从雍正帝提出改土归流的理由来看，土司的问题在于破坏地方社会秩序，表现在剽掠行旅，彼此互相仇杀，草菅民命，认为改土归流可以使土司地区人民永除困苦，各遵王化。声明绝不是贪图土地人民，借此开拓疆宇，增益版图。这些理由以往常被作为雍正改土归流的原因，其实掩盖了雍正推行改土归流的直接原因。同时，也掩盖了土司问题很多情况下是地方官贪索造成的事实。王钟翰先生指出：“至若事件之起因，诬少数民族以劫杀、以抗命，不过借为口实。”(25)雍正六年(1728)十二月，雍正帝特授鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督。鄂尔泰受到雍正帝的充分信赖，大力推行改土归流。
    由上可知，从贵州长寨事件看改土归流，起因于高其倬在长寨建房增置防汛引起土司抵抗。其他资料也可证明清朝针对土司设置汛塘的想法，如川陕总督岳钟琪奏称：
    查普雄即梁山(凉山--引者注，下同)居云贵四川三省之中，横亘千余里。自汉唐以来，三省沿边一切土司敢于负固者，皆倚此为退藏之地，一经追捕，则携族遁入，莫可如何……将四川梁山收入内地，相其扼要，安设营汛，收其贡赋，以资兵饷。再招善于开垦之楚民，广推屯种，则不数年，居民稠密，势同内地，不特国势加增，即沿边各土司转皆腹里受制，将来改土归流，俱为顺易。(26)
    岳钟琪将安设营汛作为控制土司的主要手段，为改土归流打下基础。在交通要路设置汛塘，符合雍正帝的想法。不过事实证明，在土司地区设置汛塘，会引起土司的不满与反对。
    三 改土归流后行保甲、设汛塘可证其初衷
    云南巡抚管云贵总督事鄂尔泰对西南土司用兵以及进行改土归流，同时推行保甲制度。雍正四年八月初六日，鄂尔泰上奏，言及保甲问题：
    窃照流、土之分原以地属边徼，入版图未久，蛮烟瘴雾，穷岭绝壑之区，人迹罕到……然所以清盗之源者，莫善于保甲之法。臣屡与督臣杨名时、抚臣何世璂熟商酌议，拟立规条，行之两省，及阅邸钞，知荷蒙圣恩，著九卿详议具奏。臣等伏候奉旨，部行到日，当即颁行一体遵奉外，按保甲之法，旧以十户为率。云贵土苗杂处，户多畸零，保甲之不行多主此议。不知除生苗外，无论民彝，凡自三户起皆可编为一甲，其不及三户者令迁附近地方，毋许独住，则逐村清理，逐户稽查，责在乡保甲长。一遇有事，罚先及之。一家被盗，一村干连，乡保甲长不能觉察，左邻右舍不能救护，各皆酌拟，无所逃罪。此法一行，则盗贼来时，合村百姓鸣锣呐喊，互相守望，互相救护，即有凶狠之盗，不可敌当，而看其来踪，尾其去路，尽在跟寻访缉，应亦无所逃。(27)
    雍正帝批示兵部、刑部、都察院各议具奏。鄂尔泰依据云贵土苗杂处、户多畸零的情形，为推行保甲而建言献策：“自三户起皆可编为一甲，其不及三户者令迁附近地方，毋许独住，则逐村清理，逐户稽查。”(28)同年底，内阁等衙门议核鄂尔泰疏言诸事，其中有：“清盗之源，莫善于保甲，云贵苗民杂处，户多畸零，将零户编甲，独户迁移附近以便稽查之处，行令该督悉心筹画，饬令该地方官善为奉行，安置得法。”(29)请求行令云南、贵州、四川、广西、湖南五省一并遵行，雍正帝从之。清廷要求在南方少数民族聚居区一体编查保甲，且鉴于少数民族居住分散的情况，采取缩小编甲规模的灵活措施。
