十二军将军武德八年以前任职的就不多说了，这年重置十二军时任命的将军，《册府元龟》卷990“外臣·备御三”有详细记载， 摘录如下：“以太常卿窦诞为参旗将军，吏部尚书杨恭仁为鼓旗将军，淮安王神通为玄戈将军，右骁卫将军刘弘基为井钺将军，右卫大将军张瑾为羽林将军，左骁卫大将军长孙顺德为骑官将军，右监门将军樊世兴为天节将军、右武候将军安修仁为招摇将军，右监门卫大将军杨毛为折威将军，左武候将军王长谐为天纪将军，岐州刺史柴绍为平道将军，钱九陇为苑游将军。”此后，十二军将军还有一些变动，如张瑾，武德九年改任天纪将军，天节将军改由罗艺充任。
    以上人员大体可分为三类：一、为秦王府集团或与其关系密切的人。刘弘基、长孙顺德等固不待说。窦诞，为唐高祖女婿，《新唐书·袁朗传》：“武德初，隐太子与秦王齐王相倾，争致名臣相助。”其所罗列的秦王府集团人物中就有窦诞在内。可见他早已投靠李世民。参旗军军副张琮多年跟随李世民，所谓“陪从戎麾”，（注：《金石萃编》卷45《张琮碑》。）早就属秦王府集团中人。钱九陇、杨毛、樊世兴、李神通、柴绍等人，多次跟随李世民征伐，立功受赏，逐渐爬上高位，在长期征战中建立了密切的关系。如樊世兴，早年跟随李世民起兵，攻下长安，后又相随征薛举，平王世充、窦建德等。《新唐书》本传说：“从秦王积战多，封营国公，数赐黄金杂物”。再如李神通虽为宗室，然长期随李世民征战，在平定王世充后，李世民赏赐他良田数十顷，张婕妤之父欲夺其田，通过唐高祖下诏施加压力，被李世民顶住。（注：《旧唐书》卷64《隐太子建成传》。）这种情谊李神通当然不会忘记。然而李神通若非秦王集团中人，李世民也不会冒如此大的风险庇护他。柴绍，尚高祖女平阳公主。早在太原起兵时，李世民为右领军大都督，柴绍即为右领军府长史。后又与柴绍夫妻经略渭北，攻下长安。在李世民平定薛举、宋金刚、王世充、窦建德等重大战役中，柴绍均跟随参战，立有功勋。（注：《旧唐书》卷58《柴绍传》。）因此，在关系方面要远远亲于建成、元吉一方。二、为中间人物，如杨恭仁、王长谐、张瑾、安修仁等。这些人物从现有史料看，尚不见明显倾向，可能没有卷入李世民兄弟的斗争中去。王长谐、安修仁，两《唐书》无传，其事迹其它史料中也比较少见，难以判断其政治倾向。如杨恭仁，早先任凉州总管，为唐王朝镇守和经营西北，建有功勋。武德末，始入朝吏部尚书，迁左卫大将军、鼓旗将军，故末卷入这场斗争。张瑾，有关事迹的史料很少，很难了解其政治倾向，两《唐书》几处有关张瑾的记载，所记的都是同一事，即武德八年七月，突厥入寇，遣其于太原防守，“瑾全军并没，脱身奔于李靖”。（注：《旧唐书》卷194上《突厥传上》。 ）后李世民率大军出击，迫使突厥退出，收复了张瑾所失之地。至于张瑾败军，唐廷如何处理，史无记载，不得而知。但从《通鉴》卷191 武德九年六月条出现的“天纪将军张瑾”一语看，张瑾并未受到惩罚。根据这种情况分析，其未受处分，当是因为太原失而复得，这样张瑾就要感谢李世民了。在随后的玄武门之变中，张瑾虽未投奔秦王府集团，但也不至于倾向李建成一方。三、为秦王府集团敌对一方，即罗艺为将的天节军。罗艺在平定刘黑闼后，“因请入朝”，任左翊卫大将军，“艺自以功高位重，无所降下，太宗左右尝至其营，艺无故殴击之”，被高祖治罪，久而释之，“令以本官领天节军将镇泾州。”太宗即位后，“而艺惧不自安”，遂反。（注：《旧唐书》卷56《罗艺传》。）其实罗艺早就投入建成集团，《通鉴》卷191 武德七年六月条载：“建成擅募长安及四方骁勇二千人为东宫卫士，分屯左右长林，号长林兵。又密使右虞候率可达志从燕王李艺发幽州突骑三百，置东宫诸坊，欲以补东宫长上。”李艺即罗艺。高祖发现后召建成责之，并流放了可达志，罗艺因功高释而未问。
