄为四川行枢密院经历⑨。同年，川蜀对宋战争结束，东、西川行枢密院最终废罢，改立成都、广元、重庆、顺庆四道宣慰司，以管辖川蜀全境[33]。
    翌年，即至元十七年，安西王相府废罢，陕西四川行省得以重新建立。而且，至元十八年后的一段时间内，四川行省是单独设置的。另一方面，东、西川行枢密院虽然退出历史舞台，但至元二十一年和至元二十八年，曾两次重新设立四川行枢密院于成都路或嘉定府路[34]。这是因为当时元代行省兼理军民的体制尚未最后确立，元廷不时在江南和四川等处实行行枢密院与行省分领军民的政策。到世祖末成宗初，这种行院与行省并存的体制，一般情况下就不复存在了。由此，至元二十三年独立设置的四川行省，得以过渡到正规体制。