    在处置长寨苗人问题上，鄂尔泰的《长寨示稿》保留了有关保甲问题的记载。其内容是：“现委员遍谕苗民，各照祖宗姓氏，贯以本名，造报户口清册，编立保甲。”(30)雍正四年九月十九日，鄂尔泰提出具体的措施：“既先之以重兵弹压，即继之以清册稽查，按其户口，照汉民以行保甲；清其田亩，借赋役以为羁縻。不独户与户环相连保，并寨与寨互相甘结，则容一凶苗，而群苗为之获罪；隐一凶寨，而各寨为之靡宁，势不能不互相举首，交为盘查。”(31)鄂尔泰对西南土司用兵以及进行改土归流时，推行了保甲制度。雍正五年正月二十五日，鄂尔泰奏治理“顽苗”问题时提到：“况保甲之法已行，则乡保头人自应稽查，地方邻佑自应首告，使皆各有责成，违者并坐。”(32)三月，兵部议覆鄂尔泰疏奏经理长寨等仲苗事宜，其中有：“狆苗姓氏相同者多难于分别，应令各照祖姓造报户口清册，编立保甲，其不知本姓者代为立姓，以便稽察。”(33)帝从之。六月二十七日鄂尔泰说：“查生苗来归，应示羁縻以计长久，科粮务须从轻，户口定应清造，夷民半无姓氏，名多雷同，日后难以稽查，现在恐有重复，复经札致提臣，并饬知刘成谟、官禄等，再加查明，更定姓名，编立保甲，汇造清册，以凭具题报部。”(34)这些记载表明了当时实行保甲制度管理苗民的情形。
    云贵改土归流地区继续推行保甲制度。雍正五年九月十六日，鄂尔泰奏称：“向经归顺各苗悉与汉民一体严立保甲并取具不敢容奸容贼甘结”(35)，说明苗汉都实行保甲制。此后不断在新附苗民中间实行保甲，十二月十三日，鄂尔泰奏称安顺镇宁定番广顺等府州边界地方生苗皆愿内附，“已檄令文武各员附载版图，编入保甲，各加奖赏安插讫”(36)。六年十月二十日鄂尔泰又奏：“据镇远府知府方显呈报，分遣各土官、土舍以及效用人等分道前往招抚，随抚得清水江一带生苗共一十六寨，计一千五百九十户，男妇五千七百六十七名口，业经编立保甲，理合造册呈报。”(37)七年(1729)三月初三日，云贵乌蒙总兵刘起元奏陈地方改土归流事：“请照边地充发流徙之例，遇有缘事充发之犯，仰请发乌安插，取其地方官收管，编入保甲，与民一例输差。”(38)雍正帝批示廷臣详议。七月，云贵广西总督鄂尔泰奏：“贵州高耀等寨生苗秾狆等俱向化输诚，陆续投见提臣杨天纵……今将认纳粮赋数目造具清册，各寨户口编入保甲，永为良民。”(39)鄂尔泰又疏报：“都匀各寨苗民输诚纳赋，编入保甲。”(40)雍正帝命下部知之，并说：“都匀各寨苗民向化投诚，认纳粮赋，编入保甲永为良民，甚属可嘉。”(41)闰七月，鄂尔泰奏报：“黔省边境生苗剿抚兼施，俱已向化投诚，认纳钱粮，听编保甲，愿为圣世良民”(42)。贵州少数民族编入保甲完毕。九月十九日，鄂尔泰针对御史龚健扬所奏设立乡官的建议，认为多此一举，举例说：“如遍行保甲，则原有户口门牌，细开名数，并记簿稽察之例。”(43)指出保甲制度实行以来已较为完善。八年(1730)五月二十六日，鄂尔泰奏请添设云南分巡迤东道管理地方事宜，说：“至于劝农课田，勘河查路，稽察保甲，严拿匪类，宣讲《圣谕广训》，晓谕《大义觉迷录》，俱令不时督察。”(44)其口吻视稽查保甲为已有之事。