然而，当时中国正面临着日益严重的民族危机。日本帝国主义侵占东三省后即扶植溥仪建立伪满洲国，又在内蒙古东部以德王为傀儡成立伪蒙疆联合自治政府，并竭力鼓吹蒙古族“独立自治”，妄图用“分而治之”的手段分化和削弱抗日力量。在整个中华民族处于危急存亡的历史关头，单纯的民族自决权口号显然已不适应抗日救亡的严峻形势了。1934年至1935年，红军长征历经湘、黔、滇、川、康、甘、青、陕等省，通过了苗、瑶、僮、侗、布依、土家、白、纳西、彝、藏、羌、回、裕固等13个少数民族的聚居区，使党对中国少数民族的状况有了较为切合实际的了解。以刘伯承与小叶丹“歃血为盟”为象征，红军在长征途中帮助彝、藏、回等民族建立了几个带自治性质的政权，帮助各少数民族实现解放与平等，以达到团结起来共同抗日的目的。
    根据抗日救亡运动的新形势，1936年9月，中共瓦窑堡会议果断地放弃苏维埃共和国口号，代之以建立全国统一的民主共和国的主张，体现了全中国各民族的根本利益。会议号召建立最广泛的抗日民族统一战线，“团结一切抗日力量来保障中国领土完整和预防中国人民遭受亡国灭种的惨祸”。为此，中国共产党“抗日救国十大纲领”提出“动员蒙民、回民及其他少数民族，在民族自决和自治的原则下，共同抗日”（注：《中共中央文件选集》第10册，中共中央党校出版社1985年，第317页。）的主张。这里虽沿用了民族自决的提法，但重点已转向中国各民族联合起来，从帝国主义奴役下争取中华民族独立，而不再强调民族分离权了。由概念化的民族自决与分离，进到在国内各民族联合起来共同抗击外敌原则下的民族自治，这是中共依据马克思列宁主义基本原理，从中国实际出发解决民族问题的一个重大转折。
    1938年10月，毛泽东在中共六届六中全会上阐述了党在抗日民族战争新阶段的民族政策。他在《论新阶段》的报告中指出：“我们的抗日民族统一战线，不但是国内各个党派各个阶级的，而且是国内各个民族的。”为了“团结各民族为一体，共同对付日寇”的目的，必须注意下述各点：“第一、允许蒙、回、藏、苗、瑶等各民族与汉族有平等权利，在共同对日原则之下，有自己管理自己事务之权，同时与汉族联合建立统一的国家。第二、各少数民族与汉族杂居的地方，当地政府须设置由当地少数民族的人员组成的委员会，作为省县政府的一部门，管理和他们有关事务，调节各族间的关系，在省县政府委员中应有他们的位置。第三、尊重各少数民族的文化、宗教、习惯，不但不应强迫他们学汉文汉语，而且应赞助他们发展用各族自己言语文字的文化教育。第四、纠正存在着的大汉族主义，提倡汉人用平等态度和各民族接触，使日益亲善密切起来，同时禁止任何对他们带侮辱性与轻视性的言语、文字与行动。上述政策，一方面，各少数民族应自己团结起来争取实现，一方面应由政府自动实施，才能彻底改善国内各族的相互关系，真正达到团结对外之目的，怀柔羁縻的老办法是行不通了的。”（注：《毛泽东军事文选》（内部本），中国人民解放军战士出版社1981年，第176～177页。）毛泽东的报告，首次比较系统地阐释了党在现阶段民族政策的基本内容，虽然尚未论及区域自治政策，但在全党明确了国内各民族“联合建立统一国家”的基本思想。
    陕甘宁边区时期，针对日本侵略者策划在甘、青、宁三省建立“大回回国”傀儡政权的险恶计划，中共西北工委专门成立民族问题研究室，以马克思主义关于民族问题的理论为指导，对蒙古和回回两个民族的历史、政治、经济、文化详细进行调查研究，并派出几个巡视团到蒙、回民族地区进行实地考察。一些同志在考察途中不幸遇敌英勇牺牲。大家夜以继日地工作，写出《关于回回民族问题的提纲》和《关于抗战中蒙古民族问题的提纲》两个基本文件，为中央制定民族自治政策提供了科学的依据。这两份提纲后来收入由毛泽东主持编辑的《六大以来》文件汇编，成为党中央的正式文件。
    经过认真调查研究和经验总结，西北的少数民族工作打开了新局面。1941年5月，边区政府将民族区域自治政策列入新颁布的《陕甘宁边区施政纲领》之中，明确规定：“依据民族平等原则，实行蒙、回民族与汉族在政治、经济、文化上的平等权利，建立蒙、回民族的自治区，尊重蒙、回民族的宗教信仰与风俗习惯。”（注：《中共中央文件选集》第11册，中共中央党校出版社1986年，第643页。）按照施政纲领，边区政府先后在新正、定边、曲子、盐池、镇宁、镇原、环县等县以及鄂托克前旗，建立回民、蒙民自治的区、乡政权。自治地方通过选举组成以本民族代表为主的政府；在边区政府的统一领导下建立少数民族抗日武装；边区、县、乡参议会中均有少数民族的代表等。经济方面，边区政府发放救济款扶助自治区的生产，减免一切负担。文化教育方面，均设立本民族的文化机关，建立回民小学，实行免费教育等。边区政府还多次就宗教信仰自由、尊重民族风俗习惯、使用民族语言文字等颁布有关法令。由此，开始了以民族区域自治政策来解决国内民族问题的具体实践。
    尊重少数民族的宗教信仰和风俗习惯，毛泽东为延安兴建的清真寺亲笔题写寺名。延安城内专设两个清真食堂，为过往的回族群众提供方便。同时设立“成吉思汗纪念堂”，由毛泽东、朱德发起并亲自参加每年春夏对成吉思汗的公祭活动，以激发蒙族人民的抗战热忱。在培养少数民族的干部方面，陕北公学与中央党校创办了延安民族学院，第一批就招收蒙、回、藏、苗、彝、满、汉等各族青年300多人。在帮助发展生产、组织境内外贸易交流、提高少数民族人民生活水平方面，边区政府做了大量工作。民族自治纲领的施行，使陕甘宁边区名副其实地成为全国少数民族解放的灯塔。