正是在推行保甲的过程中，大规模实行改土归流。同时，不仅以保甲维护治安，清朝还依靠军队维护社会治安，即以驻防八旗、绿营控制地方，八旗驻扎于重要城市、军事要地以及交通线上，广大地区则依靠绿营维护。督抚是各省绿营兵的最高长官，提督各省是绿营兵的最高武官，有节制各镇之责。各省绿营的最高编制是镇，其长官为总兵。各镇总兵兼辖协、营，协以副将为长官，营则以参将、游击、都司、守备为长官。各协、营绿营兵除了留守协、营驻地为城防守外，其余被派到该协、营辖区内，划分汛地，分别防守，由千总、把总、外委千总、外委把总等率领分防驻守。各汛之内，除部分兵丁驻汛地防守外，大部分兵丁又被分派到汛防区域内各交通要道、山险要冲之处，设塘驻守。⑧绿营兵是清朝控制全国各地的重要工具，绿营对于基层社会的控制，主要是以汛塘划地设点，扼制道路，形成治安网络。汛塘与保甲是清代为保障社会治安主要采取的两种手段。
    雍正初年推行保甲制缉盗，多民族聚居地区的地方官向雍正帝密奏，在临近土司地区盗匪猖獗，土司控制民众，地方社会秩序难以控制，对于土司统治不满。地方官反映的情况一是实情，二是因推行保甲使得问题彰显，这样在康熙朝本已存在的土司问题显露出来。
    湖广土司较多，又是力行保甲的地区，有关土司与朝廷社会控制的矛盾突出。雍正二年六月总督杨宗仁奏报：本年四月内荆州府属与土司连界之远安县有匪类郭姓改名朱桃红，诡称法术能治疾病，捏造妖言名号。据他核查，郭姓并未招聚多人，况远安逼近土苗，更须俾知国法。他与巡抚饬各属力行保甲，彼此稽查。⑨八月，杨宗仁又专门上了奏请立法约束楚南苗瑶折。他提出，楚南有苗、瑶各州县，民瑶杂处之地甚多。苗、瑶有生熟之分，其稍纳瑶粮者为熟瑶，其不纳瑶粮者为生瑶。苗、瑶的破坏性很大，如湖南之永、宝、郴、靖等处皆有瑶人，峝数甚多不一，其类情性不伦，全不畏法，惟以抢夺为事。至永州之道州、永明等处，界连广西之富川等处，每粤地苗、瑶越境为非，或有边地光棍勾引生事，捉人勒赎，暗中分肥。又或土人雇瑶佣工，倘在主家物故，苗、瑶借端起衅，不与主家理论，潜入地方，不问谁家坟墓，掘冢取骸而去，便将情由书写一纸，置于竹筒，标插墓侧，名曰仇帖。被害之家执帖控官，地方官无法查拿凶瑶，令落雇苗之主家出银赎骸，相纵日久，野苗竟以此为利薮，近瑶百姓每被捉人抢夺，枕不安席，地方官弥缝粉饰，匿不报闻，恬不知怪，皆由平时防范无术，查察不严之故。因此，杨宗仁建议：“宜敕下督抚，令有猺、苗之各州县，将所属峝寨查明处所，亦照民例编设保甲，每峝寨设练总一名，寨长二名，择知法诚实者以充其役，以总其事，如有干犯，地方官著落练总、寨长拘拿，不致违抗。”⑩至于生苗、生瑶，则严防其出入，杜绝土棍勾通，“敕谕督抚令各州县查明伊等出入必由之路，设立塘汛，加紧查察守御，如两邑交界之处，彼此设汛，互相稽查”(11)。十月，杨宗仁向雍正帝报告说：边苗地方，督令各州县一体清编保甲，互相守望稽查，汛守严密，武弁不时游巡，间有苗性难驯，或挟隙伏草报仇行窃，一旦发觉即令文武协缉追擒。(12)
    湖南巡抚王朝恩上任不久，十一月奏陈苗、瑶州县推行保甲。他指出：查苗、瑶原有生熟之分，熟者耕凿饮食与齐民不甚相远，但生性犷野，时有抢夺，贻害地方，究其根源，亦由近峝奸民勾引，或联结婚姻，或暗为主谋教唆构衅，不特同类相残，抑且捉人掘骸，流毒百姓。他建议：饬令有司严禁附近居民，不许与彼结亲并出入峝寨，致起祸端，违禁查解，尽法惩治，则苗、瑶无勾引之人自不敢于生事。查历来原设有土千百户，在总督衙门给发委牌管辖，亦各有寨长分理，似无庸再添练总名色，与齐民一体编查，徒滋纷扰。至于生苗、生瑶散处深岩密箐之中，言语、衣食不与民同，又以熟苗、熟瑶为耳目，时出边界作祟，不法之徒亦有串通熟苗、熟瑶，引线潜入彼地构衅为患者。王朝恩提出，生苗、生瑶出入之处现有附近镇协营汛分防弹压，因此“严饬苗、猺杂处州县实力奉行内地之保甲”。通过这两套系统，“加谨隘口之稽防，则民自为民，生熟苗瑶各以类聚，不致彼此勾引，内外酿祸”。雍正帝朱批称：“此奏甚得中而妥，与朕意甚合，严饬属员实力行之。”(13)雍正二年君臣就湖广推行保甲的讨论，使得雍正帝对于湖广地区土司与苗族、瑶族的情况有了了解，最终采取生熟苗瑶分别处置的办法，生苗、生瑶出入之处用镇协营汛分防弹压，苗、瑶杂处州县推行内地的保甲制。
    此时雍正帝对于改土归流仍不赞成。雍正二年十二月二十六日，他在广西巡抚李绂的奏折上批示：“土官相袭已久，若一旦无故夺其职守，改土为流，谁不惊疑？”(14)他希望封疆大吏审择中道而行。
    云贵更是多民族聚居、土司众多的地区，雍正初年也在推行保甲。云南巡抚杨名时在雍正元年十二月接到设立保甲的谕旨，他奏报说：“于府州县各官进见时，宣播皇上弭盗安民德意，令其编立门牌，十家为甲，十甲为保，互相稽察，切戒其扰累小民，随宜措置。云南多彝猓，村寨零星散居，难以十家百家为限，只可就近联络互查，总以简易便民为主。”(15)云贵总督高其倬也报告了编保甲的情形。(16)云南布政使李卫报告了省界接壤地区多民族杂居，疆界彼此不清，难于管理。他说：湖南之于贵州广西，广西之于云南，云南之于四川，广东之于福建，地处边远，汉苗杂居，其间往往有地数百里、千余里并未明隶某省管辖，即当年绘舆图之钦差亦不曾深入其地，遗漏不可胜数，平居无事，两省皆置之度外，一旦匪类窃发，有争杀抢掠之事，则两省互相推诿，倘其中可以取利，则两省文武官代为之争，甚非体统，更可患者，其地既为可黔可楚之地，则其民即为非黔非楚之民，保甲不得而编，汛兵不得而防，钱粮不得而征，奸恶以是为盘踞之窟，盗贼以是为逋外之薮，“以致幅员之内竟有教化不及之地，刑政莫加之民”(17)。即言之，贵州与湖南交接地区并未纳入到朝廷的保甲、汛兵控制之内。
    上述资料表明，雍正初年在推行保甲、汛塘以控制地方社会的过程中，雍正君臣将未能直接控制湖广、云贵等南方地区土司作为严重的问题提出，土司所在地区的争杀抢掠成为缉盗的对象。由于土司的存在，缉盗事权不一也是面临的突出问题。如何处置土司，成为雍正君臣非常关心的问题。