    通过以上分析，可以清楚地看出关中十二军，绝大部分在李世民的控制之下。武德九年六月，唐高祖命李元吉率军出击突厥时，出动的部队是罗艺的天节军和张瑾的天纪军，这种情况不是偶然的。当时李建成对李元吉说：“今汝得秦王骁将精兵，拥数万之众，吾与秦王饯汝于昆明池，使壮士拉杀之于幕下，奏云暴卒，主上宜无不信。……敬德等既入汝手，宜恶坑之，孰敢不服。”（注：以上均见《通鉴》卷191。 ）如果元吉统率的基本部队不是这两军，而是十二军中的其它诸军，则李建成不敢提出这样的计划。可见李建成、李元吉在调动军队时，也是颇费心机，作了一番选择。这就从另一角度证明李世民在关中十二军中颇具实力与影响。
    李渊建唐之初，就恢复了十二卫组织，以功臣武将充任诸卫大将军、将军，分领诸军府。由于政权建立不久，十二卫组织尚不健全，所以和十二军互有联系，诸卫大将军、将军也可兼任十二军将军，如杨恭仁以左卫大将军兼鼓旗将军，罗艺以左翊卫大将军为天节将军，钱九陇以右武卫将军为苑游将军。同时也有区别，如郑元以太常卿兼参旗将军，窦诞等也是以文官充任十二军将军。说明十二军必定是另一军事系统。秦齐二王护军的将领也有同时任职于十二卫系统的现象，如薛万均为秦府右二护军、北门长上，北门长上即属十二卫。贞观以后，军制逐渐健全，军事领兵与指挥系统才整齐划一了。由于唐初存在这种情况，便设了一个“领左右十二卫大将军”衔，于武德五年十月授予李世民，以“总摄戎机”，（注：《唐大诏令集》卷65“秦王领左右十二卫大将军制”。）使李世民凌驾于十二卫大将军之上，全盘负责诸卫、诸军事务。当时，诸卫大将军中有不少人本来就属秦王府集团，如右武候大将军刘师立，右武卫大将军李安远，左骁卫大将军长孙顺德，左监门卫大将军李勣，右骁卫大将军刘弘基等。十二军将军的情况前面分析过了，不再赘言。这样，即使诸卫、诸军大将军、将军中有部分不属于秦王府集团，从制度上看，也得服从李世民。
    从当时制度看，李世民还有一个优势，即武德四年十月充任天策上将军。唐高祖特置这个官职，是因为“上以秦王功大，前代官皆不足以称之，特置天策上将，位在王公之上。”（注：《通鉴》卷189。 ）这个职务不是荣誉虚衔，而是有实际职事的，即“掌国之征讨”。（注：《旧唐书》卷42《职官志一》。）武德九年六月，突厥入寇，《旧唐书·巢王元吉传》说：“建成及荐元吉代太宗督军北讨。”《通鉴》卷191亦载：“建成荐元吉代世民督军北征，上从之。” 这个“代”字很有深意，说明征伐之事本属李世民掌管，经过高祖特诏批准，元吉才能代替世民出征。天策上将府设官多而全，有长史、司马、从事中郎、军谘祭酒、典签、主簿、诸曹参军事等官。其中“军谘祭酒二人，谋军事，赞相礼仪，宴接宾客。“记室参军二人，掌书疏表启，宣行教命。功曹参军事二人，掌官员假使、仪式、医药、选举、考课、禄恤、铺设等事。仓曹参军二人，掌粮禀、公廨、田园、厨膳、过所等事。兵曹参军事二人，掌马驴杂畜簿帐及牧养支料草粟等事。铠曹参军事二人，掌戎仗之事。士曹参军事二人，掌营造及罪罚之事。参军事六人，掌出使及杂检校之事。”诸曹还配有令史、书令史等吏。（注：《旧唐书》卷42《职官志一》。）俨然是一个职能齐全的庞大军事指挥机构。秦王府及诸护军府、帐内、亲事府，已有长史及诸曹参军等官，显然天策府官员不是为管王府及诸府之事而设置的，肯定另有分工。后者专管本府之事，而前者则是掌管秦王府以外的国家之事，从机构和官吏人数看也比前者庞大得多。（注：亲王府和护军府、亲事、帐内府的官员配备，可见《旧唐书》卷42《职官志一》和职卷44《职官志三》。）这是唐初机构特殊之处的一个方面。至于天策府的职能和兵部、太仆寺等政府机构有何分工或联系，由于其存在时间不长，史无明载，尚不得而知。有一点可以明确，即由李世民的特殊地位（李同时还是尚书令、中书令），推知天策府当时可能会凌驾于兵部等机构之上，至于领兵征伐更是其独有的职能了。